基因Page:TF

概括?
基因ID 7018
Symbol TF
同义词 HEL-S-71p|PRO1557|PRO2086|TFQTL1
描述 transferrin
参考 MIM:190000|HGNC:HGNC:11740|Ensembl：ENSG0000000091513|HPRD：01811|Vega:OTTHUMG00000150356
基因type protein-coding
地图位置 3q22.1
Pascal p-value 0.351
Sherlock P值 0.241
Fetal beta -3.71
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
CV:PheWAS 全球整个关联研究（PHEWAS） 157 SNPs associated with schizophrenia 1
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
Association 组合的优势比方法（Sun et al. 2008），协会研究 1 链接到Szgene
文学 高通量文献搜索 Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenics,schizophrenias Click to show details
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.0982

第一节遗传学和表观遗传学注释

@CV:PheWAS

SNP ID Chromosome Position Allele P Function 基因 Up/Down Distance
rs1867504 3 133410661 null 1.679 TF null

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
RS7830259 chr8 14087643 TF 7018 0.19 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
HADHB 0.84 0.85
CYP2J2 0.84 0.85
HSPB8 0.82 0.86
CSRP1 0.81 0.83
SDC4 0.81 0.82
TMBIM1 0.80 0.86
CKMT2 0.80 0.75
EFEMP1 0.80 0.78
斯托姆 0.79 0.82
GRAMD3 0.79 0.84
Top 10 negatively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
NKIRAS2 -0.58 -0.55
CRMP1 -0.57 -0.57
Gprin1 -0.57 -0.58
ZNF821 -0.56 -0.56
C19orf57 -0.56 -0.57
NR2C2AP -0.56 -0.62
MPP3 -0.56 -0.58
AC011491.1 -0.56 -0.65
GMIP -0.56 -0.57
HN1 -0.55 -0.59

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0008199 ferric iron binding IEA -
GO:0046872 金属离子结合 IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006826 iron ion transport IEA -
GO:0006811 ion transport IEA -
GO:0006879 cellular iron ion homeostasis IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005576 extracellular region IEA -
GO:0005576 extracellular region NAS 14718574
GO:0005739 mitochondrion IDA 18029348
GO:0005768 endosome IEA -
GO:0030139 endocytic vesicle IDA 15229288|15292400
GO:0030139 endocytic vesicle IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
CALR CRT |FLJ26680 |ro |SSA |CC1QR 钙网蛋白 - HPRD，Biogrid 9312001
CANX CNX | FLJ26570 | IP90 | P90 calnexin - HPRD，Biogrid 9312001
CUBN FLJ90055 |FLJ90747 |ifcr |MGA1 |GP280 cubilin(内在factor-cobalamin受体) Transferrin interacts with Cubilin. BIND 11606717
FNBP1 FBP17 |KIAA0554 |MGC126804 formin binding protein 1 Co-localization BioGRID 15252009
IGF1 IGFI insulin-like growth factor 1 (somatomedin C) Reconstituted Complex BioGRID 11749962
IGF2 C11orf43 | FLJ22066 | FLJ44734 | INSIGF | pp9974 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A) Reconstituted Complex BioGRID 11749962
IGFBP1 AFBP | IBP1 | IGF-BP25 | PP12 | hIGFBP-1 insulin-like growth factor binding protein 1 - HPRD 11297622
IGFBP2 IBP2 | IGF-BP53 insulin-like growth factor binding protein 2, 36kDa - HPRD 11297622
IGFBP3 BP-53 | IBP3 insulin-like growth factor binding protein 3 - HPRD，Biogrid 11297622|11749962
IGFBP4 BP-4 |HT29-IGFBP |IBP4 |IGFBP-4 insulin-like growth factor binding protein 4 - HPRD 11297622
IGFBP5 IBP5 insulin-like growth factor binding protein 5 - HPRD 11297622
IGFBP6 IBP6 insulin-like growth factor binding protein 6 - HPRD 11297622
TFR2 HFE3 | MGC126368 | TFRC2 transferrin receptor 2 - HPRD，Biogrid 11027676
TFRC CD71 | TFR | TFR1 | TRFR transferrin receptor (p90, CD71) TF与TFR相互作用。 BIND 15525538
TFRC CD71 | TFR | TFR1 | TRFR transferrin receptor (p90, CD71) Reconstituted Complex BioGRID 11027676
TFRC CD71 | TFR | TFR1 | TRFR transferrin receptor (p90, CD71) - HPRD 6268632
TUBB3 MC1R | TUBB4 | beta-4 tubulin, beta 3 两个杂交 BioGRID 16169070


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
ST WNT CA2 CYCLIC GMP PATHWAY 20 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID EPHB FWD PATHWAY 40 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID HIF1 TFPATHWAY 66 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
对血小板胞质CA2升高的反应组反应 89 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSMEMBRANE TRANSPORT OF SMALL MOLECULES 413 270 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME IRON UPTAKE AND TRANSPORT 36 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSFERRIN ENDOCYTOSIS AND RECYCLING 25 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HEMOSTASIS 466 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PLATELET ACTIVATION SIGNALING AND AGGREGATION 208 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
家长mtor信号向上 567 375 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENGUPTA NASOPHARYNGEAL CARCINOMA WITH LMP1 DN 175 82 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TURASHVILI BREAST DUCTAL CARCINOMA VS DUCTAL NORMAL DN 198 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HATADA METHYLATED IN LUNG CANCER UP 390 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MANTOVANI VIRAL GPCR SIGNALING DN 49 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERTUCCI INVASIVE CARCINOMA DUCTAL VS LOBULAR DN 46 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RICKMAN HEAD AND NECK CANCER D 37 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Colin Pilocytic星形胶质细胞瘤与胶质母细胞瘤UP 35 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEN SMARCA2 TARGETS DN 357 212 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CERVERA SDHB TARGETS 2 114 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ASTON MAJOR DEPRESSIVE DISORDER DN 160 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
松本自然杀手差分 475 313 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO肝特异性基因 244 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWN MYELOID CELL DEVELOPMENT DN 129 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HESS TARGETS OF HOXA9 AND MEIS1 DN 77 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HARRIS HYPOXIA 81 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Semenza HIF1目标 36 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG CISPLATIN RESPONSE AND XPC UP 202 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHENG RESPONSE TO NICKEL ACETATE 45 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHONG SECRETOME OF LUNG CANCER AND ENDOTHELIUM 66 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHONG SECRETOME OF LUNG CANCER AND FIBROBLAST 132 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS UP 673 430 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ TP53 TARGETS UP 602 364 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS UP 601 369 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER NORMAL LIKE UP 476 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CADWELL ATG16L1 TARGETS UP 93 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BREDEMEYER RAG SIGNALING NOT VIA ATM DN 57 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WINTER HYPOXIA METAGENE 242 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Poola侵入性乳腺癌DN 134 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYAULT LIVER CANCER SUBCLASS G3 DN 51 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI INDUCED T TO NATURAL KILLER UP 307 182 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHYLA CBFA2T3 TARGETS UP 387 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS UP 504 321 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANDESLUIS COMMD1 TARGETS GROUP 3 UP 89 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YANG BCL3 TARGETS UP 364 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因