基因页：TGFB1I1
概括?
| 基因ID | 7041 |
| Symbol | TGFB1I1 |
| 同义词 | ARA55|HIC-5|HIC5|TSC-5 |
| 描述 | transforming growth factor beta 1 induced transcript 1 |
| 参考 | MIM:602353|HGNC：HGNC：11767|Ensembl:ENSG00000140682|HPRD：03831|Vega：Otthumg00000132467 |
| 基因type | protein-coding |
| 地图位置 | 16p11.2 |
| Pascal P值 | 0.242 |
| Fetal beta | 0.138 |
| DMG | 1（＃研究） |
| eGene | 小脑半球 Cerebellum |
数据源中的基因
| 基因set name | 基因组方法 | 描述 | Info |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG:Wockner_2014 | Genome-wide DNA methylation analysis | This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). | 1 |
| GSMA_IIE | 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） | PSR：0.01775 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | Chromosome | Position | 最近的基因 | P (dis) | beta（dis） | FDR (dis) | Study |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG25395329 | 16 | 31487852 | TGFB1I1 | 6.73E-7 | 0.361 | 0.007 | DMG:Wockner_2014 |
Section II. Transcriptome annotation
基因ral gene expression (GTEx)
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.
Top co-expressed genes in brain regions
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| M6PR | 0.85 | 0.83 |
| WDR42A | 0.83 | 0.79 |
| FECH | 0.80 | 0.77 |
| HDHD2 | 0.79 | 0.75 |
| SNX9 | 0.79 | 0.78 |
| RAB5B | 0.79 | 0.74 |
| Aars | 0.79 | 0.75 |
| COG1 | 0.78 | 0.77 |
| FAM82A2 | 0.78 | 0.75 |
| APLP2 | 0.78 | 0.74 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| IL32 | -0.53 | -0.37 |
| AF347015.21 | -0.53 | -0.25 |
| FAM159B | -0.52 | -0.53 |
| GNG11 | -0.48 | -0.34 |
| CLEC3B | -0.47 | -0.47 |
| AL050337.1 | -0.46 | -0.30 |
| AF347015.18 | -0.44 | -0.17 |
| C1orf54 | -0.44 | -0.28 |
| APOC1 | -0.43 | -0.25 |
| AC098691.2 | -0.43 | -0.31 |
Section III. Gene Ontology annotation
| Molecular function | GO term | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003713 | transcription coactivator activity | 艾达 | 10075738 | |
| 去：0003713 | transcription coactivator activity | NAS | 15572661 | |
| GO:0005515 | protein binding | 新闻学会 | 17353931 | |
| 去：0008270 | zinc ion binding | IEA | - | |
| GO：0046872 | 金属离子结合 | IEA | - | |
| GO:0050681 | 雄激素受体结合 | 新闻学会 | 10075738 | |
| GO:0050681 | 雄激素受体结合 | NAS | 15572661 | |
| Biological process | GO term | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| 去：0007155 | 细胞粘附 | 塔斯 | 9422762 | |
| GO:0006366 | transcription from RNA polymerase II promoter | 塔斯 | 10075738 | |
| GO:0016055 | Wnt受体信号通路 | IEA | - | |
| 去：0008285 | 细胞增殖的阴性调节 | 塔斯 | 7929412 | |
| 去：0030154 | cell differentiation | IEA | - | |
| GO:0030521 | androgen receptor signaling pathway | NAS | 15572661 | |
| GO:0045893 | positive regulation of transcription, DNA-dependent | NAS | 15572661 | |
| 细胞分量 | GO term | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| GO:0005856 | cytoskeleton | IEA | - | |
| GO:0005622 | intracellular | 艾达 | 10075738 | |
| GO:0005634 | 核 | IEA | - | |
| GO:0005737 | 细胞质 | IEA | - | |
| GO:0016363 | 核基质 | IEA | - | |
| GO：0030054 | 细胞连接 | IEA | - |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| Interactors | Aliases B | Official full name B | Experimental | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| AR | AIS |DHTR |Humara |KD |NR3C4 |SBMA |smax1 |TFM | androgen receptor | - | HPRD | 11155740 |
| AR | AIS |DHTR |Humara |KD |NR3C4 |SBMA |smax1 |TFM | androgen receptor | ARA55的羧基末端与羧基末端AR相互作用，以增强转录活性。 | BIND | 10075738 |
| AR | AIS |DHTR |Humara |KD |NR3C4 |SBMA |smax1 |TFM | androgen receptor | Affinity Capture-Western Protein-peptide Reconstituted Complex 两个杂交 |
BioGRID | 11779876|11856738 |
| CCNA1 | - | 细胞周期蛋白A1 | 亲和力捕获ms | BioGRID | 17353931 |
| CRKL | - | V-CRK肉瘤病毒CT10癌基因同源物（Avian）类似 | - | HPRD | 9858471|11463817 |
| CSK | MGC117393 | C-SRC酪氨酸激酶 | Reconstituted Complex | BioGRID | 9858471 |
| FKBP1A | FKBP-12 |FKBP1 |FKBP12 |FKBP12C |PKC12 |PKCI2 |PPIASE | FK506 binding protein 1A, 12kDa | - | HPRD | 12417722 |
| git1 | - | G protein-coupled receptor kinase interacting ArfGAP 1 | - | HPRD | 12153727 |
| HSPB1 | CMT2F | DKFZp586P1322 | HMN2B | HS.76067 | HSP27 | HSP28 | Hsp25 | SRP27 | heat shock 27kDa protein 1 | 两个杂交 | BioGRID | 11546764 |
| ITGA4 | CD49D | IA4 | MGC90518 | 整合素，α4（抗原CD49D，alpha 4的VLA-4受体亚基） | TGFB1I1 (Hic-5) interacts with integrin alpha-4 (ITGA4). | BIND | 10604475 |
| NR3C1 | GCCR | GCR | GR | GRL | nuclear receptor subfamily 3, group C, member 1 (glucocorticoid receptor) | - | HPRD，Biogrid | 10848625 |
| PTK2 | Fadk |fak |fak1 |pp125fak | PTK2蛋白酪氨酸激酶2 | - | HPRD | 9422762|9756887 |
| PTK2 | Fadk |fak |fak1 |pp125fak | PTK2蛋白酪氨酸激酶2 | Affinity Capture-Western Reconstituted Complex |
BioGRID | 9422762|9858471 |11463817 |
| ptk2b | CADTK | CAKB | FADK2 | FAK2 | FRNK | PKB | PTK | PYK2 | RAFTK | PTK2B蛋白酪氨酸激酶2β | - | HPRD | 9422762|11856738 |
| ptk2b | CADTK | CAKB | FADK2 | FAK2 | FRNK | PKB | PTK | PYK2 | RAFTK | PTK2B蛋白酪氨酸激酶2β | Affinity Capture-Western Reconstituted Complex 两个杂交 |
BioGRID | 9422762|9858471 |11856738 |
| PTPN12 | PTP-PEST | PTPG1 | 蛋白质酪氨酸磷酸酶，非受体12型 | - | HPRD，Biogrid | 10092676 |
| PXN | FLJ16691 | 帕西林 | Affinity Capture-Western | BioGRID | 11463817 |
| SDC4 | MGC22217 | SYND4 | syndecan 4 | - | HPRD | 11805099 |
| SLC6A3 | DAT | DAT1 | solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, dopamine), member 3 | - | HPRD，Biogrid | 12177201 |
| Smad3 | DKFZp586N0721 | DKFZp686J10186 | HSPC193 | HsT17436 | JV15-2 | MADH3 | MGC60396 | SMAD家庭中介银行er 3 | ARA55与SMAD3相互作用。这种相互作用是基于未指定物种的人类ARA55和SMAD3之间的相互作用进行建模的。 | BIND | 15561701 |
| Smad4 | DPC4 |jip |madh4 | SMAD家庭成员4 | ARA55 interacts with Smad4. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between human ARA55 and Smad4 from an unspecified species. | BIND | 15561701 |
| Svil | DKFZp686A17191 | supervillin | - | HPRD | 11792840 |
| TGFBR2 | AAT3 | FAA3 | LDS1B | LDS2B | MFS2 | RIIC | TAAD2 | TGFR-2 | TGFbeta-RII | 转化生长因子，β受体II（70/80KDA） | - | HPRD | 12421567 |
| TRAF4 | CART1 |MLN62 |RNF83 | TNF受体相关因子4 | TRAF4与HIC-5相互作用。 | BIND | 12023963 |
| VCL | CMD1W | MVCL | vinculin | Reconstituted Complex | BioGRID | 9858471 |
| VHL | HRCA1 |RCA1 |VHL1 | von Hippel-Lindau肿瘤抑制剂 | 亲和力捕获ms | BioGRID | 17353931 |
V.途径注释
| Pathway name | Pathway size | ＃szgr 2.0基因 | Info |
|---|---|---|---|
| PID AR PATHWAY | 61 | 46 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 刘前列腺癌DN | 481 | 290 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BERTUCCI MEDULLARY VS DUCTAL BREAST CANCER DN | 169 | 118 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SCHUETZ BREAST CANCER DUCTAL INVASIVE UP | 351 | 230 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Chemnitz对前列腺素E2的反应 | 146 | 86 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PAX FOXO1融合的Davicioni目标 | 255 | 177 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS MESENCHYMAL DN | 460 | 312 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MULLIGHAN MLL SIGNATURE 1 DN | 242 | 165 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MULLIGHAN MLL SIGNATURE 2 DN | 281 | 186 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| runx1 runx1t1融合HSC的TONKS目标UP | 185 | 126 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LOPEZ MESOTHELIOMA SURVIVAL WORST VS BEST UP | 14 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SENESE HDAC3 TARGETS DN | 536 | 332 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KIM WT1 TARGETS 8HR UP | 164 | 122 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GRAHAM CML QUIESCENT VS NORMAL QUIESCENT DN | 47 | 32 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Graham CML划分与正常静止DN | 95 | 57 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GRAHAM NORMAL QUIESCENT VS NORMAL DIVIDING UP | 66 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SASAI RESISTANCE TO NEOPLASTIC TRANSFROMATION | 50 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HATADA METHYLATED IN LUNG CANCER UP | 390 | 236 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Tomlins前列腺癌DN | 40 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nuytten EZH2靶向DN | 1024 | 594 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LOPEZ MBD TARGETS | 957 | 597 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 弗里德曼衰老 | 77 | 60 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FRIDMAN IMMORTALIZATION DN | 34 | 24 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 48HR DN | 428 | 306 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| AMIT SERUM RESPONSE 240 MCF10A | 57 | 36 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| VERHAAK AML WITH NPM1 MUTATED DN | 246 | 180 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 牙肺纹状横纹肌肉瘤DN | 408 | 274 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kaab心脏中心与心室 | 249 | 170 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BROWNE HCMV INFECTION 48HR DN | 504 | 323 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BROWNE HCMV INFECTION 18HR DN | 178 | 121 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Lee衰老的肌肉 | 45 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED | 1022 | 619 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARSON BOUND BY E2F4 UNSTIMULATED | 728 | 415 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| IWANAGA CARCINOGENESIS BY KRAS PTEN DN | 353 | 226 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL SUBOPTIMAL DEBULKING | 510 | 309 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 中村转移模型DN | 43 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WANG TUMOR INVASIVENESS DN | 210 | 128 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 陈代谢综合征网络 | 1210 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hoshida肝癌生存 | 73 | 49 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LOPEZ MESOTHELIOMA SURVIVAL OVERALL DN | 16 | 8 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MIKKELSEN ES ICP WITH H3K4ME3 | 718 | 401 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 17 | 181 | 101 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTENS TRETINOIN RESPONSE DN | 841 | 431 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| figueroa aml甲基化簇7 | 118 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP B | 549 | 316 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PASINI SUZ12 TARGETS DN | 315 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Lee BMP2目标 | 745 | 475 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KIM TIAL1 TARGETS | 32 | 22 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG BOUND 8D | 658 | 397 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Alfano MYC目标 | 239 | 156 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL DN | 308 | 187 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 林乳腺干细胞向上 | 489 | 314 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY | 1725年 | 838 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Section VI. microRNA annotation
| miRNA family | 目标位置 | mirna id | miRNA seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR start | UTR end | Match method | |||
| mir-199 | 102 | 108 | 1a | hsa-miR-199a | cccaguucagacuaccuguuc |
| hsa-miR-199b | CCCAGUGUUUAGACUAUCUGUUC | ||||