Gene Page:TNS1

概括?
基因 7145
象征 TNS1
Synonyms MST091 | MST122 | MST127 | MSTP091 | MSTP122 | MSTP127 | MXRA6 | PPP1R155 | TNS
Description Tensin 1
Reference MIM:600076|HGNC:HGNC:11973|Ensembl:ENSG00000079308|HPRD:02512|Vega:OTTHUMG00000133056
Gene type protein-coding
Map location 2q35-q36
Pascal p-value 0.077
Fetal beta -0.569
DMG 1 (# studies)

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
GSMA_IIA Genome scan meta-analysis (All samples) Psr: 0.00916
GSMA_IIE 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） Psr: 0.01016
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations 与神经相关的关键字的命中：1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) Beta (dis) FDR (dis) Study
cg03323067 2 218767655 TNS1 3.85E-5 0.566 0.02 DMG:Wockner_2014


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
myo16 0.80 0.69
LGALS8 0.80 0.80
PTPN13 0.80 0.80
AC079061.1 0.79 0.78
SOSTDC1 0.78 0.73
RHOBTB1 0.76 0.76
PTPRK 0.76 0.78
WWC1 0.75 0.73
MARCH1 0.75 0.75
RNF19A 0.75 0.72
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
REEP6 -0.52 -0.47
AF347015.31 -0.46 -0.46
MT-CO2 -0.45 -0.46
AF347015.8 -0.43 -0.43
AF347015.27 -0.43 -0.41
AF347015.21 -0.43 -0.46
MT-CYB -0.43 -0.41
AF347015.2 -0.43 -0.44
AF347015.33 -0.43 -0.40
METRN -0.42 -0.47

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0004252 serine-type endopeptidase activity IEA glutamate (GO term level: 7) -
GO:0003779 actin binding IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 17190795
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006508 proteolysis IEA -
GO:0007044 cell-substrate junction assembly IEA -
GO:0016477 cell migration IEA -
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005856 cytoskeleton IEA -
GO:0005737 细胞质 IEA -
去：0005925 focal adhesion IEA -
GO:0030054 细胞连接 IEA -
GO:0030055 cell-substrate junction IEA -

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
BIOCARTA INTEGRIN PATHWAY 38 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID ILK PATHWAY 45 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA TUMOR ZONE PERIPHERAL VS CENTRAL DN 634 384 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PICCALUGA ANGIOIMMUNOBLASTIC LYMPHOMA UP 205 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU PROSTATE CANCER DN 481 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE LIVE UP 485 293 该途径中的所有SZGR 2.0基因
gal白血病干细胞DN 244 153 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMIRNOV CIRCULATING ENDOTHELIOCYTES IN CANCER UP 158 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSWALD HEMATOPOIETIC STEM CELL IN COLLAGEN GEL DN 275 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 16D DN 143 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOEBEKE LYMPHOID STEM CELL DN 86 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAPASPYRIDONOS UNSTABLE ATEROSCLEROTIC PLAQUE DN 43 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 TARGETS DN 260 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 AND HDAC2 TARGETS DN 232 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC3 TARGETS DN 536 332 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION UP 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SABATES COLORECTAL ADENOMA DN 291 176 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM WT1 TARGETS UP 214 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM WT1 TARGETS 8HR UP 164 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP 1821 933 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED DN 805 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC DN 537 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 4 5WK DN 196 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 5 6WK DN 137 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 6 7WK UP 197 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL TGFB1 TARGETS UP 169 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN TERMINAL END BUD UP 12 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EBAUER TARGETS OF PAX3 FOXO1 FUSION UP 207 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP53 TARGETS 1174 695 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 2B 392 251 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OXFORD RALA OR RALB TARGETS DN 24 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA ELK3 UP 209 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA ELK3 AND HIF1A DN 103 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET KRAS TARGETS UP 84 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MANALO HYPOXIA UP 207 145 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伊万诺娃造血干细胞长期 302 191 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEIN PONS MARKERS 89 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON CANCER UP 871 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEST ADRENOCORTICAL TUMOR DN 546 362 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHO NR4A1 TARGETS 33 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yague pryumor耐药性DN 13 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 36HR UP 221 150 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Han Satb1靶向 395 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Han Satb1靶向DN 442 275 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VALK AML CLUSTER 7 28 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VALK AML CLUSTER 8 26 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYAULT肝癌SUBCLASS G6 DN 19 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANDRAN METASTASIS DN 306 191 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHYLA CBFA2T3 TARGETS DN 242 146 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIM MAMMARY STEM CELL UP 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-21 1644 1650 1A hsa-miR-21brain UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA
HSA-MIR-590 gagcuuauucauaaaaagugcag
miR-9 695 701 1A hsa-miR-9SZ UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA