基因页：三人组

概括?
基因ID 7204
Symbol 三人组
同义词 arhgef23 | tgat
描述 trio Rho guanine nucleotide exchange factor
参考 MIM:601893|HGNC:HGNC:12303|ENSEMBL：ENSG0000000038382|HPRD:03537|Vega：Otthumg00000131057
基因type protein-coding
地图位置 5p15.2
Pascal P值 0.301
Sherlock P值 0.942
Fetal beta 0.949
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 G2Cdb.humanPSD
G2Cdb.humanPSP
COMPOSITESET
Darnell FMRP targets
Ascano FMRP目标

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 高通量文献搜索 有限公司-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias Click to show details
网络 人蛋白质蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 有限公司ntribution to shortest path in PPI network: 0.1003

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
CG02445282 5 14359581 三人组 4.606E-4 0.416 0.046 DMG:Wockner_2014

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
rs3106445 chr3 165326464 三人组 7204 0.1 trans
RS1199915 0 三人组 7204 0.17 trans
RS520325 chr3 165361016 三人组 7204 0.03 trans
RS830202 chr3 165654796 三人组 7204 0.01 trans
RS1324669 chr13 107872446 三人组 7204 0.04 trans
rs17264923 chrX 69499164 三人组 7204 0.11 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
ARMC1 0.92 0.92
ARL2BP 0.92 0.90
Golph3 0.91 0.92
SAR1A 0.91 0.90
dclre1a 0.91 0.91
API5L1 0.91 0.91
DCTN4 0.91 0.91
VPS37A 0.91 0.89
SMU1 0.91 0.88
CNOT7 0.91 0.91
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
MT-CO2 -0.76 -0.78
FXYD1 -0.73 -0.78
AF347015.21 -0.73 -0.74
AF347015.8 -0.73 -0.76
MT-CYB -0.72 -0.74
AF347015.33 -0.72 -0.74
AF347015.31 -0.71 -0.73
IFI27 -0.70 -0.74
higd1b -0.69 -0.72
AF347015.2 -0.69 -0.72

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
GO:0005089 Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity IEA -
GO:0005085 guanyl-nucleotide交换因素活动 tas 8643598
GO:0005524 ATP结合 IEA -
GO:0004674 蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性 tas 8643598
GO:0016740 transferase activity IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006468 蛋白氨基酸磷酸化 IEA -
去：0007185 transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway tas 8643598
GO:0035023 regulation of Rho protein signal transduction IEA -
细胞成分 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005622 intracellular IEA -
GO:0005737 细胞质 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃SZGR 2.0途径中的基因 Info
BIOCARTA RAC1 PATHWAY 23 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID RHOA REG PATHWAY 46 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NETRIN PATHWAY 32 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID RAC1 REG PATHWAY 38 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SIGNALING BY RHO GTPASES 113 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NGF的Reactome信号传导 217 167 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome发育生物学 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME GASTRIN CREB SIGNALLING PATHWAY VIA PKC AND MAPK 205 136 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome Nrage通过JNK发出死亡的信号 43 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CELL DEATH SIGNALLING VIA NRAGE NRIF AND NADE 60 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME P75 NTR RECEPTOR MEDIATED SIGNALLING 81 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GPCR的反应组信号传导 920 449 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AXON GUIDANCE 251 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G ALPHA Q SIGNALLING EVENTS 184 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome G alpha1213信号传导事件 74 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome GPCR下游信号传导 805 368 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NETRIN1 SIGNALING 41 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome DCC介导的有吸引力的信号 13 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONKEN UVEAL MELANOMA UP 783 507 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhong对Azacitidine和TSA的反应 183 119 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARY CD5 TARGETS UP 473 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS MESENCHYMAL DN 460 312 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Charafe乳腺癌基础与间充质DN 50 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
UDAYAKUMAR MED1 TARGETS DN 240 171 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 TARGETS UP 457 269 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Senese HDAC3靶向 501 327 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim WT1靶向 214 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA DN 394 258 该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 COMMON DN 483 336 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT EGF RESPONSE 480 HELA 164 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Jeon Smad6靶向 24 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SUNG METASTASIS STROMA UP 110 70 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗斯急性髓样白血病CBF 82 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ASTON MAJOR DEPRESSIVE DISORDER DN 160 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MANALO HYPOXIA UP 207 145 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEI MYB TARGETS 318 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HALMOS CEBPA TARGETS DN 46 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
nguyen Notch1靶向DN 86 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染14小时DN 298 200 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 20HR DN 101 70 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAAB FAILED HEART ATRIUM UP 38 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 48HR DN 504 323 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHENG FOXP3 TARGETS IN THYMUS UP 196 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stein Esrra目标DN 105 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
林黑色素瘤复制号码 73 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FUJII YBX1 TARGETS DN 202 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Firestein增殖 175 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE RECENT THYMIC EMIGRANT 227 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
米利伪足 668 419 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hoshida肝癌生存 73 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAGI AML WITH T 8 21 TRANSLOCATION 368 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stein Esrra目标 535 325 该途径中的所有SZGR 2.0基因
钱德兰转移 221 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS UP 504 321 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 UP 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1靶向 682 433 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ TRANSLATION VIA FN1 SIGNALING 35 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIEG HYPOXIA NOT VIA KDM3A 770 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE NOT VIA P38 337 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PECE MAMMARY STEM CELL DN 146 88 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-101 798 804 1A HSA-MIR-101 UACAGUACUGUGAUAACUGAAG
miR-129-5p 254 261 1A,m8 hsa-miR-129脑 CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC
hsa-miR-129-5p CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCU
mir-144 797 804 1A,m8 hsa-miR-144 UACAGUAUAGAUGUAUGUAGUAG
miR-25/32/92/363/367 846 852 m8 HSA-MIR-25脑 CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA
HSA-MIR-32 UAUUGCACAUUACUAAGUUGC
hsa-miR-92 UAUUGCACUUGUCCCGGCCUG
hsa-miR-367 AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA
hsa-miR-92bSZ UAUUGCACUCGUCCCGGCCUC
miR-450 254 260 1A HSA-MIR-450 uuuuugcgauguuccuaaua
miR-539 16 22 1A HSA-MIR-539 ggagaauuauccuuggugugu