SZGR2 - Beplay体育中心

Summary？

基因	7283
象征	TUBG1
Synonyms	CDCBM4 \| GCP-1 \| TUBG \| TUBGCP1
Description	微管蛋白伽马1
Reference	MIM:191135\|HGNC：HGNC：12417\|ENSEMBL：ENSG00000131462\|HPRD:01853\|Vega：Otthumg00000180277
基因类型	蛋白质编码
Map location	17Q21
帕斯卡pvalue	0.062
Sherlock p-value	0.029
胎儿β	-0.664
主持人	Myers' cis & trans

Gene in Data Sources

基因集名称	Method of gene set	Description	信息
简历：PGCNP	全基因组协会研究	GWAS
Network	Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network	Contribution to shortest path in PPI network: 0.0833

Section I. Genetics and epigenetics annotation

EQTL注释

SNP ID	染色体	位置	主持人	Gene Entrez ID	PVALUE	QVALUE	TSS距离	EQTL类型
rs4854166	CHR2	3297005	TUBG1	7283		0.13		反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
Gene	皮尔逊的相关性	斯皮尔曼的相关性
MRPS27	0.91	0.90
KPNA4	0.90	0.91
npepps	0.90	0.89
Golga5	0.89	0.89
ATF2	0.89	0.90
Cul1	0.89	0.89
汤匙	0.89	0.89
VPS37A	0.89	0.89
ARMC1	0.89	0.90
PSMD11	0.89	0.88

前10个负共表达基因
Gene	皮尔逊的相关性	斯皮尔曼的相关性
MT-CO2	-0.81	-0.82
AF347015.31	-0.80	-0.81
AF347015.8	-0.79	-0.81
mt-cyb	-0.78	-0.80
AF347015.21	-0.77	-0.79
AF347015.2	-0.77	-0.81
AF347015.33	-0.77	-0.78
AF347015.27	-0.76	-0.78
AF347015.15	-0.75	-0.79
AF347015.26	-0.75	-0.78

第三节。基因本体论注释

分子功能	去学期	证据	神经关键字	PubMed ID
去：0000166	nucleotide binding	IEA		-
去：0003924	GTPase activity	IEA		-
去：0005515	蛋白质结合	IPI		9566969\|17286961
去：0005525	三磷酸鸟苷结合	IEA		-
去：0005200	细胞骨架的结构成分	TAS		1904010
生物过程	去学期	证据	神经关键字	PubMed ID
GO:0000212	减数分裂主轴组织	ISS		-
GO:0000226	microtubule cytoskeleton organization	TAS		1904010
GO：0051258	蛋白质聚合	IEA		-
Cellular component	去学期	证据	神经关键字	PubMed ID
GO:0000242	丁香三元材料	IEA		-
GO:0000794	凝结的核染色体	ISS		-
去：0000930	γ-微管蛋白复合物	TAS		9566969
GO:0005816	主轴杆身体	TAS		1904010
GO:0005827	polar microtubule	艾达		9566969
去：0005881	细胞质微管	IEA		-
去：0005737	cytoplasm	艾达		9566969
去：0005737	cytoplasm	ISS		-

Section IV. Protein-protein interaction annotation

互动者	别名b	官方全名b	实验	Source	PubMed ID
BRCA1	Brcai \|BRCC1 \|虹膜\|PSCP \|RNF53	乳腺癌1，早发	-	HPRD,BioGRID	9789027\|11691781
cenpj	BM032 \|CPAP \|圈\|lip1 \|MCPH6 \|MGC131581 \|MGC131582 \|MGC142222 \|MGC142224	Centromere蛋白J	亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	11003675
MARK4	FLJ90097 \|KIAA1860 \|markl1 \|NBLA00650	地图/微管亲和调节激酶4	Affinity Capture-MS 亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	14594945
NDE1	FLJ20101 \| HOM-TES-87 \| NUDE \| NUDE1	裸核分布基因E同源1（A. nidulans）	亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	11163258
NUP85	FLJ12549 \|NUP75	核孔蛋白85KDA	-	HPRD	7592789
PCNT	肯mopd2 \|PCN \|PCNT2 \|PCNTB \|pctn2 \|SCKL4	包中心	-	HPRD	12221128
PIK3R1	GRB1 \| p85 \| p85-ALPHA	磷酸肌醇3-激酶，调节亚基1（alpha）	-	HPRD	7592789
PXN	FLJ16691	帕西林	-	HPRD,BioGRID	10840040\|11950600
rab8b	FLJ38125	Rab8b，Ras Oncogene家族成员	亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	12639940
RACGAP1	HSCYK-4 \|ID-GAP \|mgcracgap	RAC GTPase激活蛋白1	-	HPRD	11942621
RASSF1	123F2 \| NORE2A \| RASSF1A \| RDA32 \| REH3P21	Ras association (RalGDS/AF-6) domain family member 1	-	HPRD,BioGRID	14603253
RNF19A	DKFZP566B1346 \|Dorfin \|RNF19	ring finger protein 19A	-	HPRD	11237715
SPATC1	MGC61633 \|spata15 \|蜘蛛蛋白	精子发生和中心相关1	亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	15280373
tuba1b	K-Alpha-1	tubulin, alpha 1b	-	HPRD	11082048
tuba3c	TUBA2 \| bA408E5.3	tubulin, alpha 3c	-	HPRD	11082048
tubgcp3	gcp3 \|SPBC98 \|SPC98P	微管蛋白，伽玛复合物相关蛋白3	-	HPRD	9566969

Section V. Pathway annotation

路径名	路径大小	# SZGR 2.0 genes in pathway	信息
PID PLK1途径	46	25	All SZGR 2.0 genes in this pathway
反应组细胞周期	421	253	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome细胞周期有丝分裂	325	185	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome募集有丝分裂的中心体蛋白和复合物	66	43	All SZGR 2.0 genes in this pathway
来自有丝分裂中心体NLP的反应组损失	59	38	All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME RECRUITMENT OF NUMA TO MITOTIC CENTROSOMES	10	8	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome有丝分裂G2 G2 M相	81	50	All SZGR 2.0 genes in this pathway
中村肿瘤区周围与中央	285	181	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Fournier腺泡开发后期DN	21	13	All SZGR 2.0 genes in this pathway
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 24HR UP	557	331	All SZGR 2.0 genes in this pathway
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION UP	1278	748	All SZGR 2.0 genes in this pathway
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED UP	633	376	All SZGR 2.0 genes in this pathway
ENK UV响应表皮增强	293	179	All SZGR 2.0 genes in this pathway
berenjeno由Rhoa Up Troment	536	340	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PATIL LIVER CANCER	747	453	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Pujana乳腺癌点燃int网络	101	73	All SZGR 2.0 genes in this pathway
洛佩兹MBD目标	957	597	All SZGR 2.0 genes in this pathway
BENPORATH NANOG TARGETS	988	594	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath SOX2目标	734	436	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath Myc Max目标	775	494	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Stark前额叶皮层22Q11删除DN	517	309	All SZGR 2.0 genes in this pathway
BASSO B LYMPHOCYTE NETWORK	143	96	All SZGR 2.0 genes in this pathway
MANALO HYPOXIA DN	289	166	All SZGR 2.0 genes in this pathway
tarte浆细胞与Plasmablast DN	309	206	All SZGR 2.0 genes in this pathway
彭雷帕霉素反应dn	245	154	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PENG GLUTAMINE DEPRIVATION DN	337	230	All SZGR 2.0 genes in this pathway
LEI MYB目标	318	215	All SZGR 2.0 genes in this pathway
NPM1定位DN的Alcalay AML	184	132	All SZGR 2.0 genes in this pathway
ZHANG RESPONSE TO CANTHARIDIN DN	69	46	All SZGR 2.0 genes in this pathway
BANDRES RESPONSE TO CARMUSTIN WITHOUT MGMT 48HR DN	32	25	All SZGR 2.0 genes in this pathway
BANDRES RESPONSE TO CARMUSTIN MGMT 48HR DN	161	105	All SZGR 2.0 genes in this pathway
CREIGHTON ENDOCRINE THERAPY RESISTANCE 2	473	224	All SZGR 2.0 genes in this pathway
由FOXP3绑定的Marson刺激	1022	619	All SZGR 2.0 genes in this pathway
MARSON BOUND BY FOXP3 UNSTIMULATED	1229	713	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Heller HDAC靶向被甲基化的沉默	461	298	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sarrio上皮间质转变	180	114	All SZGR 2.0 genes in this pathway
对Salirasib dn的Blum响应	342	220	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Chang Core血清反应	212	128	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Shedden肺癌的生存率差A6	456	285	All SZGR 2.0 genes in this pathway
BOYAULT LIVER CANCER SUBCLASS G23 UP	52	35	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Kobayashi EGFR信令24小时DN	251	151	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Fournier腺泡开发2	277	172	All SZGR 2.0 genes in this pathway
CAIRO HEPATOBLASTOMA CLASSES UP	605	377	All SZGR 2.0 genes in this pathway
由MYC约束	1103	714	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Chicas RB1靶向衰老	572	352	All SZGR 2.0 genes in this pathway
棕熊UVC响应迟到	1137	655	All SZGR 2.0 genes in this pathway
lim乳腺腔内成熟	116	65	All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族	目标位置			miRNA ID	mirna seq
mirna家族	UTR开始	UTR结束	匹配方法	miRNA ID	mirna seq
mir-124.1	26	32	M8	HSA-MIR-124A	UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
mir-124/506	26	32	1a	hsa - mir - 506	uaaggcacccuucugugaguaga
mir-124/506	26	32	1a	HSA-MIR-124^brain	UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-125/351	81	87	1a	hsa-miR-125b^brain	ucccugagacccuaacuuguga
miR-125/351	81	87	1a	hsa-miR-125a^brain	ucccugagacccuuaaccugug
miR-199	181	187	1a	HSA-MIR-199A	CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC
miR-199	181	187	1a	HSA-MIR-199B	cccaguguuuagacuaucuuc

SZ：在精神分裂症患者的脑皮质中差异表达的miRNA与使用微阵列进行对照样品进行比较。点击hereto see the list of SZ related miRNAs.
大脑：基于miRNA微阵列表达研究在大脑中表达的miRNA。点击here查看与大脑相关的miRNA列表。

基因页：TUBG1