Gene Page:UBE2N
Summary?
基因 | 7334 |
象征 | UBE2N |
Synonyms | HEL-S-71 | UBC13 | Ubchben;ubc13 | ubch-ben | ubch13 |
Description | 泛素结合酶E2 N |
Reference | MIM:603679|HGNC:HGNC:12492|HPRD:04725| |
基因类型 | 蛋白质编码 |
Map location | 12Q22 |
pascal p-value | 0.003 |
Sherlock p-value | 0.156 |
胎儿β | -0.221 |
DMG | 2(# studies) |
主持人 | 元 |
Support | RNA和蛋白质合成 G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSENSUS CompositeSet |
Gene in Data Sources
基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
---|---|---|---|
CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 2 |
DMG:Vaneijk_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点,对应于精神分裂症患者(n = 260)和未受影响的对照(n = 250)之间的391个独特的转录本。 | 2 |
PMID:cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
表达 | 元-analysis of gene expression | p价值:1.57 | |
Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias | 点击显示详细信息 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
不同的米ethylated gene
probe | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | Beta (dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG14790421 | 12 | 93834936 | UBE2N | 5.74E-9 | -0.012 | 3.13E-6 | DMG:JAFFE_2016 |
CG04797323 | 12 | 93966978 | UBE2N | 0.007 | 5.293 | DMG:Vaneijk_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![Not available](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/UBE2N_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达(brainspan)
Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
No co-expressed genes in brain regions
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 11473255 | |
GO:0004842 | 泛素 - 蛋白连接酶活性 | IEA | - | |
GO:0016874 | ligase activity | IEA | - | |
去:0043130 | ubiquitin binding | IDA | 16122702 | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0000724 | double-strand break repair via homologous recombination | IMP | 17349954 | |
去:0000729 | DNA双链断裂处理 | IMP | 17349954 | |
去:0006508 | proteolysis | TAS | 8902611 | |
去:0006511 | ubiquitin-dependent protein catabolic process | IEA | - | |
去:0006301 | 后置式修复 | IMP | 17349954 | |
去:0051092 | NF-kappab转录因子活性的正调控 | IMP | 14695475 | |
GO:0033182 | 组蛋白泛素化的调节 | IMP | 17349954 | |
GO:0050852 | T cell receptor signaling pathway | IMP | 15125833 | |
GO:0031058 | positive regulation of histone modification | IMP | 17349954 | |
GO:0051246 | regulation of protein metabolic process | IEA | - | |
GO:0043123 | I-kappab激酶/NF-kappab级联的积极调节 | IMP | 16129784 | |
GO:0045739 | DNA修复的阳性调节 | IMP | 16129784 | |
GO:0043687 | post-translational protein modification | IEA | - | |
GO:0051443 | 泛素 - 蛋白连接酶活性的阳性调节 | IMP | 17349954 | |
Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005634 | nucleus | IDA | 16129784 | |
去:0005737 | cytoplasm | TAS | 16130169 | |
GO:0031372 | UBC13-MMS2 complex | IDA | 16129784 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
mirna家族 | Target position | miRNA ID | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
miR-128 | 291 | 298 | 1A,M8 | hsa-miR-128a | ucacagugaaccggucuuuu |
hsa-miR-128b | ucacagugaaccggucuuc | ||||
miR-134 | 1021 | 1027 | 1a | HSA-MIR-134brain | ugugacuggugaccagaggg |
miR-139 | 495 | 501 | 1a | HSA-MIR-139brain | ucuacagugcacgugucu |
mir-205 | 299 | 305 | M8 | hsa-miR-205 | UCCUUCAUUCCACCGGAGUCUG |
mir-219 | 734 | 740 | M8 | hsa-miR-219brain | UGAUUGUCCAAACGCAAUUCU |
miR-22 | 440 | 446 | 1a | hsa-miR-22brain | Aagcugccaguugaagaacugu |
miR-27 | 292 | 299 | 1A,M8 | HSA-MIR-27Abrain | uucacaguggcuaaguuccgc |
HSA-MIR-27Bbrain | UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC | ||||
miR-31 | 986 | 993 | 1A,M8 | hsa-miR-31 | Aggcaagaugcuggcauagcug |
miR-495 | 671 | 677 | 1a | HSA-MIR-495brain | Aaacaaacauggugcacuuuuu |