Gene Page:USP1

概括?
GeneID 7398
Symbol USP1
同义词 UBP
描述 泛素特异性肽酶1
参考 MIM：603478|HGNC:HGNC:12607|Ensembl:ENSG00000162607|HPRD:04593|Vega:OTTHUMG00000008972
Gene type protein-coding
地图位置 1p31.3
Pascal p-value 0.36
Sherlock P值 0.769
Fetal beta 1.142
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集name 基因组方法 描述 Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 1
GSMA_IIA Genome scan meta-analysis (All samples) Psr: 0.02692

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
CG13445763 1 62902662 USP1 4.25E-9 -0.011 2.55e-6 DMG:Jaffe_2016

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
RS1482247 chr16 59591787 USP1 7398 0.19 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0004197 cysteine-type endopeptidase activity 塔斯 9827704
GO:0004221 ubiquitin thiolesterase activity IEA -
GO:0008233 peptidase activity IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process IEA -
GO:0006281 DNA修复 IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005634 核 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PID Fanconi Pathway 47 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME FANCONI ANEMIA PATHWAY 25 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME DNA REPAIR 112 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PYEON HPV POSITIVE TUMORS UP 98 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sengupta鼻咽癌，LMP1 UP 408 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SLEBOS HEAD AND NECK CANCER WITH HPV UP 84 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
奥斯曼膀胱癌 404 246 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DITTMER PTHLH TARGETS UP 112 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLII融合的Kinsey目标 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德里格甲状腺癌的分化不佳 633 376 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE DN 485 334 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BARIS THYROID CANCER DN 59 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA UP 536 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP 584 356 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KONG E2F3 TARGETS 97 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SPIELMAN LYMPHOBLAST EUROPEAN VS ASIAN DN 584 395 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA XPRSS INT NETWORK 168 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA2 PCC NETWORK 423 265 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS 775 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH CYCLING GENES 648 385 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STARK PREFRONTAL CORTEX 22Q11 DELETION DN 517 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGES CELL CYCLE MIR192 TARGETS 62 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGES TARGETS OF MIR192 AND MIR215 893 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEN SMARCA2 TARGETS UP 424 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG RESPONSE TO IKK INHIBITOR AND TNF DN 103 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MANALO缺氧DN 289 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LE EGR2目标 108 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
THEILGAARD NEUTROPHIL AT SKIN WOUND DN 225 163 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE INCIPIENT UP 390 242 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GENTILE UV RESPONSE CLUSTER D4 55 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 48HR UP 180 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 14HR UP 156 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 3 101 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦紫外线高剂量DN 312 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAZARD RESPONSE TO UV NHEK DN 318 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY E2F4 UNSTIMULATED 728 415 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG ENVIRONMENTAL STRESS RESPONSE NOT BY 4NQO IN WS 40 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG DNA DAMAGE UP 226 164 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG ENVIRONMENTAL STRESS RESPONSE DN 21 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG PROTEASOME GENE MODULE 49 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WILSON PROTEASES AT TUMOR BONE INTERFACE UP 21 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG BREAST CANCER PROGENITORS UP 425 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHENG GLIOBLASTOMA PLASTICITY UP 250 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLUM RESPONSE TO SALIRASIB DN 342 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Liver Cancer生存DN 175 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUIZ TNC TARGETS DN 142 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANG CYCLING GENES 148 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 36HR DN 185 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR DN 277 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张TLX目标DN 89 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boyault肝癌子类G23 UP 52 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRCA1的Pujana乳腺癌突变 56 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOBAYASHI EGFR SIGNALING 24HR DN 251 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOURNIER ACINAR DEVELOPMENT LATE 2 277 172 该途径中的所有SZGR 2.0基因
全部复发预后 19 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 17 181 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
惠特菲尔德细胞周期S 162 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS TRETINOIN RESPONSE DN 841 431 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHICAS RB1 TARGETS SENESCENT 572 352 该途径中的所有SZGR 2.0基因
国外RB1增长目标 243 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 DN 918 550 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN 882 538 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS DN 553 343 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION UP 570 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIEG HYPOXIA NOT VIA KDM3A 770 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YU BAP1 TARGETS 29 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU CELL CYCLE GENES IN IR RESPONSE 6HR 85 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU CELL CYCLE GENES IN IR RESPONSE 24HR 128 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-124/506 512 518 m8 hsa-miR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-192/215 727 733 1A hsa-miR-192 CUGACCUAUGAAUUGACAGCC
HSA-MIR-215 AUGACCUAUGAAUUGACAGAC
miR-30-3p 151 158 1A,m8 hsa-miR-30a-3p cuuucagucggauguugcagc
hsa-miR-30e-3p CUUUCAGUCGGAUGUUUACAGC
mir-375 219 225 1A hsa-miR-375 UUUGUUCGUUCGGCUCGCGUGA
miR-410 126 132 1A HSA-MIR-410 AAUAUAACACAGAUGGCCUGU
miR-433-3p 433 439 1A HSA-MIR-433脑 AUCAUGAUGGGCUCCUCGGUGU