基因页：VCL
概括？
| 基因 | 7414 |
| 象征 | VCL |
| 同义词 | CMD1W | CMH15 | HEL114 | MV | MVCL |
| 描述 | Vinculin |
| 参考 | MIM：193065|HGNC：HGNC：12665|ENSEMBL：ENSG0000000035403|HPRD：01900|Vega：Otthumg0000000018498 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 10q22.2 |
| Pascal P值 | 0.3 |
| Sherlock P值 | 3.539E-5 |
| 胎儿β | 0.282 |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 元 |
| 支持 | G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSESUS COMPOSITESET |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| 网络 | 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 | PPI网络中最短路径的贡献：0.169 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
EQTL注释
EQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS10128354 | Chr10 | 75470044 | VCL | 7414 | 0.12 | 顺式 | ||
| RS7901055 | Chr10 | 76415028 | VCL | 7414 | 0.14 | 顺式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003779 | 肌动蛋白结合 | 艾达 | 7816144 | |
| 去：0005198 | 结构分子活性 | IEA | - | |
| GO：0016491 | 氧化还原酶活性 | ISS | - | |
| GO：0045294 | α-catenin结合 | IPI | 9700171 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007155 | 细胞粘附 | 塔斯 | 15501673 | |
| 去：0006928 | 细胞运动 | 塔斯 | 16130169 | |
| 去：0030336 | 细胞迁移的负调节 | 塔斯 | 15494027 | |
| GO：0043297 | 顶点交界器组件 | 小鬼 | 9700171 | |
| 去：0030032 | 层状生物发生 | ISS | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005737 | 细胞质 | IEA | - | |
| 去：0005925 | 局灶性粘附 | ISS | - | |
| 去：0005916 | 筋膜膜 | IEA | - | |
| 去：0005912 | 粘附交界处 | ISS | - | |
| 去：0005911 | 细胞电池连接 | ISS | - | |
| 去：0005886 | 质膜 | IEA | - | |
| GO：0015629 | 肌动蛋白细胞骨架 | IEA | - | |
| GO：0030055 | 细胞底线连接 | nas | 2116004 | |
| GO：0043234 | 蛋白质复合物 | 艾达 | 9700171 | |
| 去：0043034 | Costamere | ISS | - |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| ABI2 | Abi-2 |ABI2B |AIP-1 |ablbp3 |SSH3BP2 |argbpia |argbpib | ABL Interactor 2 | 两个杂交 | Biogrid | 16189514 |
| acta1 | Acta |Asma |CFTD |CFTD1 |CFTDM |mpfd |Nem1 |Nem2 |NEM3 | 肌动蛋白，α1，骨骼肌 | - | HPRD | 7816144 |
| BCAR1 | cas |cas1 |Cass1 |crkas |P130CAS | 乳腺癌抗雌激素抵抗1 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11577104 |
| C19orf57 | MGC11271 |MGC149720 | 染色体19开放阅读框57 | 两个杂交 | Biogrid | 16189514 |
| CDH1 | 弧1 |CD324 |cdhe |ECAD |lcam |UVO | 钙粘蛋白1，1型，e-钙粘蛋白（上皮） | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 9405455|9535896 |
| cltc | CHC |CHC17 |CLH-17 |cltcl2 |HC |KIAA0034 | 网状蛋白，重链（HC） | - | HPRD，Biogrid | 8276759 |
| coro2b | 夹子|KIAA0925 | 冠状蛋白，肌动蛋白结合蛋白，2B | - | HPRD，Biogrid | 10224093 |
| CTNNA1 | CAP102 |FLJ36832 | Catenin（cadherin相关蛋白），α1，102KDA | - | HPRD，Biogrid | 9700171 |
| CTNNB1 | ctnnb |DKFZP686D02253 |FLJ25606 |FLJ37923 | Catenin（cadherin相关蛋白），β1，88KDA | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 9405455 |
| GSN | DKFZP313L0718 | 凝胶素（淀粉样变性，芬兰类型） | - | HPRD，Biogrid | 11577104 |
| nrap | - | Nebulin相关锚定蛋白 | - | HPRD，Biogrid | 10320340 |
| PSME1 | ifi5111 |MGC8628 |PA28A |PA28ALPHA |富豪 | 蛋白酶体（Prosome，大型）激活剂亚基1（PA28 alpha） | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| PXN | FLJ16691 | 帕西林 | - | HPRD，Biogrid | 9054445 |
| PXN | FLJ16691 | 帕西林 | - | HPRD | 7525621|7534286 | 9054445 |
| Raver1 | KIAA1978 | 核糖核蛋白，PTB结合1 | - | HPRD | 11724819 |
| 塞勒 | CD62E |Elam |ELAM1 |Esel |lecam2 | selectin e | - | HPRD | 8609175 |
| Sorbs1 | 上限|DKFZP451C066 |DKFZP586P1422 |flaf2 |FLJ12406 |KIAA1296 |R85FL |SH3D5 |SH3P12 |Sorb1 | 索尔宾和SH3域，包含1个 | - | HPRD，Biogrid | 10085297 |
| Sorbs2 | argbp2 |FLJ93447 |KIAA0777 |Pro0618 | 索尔宾和SH3域，包含2个 | - | HPRD，Biogrid | 10521485 |
| TGFB1I1 | ARA55 |HIC-5 |Hic5 |TSC-5 | 转化生长因子β1诱导的转录本1 | 重构的复合物 | Biogrid | 9858471 |
| Trip6 | MGC10556 |MGC10558 |MGC29959 |MGC3837 |MGC4423 |OIP1 |ZRP-1 | 甲状腺激素受体相互作用6 | 两个杂交 | Biogrid | 16189514 |
| vasp | - | 血管扩张剂刺激的磷蛋白 | - | HPRD，Biogrid | 10882740 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| kegg焦点粘附 | 201 | 138 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| kegg粘附交界处 | 75 | 53 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| kegg白细胞跨内皮迁移 | 118 | 78 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 肌动蛋白细胞骨架的KEGG调节 | 216 | 144 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Biocarta Cell2Cell途径 | 14 | 11 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Biocarta整联蛋白途径 | 38 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Biocarta Rho途径 | 32 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| pid rhoa途径 | 45 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID AVB3整合素途径 | 75 | 53 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID Ecadherin稳定途径 | 42 | 34 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID VEGFR1 2途径 | 69 | 57 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID FAK PATHWAY | 59 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 对血小板胞质CA2升高的反应组反应 | 89 | 56 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 反应组肌肉收缩 | 48 | 24 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome平滑肌收缩 | 25 | 14 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 反应组止血 | 466 | 331 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome血小板激活信号传导和聚集 | 208 | 138 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 中村肿瘤区周围与中央 | 285 | 181 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 刘前列腺癌DN | 481 | 290 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Fulcher炎症反应凝集素与LPS | 579 | 346 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| casorelli急性临时细胞白血病DN | 663 | 425 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 迪亚兹慢性巨态性白血病 | 1382 | 904 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 乳腺癌腔与间充质DN | 460 | 312 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| EWSR1 FLII融合DN的Kinsey目标 | 329 | 219 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nagashima NRG1信号向上发出 | 176 | 123 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kim WT1靶向 | 214 | 155 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Provenzani转移 | 194 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Berenjeno岩石信号不是通过Rhoa DN | 48 | 34 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Baris甲状腺癌DN | 59 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Dacosta UV响应通过ERCC3 DN | 855 | 609 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Martoriati MDM4靶向胎儿肝DN | 514 | 319 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Tomlins前列腺癌DN | 40 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nuytten Nipp1靶向DN | 848 | 527 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Buytaert光动力疗法应力DN | 637 | 377 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 洛佩兹MBD目标 | 957 | 597 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Guenther生长球形与辅助DN | 26 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath循环基因 | 648 | 385 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| lu IL4信号传导 | 94 | 56 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans | 882 | 572 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LEI MYB目标 | 318 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Haslinger B Cll带有12个三体染色体 | 24 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Tavor Cebpa靶向 | 48 | 36 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Yagi AML Fab标记 | 191 | 131 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 伯顿成生成10 | 30 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CUI TCF21目标2 DN | 830 | 547 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WU HBX目标3 | 18 | 11 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Browne HCMV感染20小时DN | 101 | 70 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Chen lvad支持失败的心 | 103 | 69 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 伯顿成生成8 | 86 | 57 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 肺癌和内皮的钟分泌组 | 66 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 肺癌和成纤维细胞的钟分泌组 | 132 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Heller HDAC靶向 | 317 | 208 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Iwanaga癌变由Kras Pten DN | 353 | 226 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Izadpanah干细胞脂肪与骨DN | 108 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Chung水泡细胞毒性DN | 44 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 王肿瘤的侵入性 | 374 | 247 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Lee Liver Cancer生存DN | 175 | 103 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 戴维斯多发性骨髓瘤与MGUS DN | 28 | 18 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bohn原发性免疫缺陷综合症DN | 40 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Goldrath抗原反应 | 346 | 192 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 甜肺癌Kras DN | 435 | 289 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Tavazoie转移 | 108 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zhan早期分化基因dn | 42 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MILI假足趋化性DN | 457 | 302 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 米利假足型haptotaxis dn | 668 | 419 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 肌肉中的罗马胰岛素靶标 | 442 | 263 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Valk AML群集12 | 30 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| fontaine乳头状甲状腺癌 | 66 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Fournier腺泡开发2 | 277 | 172 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| YAO对孕酮簇的时间反应14 | 143 | 86 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Sasson对促性腺营养蛋白DN的反应 | 87 | 66 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Sasson对Forskolin DN的反应 | 88 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 惠特菲尔德细胞周期M G1 | 148 | 95 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| raghavachari血小板特异性基因 | 70 | 46 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| lu eszh2靶向DN | 414 | 237 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| pasini suz12靶向DN | 315 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bakker FOXO3靶向 | 61 | 41 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Smad2或Smad3的Koinuma目标 | 824 | 528 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Alfano MYC目标 | 239 | 156 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zwang 1类由EGF瞬时诱导 | 516 | 308 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Chemello Moleus vs EDL肌纤维DN | 19 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-103/107 | 954 | 961 | 1A，M8 | HSA-MIR-103脑 | agcagcauuguacggcuauga |
| HSA-MIR-107脑 | agcagcauuguacgggcuauca | ||||
| mir-182 | 1678年 | 1684年 | 1a | HSA-MIR-182 | uuuggcaaugguagaacucaca |
| mir-29 | 792 | 798 | M8 | HSA-MIR-29ASZ | uagcaccaucugaaaucgguu |
| HSA-MIR-29BSZ | uagcaccauuugaaaucaguguu | ||||
| HSA-MIR-29CSZ | uagcaccauuugaaaucggu | ||||
| mir-34/449 | 882 | 888 | M8 | HSA-MIR-34A脑 | uggcaguguuaguguguuuu |
| HSA-MIR-34C | Aggcaguguaguagcugauugc | ||||
| HSA-MIR-449 | uggcaguguauuguagcuggu | ||||
| HSA-MIR-449B | Aggcaguguauuguuagcuggc | ||||
| mir-485-3p | 1667年 | 1673年 | 1a | HSA-MIR-485-3P | gucauacgggcucucucucucucu |
| mir-9 | 1680年 | 1686年 | 1a | HSA-MIR-9SZ | ucuuuguuaucuagcuguauga |
| mir-96 | 1678年 | 1684年 | 1a | HSA-MIR-96脑 | uuuggcacuagcacauuuuugc |