基因页面:VGF
总结吗?
| GeneID | 7425年 |
| 象征 | VGF |
| 同义词 | SCG7 | SgVII |
| 描述 | VGF神经生长因子诱导 |
| 参考 | MIM: 602186|HGNC: HGNC: 12684|运用:ENSG00000128564|HPRD: 03717|织女:OTTHUMG00000157109 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 7 q22.1 |
| 帕斯卡假定值 | 0.044 |
| 胎儿β | -2.954 |
| eGene | 迈尔斯的顺式和反式 |
| 支持 | G2Cdb.humanPSD G2Cdb.humanPSP |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| PMID: cooccur | 高通量文献检索 | 系统搜索PubMed的基因共病SCZ关键词。总共有3027个基因包括在内。 | |
| 文学 | 高通量文献检索 | 与精神分裂症Co-occurance关键词:精神分裂症、精神分裂,神经 | 点击显示详细信息 |
| GO_Annotation | neuro-related关键字映射到基因本体论注释 | 支安打与neuro-related关键词:1 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
eQTL注释
eQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs7597560 | chr2 | 202958513 | VGF | 7425年 | 0.13 | 反式 | ||
| rs11235446 | chr11 | 71839397 | VGF | 7425年 | 0.17 | 反式 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
中的基因在大脑区域
| 前10名中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| LIG3 | 0.95 | 0.96 |
| PAXIP1 | 0.95 | 0.95 |
| KDM3B | 0.95 | 0.95 |
| SIN3A | 0.95 | 0.96 |
| CYTSA | 0.94 | 0.96 |
| CHD4 | 0.94 | 0.93 |
| CRKRS | 0.94 | 0.95 |
| ZNF532 | 0.94 | 0.93 |
| CNOT6 | 0.94 | 0.96 |
| CTNND1 | 0.94 | 0.93 |
| 十大负面中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| AF347015.31 | -0.73 | -0.91 |
| AF347015.27 | -0.71 | -0.90 |
| MT-CO2 | -0.71 | -0.92 |
| FXYD1 | -0.70 | -0.89 |
| S100B | -0.70 | -0.84 |
| AF347015.33 | -0.70 | -0.87 |
| AIFM3 | -0.70 | -0.78 |
| C5orf53 | -0.69 | -0.76 |
| HLA-F | -0.69 | -0.77 |
| MT-CYB | -0.69 | -0.88 |
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0005184 | 神经肽激素活动 | 国际能源机构 | 轴突,Synap、脑、神经递质(术语层面:6) | - - - - - - |
| 去:0003674 | molecular_function | ND | - - - - - - | |
| 去:0008083 | 生长因子活性 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0001541 | 卵巢卵泡发育 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0006091 | 代的前体代谢物和能量 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0019953 | 有性生殖 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0051591 | 应对营 | 等电位点 | 10381005 | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0005576 | 细胞外区域 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005615 | 细胞外空间 | 艾达 | 15706611 | |
| 去:0031410 | 胞质囊泡 | 艾达 | 17440014 |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| GAZDA钻石BLACKFAN贫血红细胞DN | 493年 | 298年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DN SENESE HDAC1目标 | 260年 | 143年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DN SENESE HDAC3目标 | 536年 | 332年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DN GAUSSMANN MLL AF4融合目标 | 90年 | 61年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SILIGAN EWS FLI1融合的目标 | 15 | 12 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH速度的目标 | 1062年 | 725年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH MYC最大目标 | 775年 | 494年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 马脑垂体胎儿和成人 | 29日 | 21 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BANDRES应对CARMUSTIN管理48小时DN | 161年 | 105年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| CREIGHTON内分泌治疗抵抗1 | 528年 | 324年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 林NPAS4 DN的目标 | 68年 | 48 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布卢姆应对SALIRASIB DN | 342年 | 220年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SASAI CXCR6和PTCH1的目标 | 13 | 9 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| HUNSBERGER运动调节基因 | 31日 | 26 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迈斯纳人大HCP H3K4ME3和H3K27ME3 | 142年 | 103年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迈斯纳大脑HCP H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069年 | 729年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 党受MYC | 1103年 | 714年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 米凯尔森人大HCP H3K4ME3和H3K27ME3 | 210年 | 148年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 通过AKT1 BHAT ESR1目标 | 281年 | 183年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
| microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-27 | 393年 | 399年 | 1 | hsa-miR-27a大脑 | UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC |
| hsa-miR-27b大脑 | UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC | ||||
| mir - 377 | 327年 | 334年 | 1、m8 | hsa - mir - 377 | AUCACACAAAGGCAACUUUUGU |