Gene Page:WARS
概括?
| 基因 | 7453 |
| Symbol | WARS |
| Synonyms | GAMMA-2|IFI53|IFP53 |
| Description | tryptophanyl-tRNA synthetase |
| Reference | MIM：191050|HGNC:HGNC:12729|Ensembl:ENSG00000140105|HPRD：01845|Vega：Otthumg00000171572 |
| Gene type | protein-coding |
| Map location | 14q32.31 |
| Pascal p-value | 0.314 |
| Sherlock p-value | 0.826 |
| TADA p-value | 0.011 |
| Fetal beta | -1.381 |
| eGene | Myers' cis & trans |
| Support | CompositeSet |
数据源中的基因
| Gene set name | Method of gene set | Description | Info |
|---|---|---|---|
| DNM:Fromer_2014 | Whole Exome Sequencing analysis | This study reported a WES study of 623 schizophrenia trios, reporting DNMs using genomic DNA. | |
| PMID:cooccur | High-throughput literature-search | 系统的搜索in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included. | |
| Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenics,schizotypy,schizophrenias,schizotypal | Click to show details |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
DNM table
DNM table| Gene | Chromosome | Position | Ref | Alt | Transcript | AA change | Mutation type | 筛 | CG46 | Trait | Study |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| WARS | chr14 | 100820162 | G | A | NM_004184 NM_173701 NM_213645 NM_213646 |
p.196T>M p.196T>M p.155T>M p.155T>M |
missense missense missense missense |
Schizophrenia | DNM:Fromer_2014 |
eQTL annotation
| SNP ID | Chromosome | Position | eGene | Gene Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS distance | eQTL type |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs10515260 | chr5 | 97076547 | WARS | 7453 | 0.18 | trans |
Section II. Transcriptome annotation
General gene expression (GTEx)
Gene expression during devlopment (BrainCloud)
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)
Footnote:
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.
No co-expressed genes in brain regions
Section V. Pathway annotation
| Pathway name | Pathway size | # SZGR 2.0 genes in pathway | Info |
|---|---|---|---|
| KEGG TRYPTOPHAN METABOLISM | 40 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG AMINOACYL TRNA BIOSYNTHESIS | 41 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME CYTOSOLIC TRNA AMINOACYLATION | 24 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME TRNA AMINOACYLATION | 42 | 34 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ONKEN UVEAL MELANOMA UP | 783 | 507 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BERTUCCI MEDULLARY VS DUCTAL BREAST CANCER UP | 206 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DAVICIONI MOLECULAR ARMS VS ERMS UP | 332 | 228 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GARY CD5 TARGETS UP | 473 | 314 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CASORELLI ACUTE PROMYELOCYTIC LEUKEMIA DN | 663 | 425 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NOJIMA SFRP2 TARGETS UP | 31 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TIEN INTESTINE PROBIOTICS 24HR DN | 214 | 133 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP | 722 | 443 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ENK UV RESPONSE EPIDERMIS UP | 293 | 179 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DELYS THYROID CANCER UP | 443 | 294 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CONCANNON APOPTOSIS BY EPOXOMICIN UP | 239 | 157 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TOMIDA METASTASIS DN | 18 | 11 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LUI THYROID CANCER CLUSTER 4 | 16 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SCHLOSSER SERUM RESPONSE DN | 712 | 443 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TERAMOTO OPN TARGETS CLUSTER 7 | 19 | 16 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| AMUNDSON RESPONSE TO ARSENITE | 217 | 143 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PUJANA BRCA1 PCC NETWORK | 1652 | 1023 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NUYTTEN EZH2 TARGETS UP | 1037 | 673 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LOPEZ MBD TARGETS | 957 | 597 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CAFFAREL RESPONSE TO THC 24HR 5 DN | 59 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BENPORATH NANOG TARGETS | 988 | 594 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PENG LEUCINE DEPRIVATION UP | 142 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PENG GLUCOSE DEPRIVATION UP | 48 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK UP | 87 | 58 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WIELAND UP BY HBV INFECTION | 101 | 66 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TARTE PLASMA CELL VS PLASMABLAST DN | 309 | 206 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SANA RESPONSE TO IFNG UP | 78 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZHAN MULTIPLE MYELOMA CD1 VS CD2 UP | 66 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| VERHAAK AML WITH NPM1 MUTATED UP | 183 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KAAB FAILED HEART ATRIUM DN | 141 | 99 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| YAMAZAKI TCEB3 TARGETS UP | 175 | 116 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BROWNE INTERFERON RESPONSIVE GENES | 68 | 44 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| APRELIKOVA BRCA1 TARGETS | 49 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZHU CMV ALL UP | 120 | 89 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MCLACHLAN DENTAL CARIES DN | 245 | 144 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN | 434 | 302 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KAAB FAILED HEART VENTRICLE DN | 41 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WANG SMARCE1 TARGETS UP | 280 | 183 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZHU CMV 8 HR UP | 47 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MCLACHLAN DENTAL CARIES UP | 253 | 147 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KRIGE AMINO ACID DEPRIVATION | 29 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR UP | 953 | 554 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR UP | 783 | 442 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HELLER SILENCED BY METHYLATION DN | 105 | 67 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTINEZ RB1 TARGETS UP | 673 | 430 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTINEZ TP53 TARGETS UP | 602 | 364 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS UP | 601 | 369 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FUJII YBX1 TARGETS UP | 43 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ACEVEDO LIVER CANCER UP | 973 | 570 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SMID BREAST CANCER RELAPSE IN BONE DN | 315 | 197 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 乳腺癌萧述三腔的DN | 564 | 326 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SMID BREAST CANCER BASAL UP | 648 | 398 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BOQUEST STEM CELL DN | 216 | 143 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BOQUEST STEM CELL CULTURED VS FRESH UP | 425 | 298 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LABBE TARGETS OF TGFB1 AND WNT3A DN | 108 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BLUM RESPONSE TO SALIRASIB UP | 245 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ICHIBA GRAFT VERSUS HOST DISEASE D7 UP | 107 | 67 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ICHIBA GRAFT VERSUS HOST DISEASE 35D UP | 131 | 79 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| VANTVEER BREAST CANCER ESR1 DN | 240 | 153 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SHEDDEN LUNG CANCER POOR SURVIVAL A6 | 456 | 285 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HSIAO HOUSEKEEPING GENES | 389 | 245 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 清肝癌亚类未注释的DN | 193 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Yagi AML与T 9 11易位 | 130 | 87 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| YAGI AML WITH 11Q23 REARRANGED | 351 | 238 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MIKKELSEN MCV6 LCP WITH H3K4ME3 | 162 | 80 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MIKKELSEN MEF LCP WITH H3K4ME3 | 128 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MIKKELSEN IPS LCP WITH H3K4ME3 | 174 | 100 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GUTIERREZ CHRONIC LYMPHOCYTIC LEUKEMIA DN | 56 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZHAN MULTIPLE MYELOMA HP DN | 47 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KARLSSON TGFB1 TARGETS DN | 207 | 139 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HIRSCH CELLULAR TRANSFORMATION SIGNATURE UP | 242 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHICAS RB1 TARGETS CONFLUENT | 567 | 365 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FOSTER KDM1A TARGETS DN | 211 | 119 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KUMAR PATHOGEN LOAD BY MACROPHAGES | 275 | 155 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |