基因页:Wnt7a
Summary?
GeneID | 7476 |
象征 | Wnt7a |
同义词 | - |
描述 | 无翼型MMTV集成站点家庭成员7a |
参考 | MIM:601570|HGNC:HGNC:12786|HPRD:03341| |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 3P25 |
Pascal P值 | 0.943 |
Sherlock P值 | 0.389 |
胎儿β | -0.171 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 梭子基底神经节 |
Gene in Data Sources
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
CV:GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 1 |
GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | Psr: 0.006 | |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | Hits with neuro-related keywords: 6 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG01166979 | 3 | 13921889 | Wnt7a | 5.21E-9 | -0.012 | 2.92E-6 | DMG:JAFFE_2016 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
rs9870596 | 3 | 13216205 | Wnt7a | ENSG00000154764.5 | 2.83308E-6 | 0.04 | 705413 | gtex_brain_putamen_basal |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/WNT7A_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005102 | 受体结合 | nas | 神经递质(GO期限:4) | 8893824 |
去:0004871 | 信号传感器活性 | IEA | - | |
Biological process | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0021707 | 小脑颗粒细胞分化 | IEA | 神经元,谷氨酸,大脑(GO期限:15) | - |
GO:0051965 | 突触发生的阳性调节 | IEA | 突触(GO期限:10) | - |
去:0007269 | 神经递质分泌 | IEA | neuron, axon, Synap, serotonin, Neurotransmitter, dopamine (GO term level: 8) | - |
去:0031133 | regulation of axon diameter | IEA | axon (GO term level: 14) | - |
GO:0050808 | 突触组织 | IEA | 神经元,突触(GO期限:5) | - |
去:0007223 | Wnt受体信号通路,钙调节途径 | IEA | - | |
去:0009953 | 背/腹图形成 | IEA | - | |
去:0007165 | 信号转导 | nas | 8893824 | |
去:0009653 | 解剖结构形态发生 | 塔斯 | 9161407 | |
去:0007548 | 性别差异 | 塔斯 | 9790192 | |
去:0007275 | 多细胞生物发育 | IEA | - | |
GO:0035115 | 胚胎前肢形态发生 | IEA | - | |
GO:0035116 | 胚胎后肢形态发生 | IEA | - | |
GO:0043589 | 皮肤形态发生 | IEA | - | |
GO:0048705 | 骨骼系统形态发生 | IEA | - | |
GO:0048608 | 生殖结构的发展 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005576 | 细胞外区域 | IEA | - | |
去:0005578 | proteinaceous extracellular matrix | IEA | - |
V.途径注释
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
miR-137 | 292 | 298 | 1a | HSA-MIR-137 | uauugcuuaagaauacgcguag |
mir-15/16/195/424/497 | 197 | 203 | M8 | HSA-MIR-15A脑 | uagcagcacauaugguugug |
HSA-MIR-16脑 | uagcagcacguaaauauuggcg | ||||
HSA-MIR-15B脑 | uagcagcacaucaugguuaca | ||||
HSA-MIR-195SZ | uagcagaaaaauauuggc | ||||
HSA-MIR-424 | Cagcagcaauucauguuuugaa | ||||
HSA-MIR-497 | cagcagcacacuguguuugu | ||||
mir-361 | 312 | 319 | 1A,M8 | HSA-MIR-361脑 | uuaucagaaucuccagggguac |