基因页：ZIC2
Summary？
| 基因 | 7546 |
| 象征 | ZIC2 |
| 同义词 | HPE5 |
| Description | ZIC家庭成员2 |
| Reference | MIM：603073|HGNC：HGNC：12873|Ensembl：ENSG0000000043355|HPRD：04353|Vega：Otthumg0000000017279 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 13q32 |
| Pascal P值 | 0.594 |
| Sherlock p-value | 0.244 |
| 胎儿β | 0.632 |
| DMG | 1(# studies) |
| 主持人 | Myers' cis & trans |
基因in Data Sources
| 基因集名称 | 基因组方法 | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 1 |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| Literature | High-throughput literature-search | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中：2 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG19272984 | 13 | 100636299 | ZIC2 | 4.66E-9 | -0.016 | 2.7E-6 | DMG：JAFFE_2016 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS16829545 | CHR2 | 151977407 | ZIC2 | 7546 | 1.904E-4 | 反式 | ||
| RS3845734 | CHR2 | 171125572 | ZIC2 | 7546 | 0.01 | 反式 | ||
| RS7584986 | CHR2 | 184111432 | ZIC2 | 7546 | 3.031E-6 | 反式 | ||
| RS9461864 | CHR6 | 33481468 | ZIC2 | 7546 | 0.2 | 反式 | ||
| RS16955618 | CHR15 | 29937543 | ZIC2 | 7546 | 1.554E-11 | 反式 | ||
| RS1041786 | CHR21 | 22617710 | ZIC2 | 7546 | 0.06 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| Znf3 | 0.97 | 0.94 |
| setDB1 | 0.96 | 0.93 |
| SSRP1 | 0.96 | 0.93 |
| RAF1 | 0.96 | 0.93 |
| Znf34 | 0.95 | 0.90 |
| ZNF671 | 0.95 | 0.92 |
| ZNF821 | 0.95 | 0.89 |
| FAM48A | 0.95 | 0.91 |
| BAT1 | 0.95 | 0.91 |
| MTA2 | 0.95 | 0.92 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| AF347015.27 | -0.78 | -0.90 |
| AF347015.31 | -0.77 | -0.89 |
| HLA-F | -0.77 | -0.77 |
| MT-CO2 | -0.76 | -0.89 |
| C5orf53 | -0.76 | -0.72 |
| AIFM3 | -0.75 | -0.75 |
| AF347015.33 | -0.75 | -0.86 |
| mt-cyb | -0.74 | -0.86 |
| ifi27 | -0.74 | -0.85 |
| S100B | -0.74 | -0.80 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003677 | DNA结合 | IEA | - | |
| 去：0005249 | 电压门控钾通道活动 | IEA | - | |
| 去：0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
| GO：0046872 | metal ion binding | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007420 | 大脑发育 | TAS | 大脑（GO期限：7） | 9771712 |
| 去：0007399 | nervous system development | IEA | 神经突（GO期限：5） | - |
| 去：0006813 | 钾离子运输 | IEA | - | |
| 去：0007275 | 多细胞生物发育 | IEA | - | |
| 去：0030154 | 细胞分化 | IEA | - | |
| 蜂窝组件 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005622 | 细胞内 | IEA | - | |
| 去：0005634 | nucleus | IEA | - | |
| 去：0008076 | 电压门控钾通道复合物 | IEA | - |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-181 | 714 | 721 | 1A，M8 | HSA-MIR-181Abrain | AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU |
| HSA-MIR-181BSZ | aacauucauugcugucggggg | ||||
| HSA-MIR-181Cbrain | aacauucaaccugucggugagu | ||||
| HSA-MIR-181Dbrain | aacauucauuguugucggggguggguu | ||||
| mir-182 | 638 | 644 | 1a | HSA-MIR-182 | uuuggcaaugguagaacucaca |
| mir-30-5p | 738 | 744 | 1a | HSA-MIR-30A-5P | uguaaaacauccuccugagaag |
| hsa-miR-30cbrain | UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC | ||||
| hsa-miR-30dSZ | UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30bSZ | uguaaacauccuaccucucagcu | ||||
| hsa-miR-30e-5p | UGUAAACAUCCUUGACUGGA | ||||
| mir-485-3p | 787 | 794 | 1A，M8 | hsa-miR-485-3p | gucauacgggcucucucucucucu |
| miR-493-5p | 959 | 966 | 1A，M8 | HSA-MIR-493-5p | uuguacaugguaggcuuucauu |
| miR-494 | 940 | 946 | M8 | HSA-MIR-494brain | ugaaacauacgggaaaccucuu |
| HSA-MIR-494brain | ugaaacauacgggaaaccucuu | ||||
| mir-505 | 1070 | 1077 | 1A，M8 | HSA-MIR-505 | gucaacuugcugguuccuc |
| mir-543 | 938 | 944 | M8 | hsa-miR-543 | aaacauucgcggugcacuucu |
| mir-96 | 637 | 644 | 1A，M8 | HSA-MIR-96brain | uuuggcacuagcacauuuuugc |