基因页：PTP4A1

概括?
基因ID 7803
Symbol PTP4A1
同义词 HH72|PRL-1|PRL1|PTP(CAAX1)|PTPCAAX1
描述 protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1
参考 MIM:601585|HGNC:HGNC:9634|ENSEMBL：ENSG00000112245|HPRD:03349|Vega:OTTHUMG00000014949
基因type protein-coding
地图位置 6q12
Pascal P值 2.513E-5
Sherlock P值 0.673
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS

第一节遗传学和表观遗传学注释

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs6826124 chr4 200630 PTP4A1 7803 0.2 trans
RS10886029 chr10 118796011 PTP4A1 7803 0.16 trans
rs7094283 chr10 118818548 PTP4A1 7803 0.15 trans
rs2118206 chr10 118820499 PTP4A1 7803 0.16 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
man2b1 0.67 0.51
NHEJ1 0.64 0.50
B4GALT3 0.64 0.57
PCBP2 0.64 0.54
QARS 0.64 0.55
CNN2 0.64 0.48
dcakd 0.63 0.59
SORD 0.63 0.55
H1F0 0.62 0.52
APEX1 0.62 0.55
Top 10 negatively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
C5orf53 -0.46 -0.49
AF347015.27 -0.45 -0.52
AF347015.31 -0.44 -0.48
MT-CO2 -0.44 -0.49
MT-CYB -0.42 -0.48
AF347015.33 -0.42 -0.48
AF347015.8 -0.42 -0.47
AL139819.3 -0.41 -0.51
AF347015.21 -0.41 -0.54
S100B -0.40 -0.44

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0004725 protein tyrosine phosphatase activity NAS 10569806
GO:0016787 hydrolase activity IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006470 protein amino acid dephosphorylation IEA -
去：0007049 细胞周期 IEA -
GO:0007275 多细胞生物发育 IEA -
GO:0030335 细胞迁移的阳性调节 IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0005819 spindle IEA -
GO:0005737 细胞质 IEA -
GO:0005769 early endosome IEA -
GO:0005783 endoplasmic reticulum IEA -
GO:0005886 质膜 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PID PRL SIGNALING EVENTS PATHWAY 23 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA TUMOR ZONE PERIPHERAL VS CENTRAL DN 634 384 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PICCALUGA ANGIOIMMUNOBLASTIC LYMPHOMA DN 136 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Onken紫菜叶黑色素瘤DN 526 357 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Doane对雄激素DN的反应 241 146 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Basaki YBX1靶向DN 384 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARGALOVIC RESPONSE TO OXIDIZED PHOSPHOLIPIDS TURQUOISE UP 79 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARGALOVIC RESPONSE TO OXIDIZED PHOSPHOLIPIDS MAGENTA UP 28 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLII融合的Kinsey目标 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIDUS METASTASIS UP 214 134 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Vanharanta子宫肌瘤带有7Q删除 67 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN UP 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graessmann对MC和阿霉素的反应 612 367 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schlosser血清反应DN 712 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SNIJDERS AMPLIFIED IN HEAD AND NECK TUMORS 37 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOHANKUMAR TLX1 TARGETS UP 414 287 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gruetzmann胰腺癌DN 203 134 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Simbulan UV响应正常DN 33 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SIMBULAN UV RESPONSE IMMORTALIZED DN 31 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SPIELMAN LYMPHOBLAST EUROPEAN VS ASIAN UP 479 299 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS UP 811 508 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RICKMAN TUMOR DIFFERENTIATED WELL VS MODERATELY DN 110 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS 775 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH CYCLING GENES 648 385 该途径中的所有SZGR 2.0基因
UEDA PERIFERAL CLOCK 169 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROCKE APOPTOSIS REVERSED BY IL6 144 98 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NING CHRONIC OBSTRUCTIVE PULMONARY DISEASE UP 157 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG SMARCE1 TARGETS DN 371 218 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HU基因毒素作用直接与间接24小时 55 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 48HR DN 504 323 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HENDRICKS SMARCA4 TARGETS DN 53 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SESTO RESPONSE TO UV C0 107 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染12小时DN 101 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
道格拉斯BMI1靶向 566 371 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIGGINS TAMOXIFEN RESISTANCE UP 66 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DE YY1 TARGETS DN 92 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿塞维多肝癌 973 570 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Labbe TGFB1靶向DN 108 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIN NPAS4 TARGETS UP 163 100 该途径中的所有SZGR 2.0基因
肌肉中的罗马胰岛素靶标 442 263 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG RECURRENT LIVER CANCER DN 16 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gutierrez多发性骨髓瘤 35 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SASSON RESPONSE TO GONADOTROPHINS UP 91 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SASSON RESPONSE TO FORSKOLIN UP 90 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 30MIN DN 150 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染4小时DN 254 158 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITFIELD CELL CYCLE G2 M 216 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS TRETINOIN RESPONSE DN 841 431 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 UP 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP A 898 516 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOINUMA TARGETS OF SMAD2 OR SMAD3 824 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY CTBP1没有SATB1的目标 344 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FORTSCHEGGER PHF8 TARGETS UP 279 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG CLASS 3 TRANSIENTLY INDUCED BY EGF 222 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-129-5p 996 1003 1A,m8 hsa-miR-129脑 CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC
hsa-miR-129-5p CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCU
miR-130/301 717 723 m8 hsa-miR-130a脑 CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU
HSA-MIR-301 CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGC
hsa-miR-130b脑 CAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAU
HSA-MIR-454-3P UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU
mir-138 1214 1220 m8 hsa-miR-138脑 AGCUGGUGUUGUGAAUC
miR-141/200a 1207 1213 m8 hsa-miR-141 UAACACUGUCUGGUAAAGAUGG
HSA-MIR-200A UAACACUGUCUGGUAACGAUGU
mir-144 1157 1163 m8 hsa-miR-144 uacaguauagauguauguaguag
mir-150 1189 1195 1A hsa-miR-150 ucucccaacccuuguaccagug
mir-182 347 353 1A hsa-miR-182 UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA
mir-19 716 722 m8 hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
hsa-miR-19b ugugcaaauccaugcaaaacuga
miR-203.1 449 455 1A HSA-MIR-203 UGAAAUGUUUAGGACCACUAG
miR-218 360 366 1A HSA-MIR-218脑 uugugcuugaucuaaccaugu
HSA-MIR-218脑 uugugcuugaucuaaccaugu
mir-26 1084 1090 m8 hsa-miR-26a脑 Uucaaguaauccaggauaggc
hsa-miR-26bSZ uucaaguaauucaggauagguu
mir-29 2216 2223 1A,m8 hsa-miR-29aSZ uagcaccaucugaaaucgguu
hsa-miR-29bSZ uagcaccauuugaaaucaguguu
hsa-miR-29cSZ UAGCACCAUUUGAAAUCGGU
miR-30-5p 501 508 1A,m8 hsa-miR-30a-5p UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG
HSA-MIR-30C脑 uguaaacauccuacucucucucucagc
HSA-MIR-30DSZ uguaaacauccccgacuggaag
HSA-MIR-30BSZ UGUAAACAUCCUACACUCAGCU
HSA-MIR-30E-5P uguaaacauccuugacugga
miR-339 739 745 1A HSA-MIR-339 UCCCUGUCCUCCAGGAGCUCA
miR-380-5p 1143 1149 1A HSA-MIR-380-5p ugguugaccauagaacaugcgc
HSA-MIR-563 agguugacauacguuccc
mir-381 369 376 1A,m8 hsa-miR-381 UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU
miR-450 996 1002 1A HSA-MIR-450 UUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUA
miR-96 346 353 1A,m8 hsa-miR-96脑 UUUGGCACUAGCACAUUUUUGC