基因页:ZNF343
概括?
基因 | 79175 |
象征 | ZNF343 |
同义词 | DJ734P14.5 |
描述 | 锌指蛋白343 |
参考 | HGNC:HGNC:16017|Ensembl:ENSG00000088876|HPRD:18327|Vega:Otthumg0000000031701 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 20p13 |
Pascal P值 | 0.038 |
胎儿beta | 0.903 |
DMG | 1(#研究) |
耶和华 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组关联研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136例对照。 | 1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG13236659 | 20 | 2490040 | ZNF343 | 8.56e-9 | -0.013 | 3.98E-6 | DMG:JAFFE_2016 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 耶和华 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS16829545 | CHR2 | 151977407 | ZNF343 | 79175 | 0.04 | 反式 | ||
RS16955618 | CHR15 | 29937543 | ZNF343 | 79175 | 0.09 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/ZNF343_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26后概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共同表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
CCDC108 | 0.98 | 0.55 |
CCDC19 | 0.98 | 0.47 |
vwa3b | 0.98 | 0.47 |
ARMC3 | 0.98 | 0.54 |
RP11-282K6.1 | 0.98 | 0.52 |
TCTEX1D1 | 0.97 | 0.59 |
WDR16 | 0.97 | 0.64 |
C3orf25 | 0.97 | 0.52 |
YSK4 | 0.97 | 0.47 |
DNAH9 | 0.97 | 0.60 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
IER5L | -0.17 | -0.41 |
NDRG1 | -0.16 | -0.22 |
Cidea | -0.15 | -0.27 |
SLC26A4 | -0.15 | -0.30 |
MEF2C | -0.14 | -0.32 |
EMX1 | -0.14 | -0.36 |
EPHB6 | -0.14 | -0.10 |
Arhgef2 | -0.13 | -0.18 |
GPR21 | -0.13 | -0.28 |
LNX1 | -0.13 | -0.16 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #SZGR 2.0途径中的基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Reactome通用转录途径 | 352 | 181 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Perez TP53目标 | 1174 | 695 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
级结肠癌 | 871 | 505 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
figueroa aml甲基化簇3向上 | 170 | 97 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
figueroa aml甲基化簇6 | 140 | 81 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Pedrioli mir31靶向DN | 418 | 245 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang仅通过第二EGF脉冲瞬时向上 | 1725年 | 838 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |