基因页：CALD1

概括?
GeneID 800
Symbol CALD1
同义词 CDM|H-CAD|HCAD|L-CAD|LCAD|NAG22
描述 Caldesmon 1
参考 MIM:114213|HGNC:HGNC:1441|Ensembl:ENSG00000122786|HPRD:00251|Vega：Otthumg00000155407
Gene type protein-coding
地图位置 7Q33
Pascal P值 7.783E-4
Sherlock P值 0.85
Fetal beta -0.749
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
Meta

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
Expression 基因表达的荟萃分析 Pvalue: 2.609
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献：0.0126

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg19086309 7 134513289 CALD1 1.999E-4 0.578 0.035 DMG:Wockner_2014

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
rs6712415 chr2 133868796 CALD1 800 0.18 trans
rs17029291 chr3 32402138 CALD1 800 6.933E-6 trans
rs17611237 chr9 76861088 CALD1 800 0.15 trans
rs3742829 chr14 73489267 CALD1 800 0.03 trans
rs16958358 chr17 55502410 CALD1 800 0.15 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

无法使用

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0003779 肌动蛋白结合 IEA -
去：0003779 肌动蛋白结合 塔斯 1555769
GO:0005516 calmodulin binding IEA -
GO:0005516 calmodulin binding 塔斯 1555769
GO:0005523 tropomyosin binding 塔斯 1555769
GO:0017022 myosin binding IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006936 肌肉收缩 IEA -
去：0006928 cell motion 塔斯 16130169
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005856 cytoskeleton 塔斯 16130169

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
kegg血管平滑肌收缩 115 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组肌肉收缩 48 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome平滑肌收缩 25 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA TUMOR ZONE PERIPHERAL VS CENTRAL UP 285 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PICCALUGA ANGIOIMMUNOBLASTIC LYMPHOMA UP 205 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
刘前列腺癌DN 481 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERTUCCI MEDULLARY VS DUCTAL BREAST CANCER DN 169 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHUETZ BREAST CANCER DUCTAL INVASIVE UP 351 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sengupta鼻咽癌 294 178 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fulcher炎症反应凝集素与LPS 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PRAMOONJAGO SOX4 TARGETS DN 51 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUIFFE INVASION INHIBITED BY ASCITES DN 145 91 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌腔与基础DN 455 304 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS MESENCHYMAL DN 460 312 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Borczuk恶性间皮瘤 305 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VECCHI GASTRIC CANCER ADVANCED VS EARLY UP 175 120 该途径中的所有SZGR 2.0基因
胶原蛋白凝胶DN中的Oswald造血干细胞 275 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Odonnell TFRC靶向 456 228 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 AND HDAC2 TARGETS DN 232 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 2HR DN 88 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 6HR DN 167 100 该途径中的所有SZGR 2.0基因
tien肠益生菌24小时 557 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim WT1靶向 214 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM WT1 TARGETS 8HR DN 129 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim WT1目标12小时DN 209 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
斋丁嫩造血干细胞DN 226 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAMUNYOKOLI OVARIAN CANCER LMP DN 199 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
McBryan Pubertal乳房4 5WK 271 175 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 5 6WK DN 137 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP 584 356 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL TGFB1 TARGETS UP 169 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTORIATI MDM4 TARGETS NEUROEPITHELIUM UP 176 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
牛津拉拉或拉尔布靶向DN 24 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAIRKEE TERT TARGETS DN 124 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRUETZMANN PANCREATIC CANCER UP 358 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SIMBULAN UV RESPONSE IMMORTALIZED DN 31 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS UP 769 437 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS DN 637 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 6HR DN 514 330 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Koyama Sema3b靶向DN 411 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Nanog目标 988 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Amit EGF响应60 MCF10A 39 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT SERUM RESPONSE 60 MCF10A 57 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROZANOV MMP14 TARGETS SUBSET 33 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROZANOV MMP14 TARGETS UP 266 171 该途径中的所有SZGR 2.0基因
der ifn beta响应 102 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿斯顿主要抑郁症 49 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET KRAS TARGETS UP 84 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
牙肺纹状横纹肌肉瘤DN 408 274 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Traynor Rett综合征 45 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE INCIPIENT UP 390 242 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染24小时DN 148 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lindvall通过Tert Up永生 78 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chen lvad支持失败的心 103 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LU AGING BRAIN UP 262 186 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG SMARCE1 TARGETS UP 280 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMUNDSON POOR SURVIVAL AFTER GAMMA RADIATION 2G 171 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS UP 673 430 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez TP53目标DN 593 372 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS DN 591 366 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sarrio上皮间质转变DN 154 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DE YY1 TARGETS DN 92 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Masri对他莫昔芬和芳香酶抑制剂DN的耐药性 20 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER CANCER WITH H3K27ME3 UP 295 149 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌萧述三腔的DN 564 326 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL UP 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Buckanovich t淋巴细胞在肿瘤上 24 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bochkis foxa2目标 425 261 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEST ADRENOCORTICAL TUMOR DN 546 362 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yague pryumor耐药性DN 13 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUECKNER TARGETS OF MIRLET7A3 DN 78 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄达沙替尼的抵抗 81 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WINTER HYPOXIA METAGENE 242 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAN SATB1 TARGETS DN 442 275 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI PSEUDOPODIA CHEMOTAXIS DN 457 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TSAI DNAJB4 TARGETS DN 6 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG REGULATED BY MYC DN 253 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄成人组织茎模块 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN ES ICP WITH H3K4ME3 718 401 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mikkelsen NPC ICP带有H3K4Me3 445 257 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA ADIPOGENESIS EARLY DN 38 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中村脂肪形成晚期DN 38 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
惠特菲尔德细胞周期S 162 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hirsch细胞转化特征dn 103 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LU EZH2 TARGETS DN 414 237 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dutertre雌二醇反应24小时DN 505 328 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GABRIELY MIR21 TARGETS 289 187 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS UP 504 321 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 UP 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE EARLY LATE 317 190 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PASINI SUZ12 TARGETS DN 315 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AZARE NEOPLASTIC TRANSFORMATION BY STAT3 UP 121 70 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOINUMA TARGETS OF SMAD2 OR SMAD3 824 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ TRANSLATION VIA FN1 SIGNALING 35 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reichert有丝分裂LIN9目标 28 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE NOT VIA P38 337 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PECE MAMMARY STEM CELL DN 146 88 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL DN 308 187 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIM MAMMARY STEM CELL UP 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因
lim乳腺腔内成熟DN 99 74 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang 1类由EGF瞬时诱导 516 308 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
let-7/98 1540年 1546年 1A HSA-LET-7A脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
HSA-LET-7B脑 UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU
HSA-LET-7C脑 ugagguaguagguuguaugguu
HSA-LET-7D脑 agagguaguagguugcauagu
HSA-LET-7E脑 UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU
HSA-LET-7F脑 ugagguagauuguauauaguu
hsa-miR-98脑 UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU
HSA-LET-7GSZ ugagguaguuguuguacagu
HSA-LET-7I脑 UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU
mir-140 292 298 1A hsa-miR-140脑 agugguuuuacccuaugguag
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 410 417 1A,m8 hsa-miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG
hsa-miR-519d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
mir-27 234 240 1A hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 uucacaguggcuaaguucugc
hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 uucacaguggcuaaguucugc
miR-320 793 799 m8 HSA-MIR-320 AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA
mir-361 2223 2229 1A hsa-miR-361脑 UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC