概括
基因 80279
象征 CDK5RAP3
同义词 C53 | HSF-27 | IC53 | LZAP | MST016 | OK/SW-CL.114 | PP1553
描述 CDK5调节亚基相关蛋白3
参考 MIM:608202|HGNC:HGNC:18673|ENSEMBL:ENSG00000108465|HPRD:12190|Vega:Otthumg00000178682
基因类型 蛋白质编码
地图位置 17q21.32
Pascal P值 0.23
Sherlock P值 0.345
胎儿β 1.489
DMG 1(#研究)
主持人 前扣带回皮层BA24
小脑半球
小脑
额叶皮质BA9
梭子基底神经节
迈尔斯的顺式和跨性别
支持 G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
g2cdb.humanpsd
G2CDB.HUMANPSP

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:JAFFE_2016 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 1
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关关键字的命中:3

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p(dis) beta(dis) fdr(dis) 学习
CG14007442 17 46048497 CDK5RAP3 1.08e-7 -0.006 2.35e-5 DMG:JAFFE_2016

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS16955618 CHR15 29937543 CDK5RAP3 80279 0.16 反式
RS8073326 17 46509708 CDK5RAP3 ENSG00000108465.10 2.70752E-7 0.01 464532 gtex_brain_ba24
RS7211636 17 46512688 CDK5RAP3 ENSG00000108465.10 1.26501E-7 0.01 467512 gtex_brain_ba24
RS4267363 17 46524294 CDK5RAP3 ENSG00000108465.10 1.24295E-7 0.01 479118 gtex_brain_ba24
RS6504256 17 46525183 CDK5RAP3 ENSG00000108465.10 1.21894E-7 0.01 480007 gtex_brain_ba24
RS4794678 17 46526303 CDK5RAP3 ENSG00000108465.10 5.90189E-8 0.01 481127 gtex_brain_ba24
RS1858162 17 46532294 CDK5RAP3 ENSG00000108465.10 1.19911E-7 0.01 487118 gtex_brain_ba24
RS11657639 17 46547464 CDK5RAP3 ENSG00000108465.10 6.80404E-7 0.01 502288 gtex_brain_ba24
RS117972490 17 46046649 CDK5RAP3 ENSG00000108465.10 4.01573E-6 0.04 1473 gtex_brain_putamen_basal
RS61454280 17 46050125 CDK5RAP3 ENSG00000108465.10 4.0148E-6 0.04 4949 gtex_brain_putamen_basal

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域没有共表达基因


第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0042808 神经元Cdc2样激酶结合 nas 神经元(GO期限:7) 10721722
去:0005515 蛋白质结合 IPI 17043677|17353931|17785205
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0007420 大脑发育 nas 大脑(GO期限:7) 10915792
GO:0045664 神经元分化的调节 nas 神经元,神经发生(GO期限:9) 10721722
去:0000079 调节细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶活性 ISS -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0005575 cellular_component nd -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

互动者 别名b 官方全名b 实验 资源 PubMed ID
arl1 ARFL1 ADP-核糖基化因子样1 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
CDK5R1 CDK5P35 |CDK5R |MGC33831 |NCK5A |p23 |P25 |p35 |p35nck5a 细胞周期蛋白依赖性激酶5,调节亚基1(p35) - HPRD 10721722|10915792
CDK5R1 CDK5P35 |CDK5R |MGC33831 |NCK5A |p23 |P25 |p35 |p35nck5a 细胞周期蛋白依赖性激酶5,调节亚基1(p35) - HPRD,Biogrid 11882646
CRMP1 dpysl1 |DRP-1 |DRP1 折叠蛋白反应介质蛋白1 两个杂交 Biogrid 16169070
DDRGK1 C20orf116 |MGC2592 |DJ1187M17.3 DDRGK域包含1 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
IGHA1 FLJ14473 |FLJ35065 |FLJ35500 |FLJ36402 |FLJ39698 |FLJ40001 |FLJ41548 |FLJ41552 |FLJ41789 |FLJ43248 | FLJ43594 | FLJ44293 | FLJ46028 | FLJ46621 | FLJ46724 | FLJ46811 | FLJ46824 | IgA1 | MGC102857 免疫球蛋白重量常数α1 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
IGKC HCAK1 |公里|MGC111575 |MGC62011 |MGC72072 |MGC88770 |MGC88771 |MGC88809 免疫球蛋白喀巴常数 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
KHK - Ketohexokinase(果糖酶) 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
KIAA0776 RP3-393D12.1 KIAA0776 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
SMNDC1 smnr |SPF30 生存运动神经元结构域包含1个 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
UFC1 HSPC155 泛素折叠式偶联酶1 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
UFM1 BM-002 |C13orf20 |BA131P10.1 泛素折射剂1 亲和力捕获ms Biogrid 17353931


V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
家长mtor信号向上 567 375 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Laiho结直肠癌锯齿状DN 86 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王攀登目标 269 146 该途径中的所有SZGR 2.0基因
洛佩兹MBD目标 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
里克曼转移 344 180 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nikolsky乳腺癌17q21 Q25 Amplicon 335 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由Foxp3绑定的Marson未刺激 1229 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张乳腺癌祖细胞DN 145 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wang对GSK3抑制剂SB216763的响应向上 397 206 该途径中的所有SZGR 2.0基因