基因页:CDK5RAP3
概括?
基因 | 80279 |
象征 | CDK5RAP3 |
同义词 | C53 | HSF-27 | IC53 | LZAP | MST016 | OK/SW-CL.114 | PP1553 |
描述 | CDK5调节亚基相关蛋白3 |
参考 | MIM:608202|HGNC:HGNC:18673|ENSEMBL:ENSG00000108465|HPRD:12190|Vega:Otthumg00000178682 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 17q21.32 |
Pascal P值 | 0.23 |
Sherlock P值 | 0.345 |
胎儿β | 1.489 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 前扣带回皮层BA24 小脑半球 小脑 额叶皮质BA9 梭子基底神经节 迈尔斯的顺式和跨性别 |
支持 | G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL g2cdb.humanpsd G2CDB.HUMANPSP |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 1 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中:3 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG14007442 | 17 | 46048497 | CDK5RAP3 | 1.08e-7 | -0.006 | 2.35e-5 | DMG:JAFFE_2016 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS16955618 | CHR15 | 29937543 | CDK5RAP3 | 80279 | 0.16 | 反式 | ||
RS8073326 | 17 | 46509708 | CDK5RAP3 | ENSG00000108465.10 | 2.70752E-7 | 0.01 | 464532 | gtex_brain_ba24 |
RS7211636 | 17 | 46512688 | CDK5RAP3 | ENSG00000108465.10 | 1.26501E-7 | 0.01 | 467512 | gtex_brain_ba24 |
RS4267363 | 17 | 46524294 | CDK5RAP3 | ENSG00000108465.10 | 1.24295E-7 | 0.01 | 479118 | gtex_brain_ba24 |
RS6504256 | 17 | 46525183 | CDK5RAP3 | ENSG00000108465.10 | 1.21894E-7 | 0.01 | 480007 | gtex_brain_ba24 |
RS4794678 | 17 | 46526303 | CDK5RAP3 | ENSG00000108465.10 | 5.90189E-8 | 0.01 | 481127 | gtex_brain_ba24 |
RS1858162 | 17 | 46532294 | CDK5RAP3 | ENSG00000108465.10 | 1.19911E-7 | 0.01 | 487118 | gtex_brain_ba24 |
RS11657639 | 17 | 46547464 | CDK5RAP3 | ENSG00000108465.10 | 6.80404E-7 | 0.01 | 502288 | gtex_brain_ba24 |
RS117972490 | 17 | 46046649 | CDK5RAP3 | ENSG00000108465.10 | 4.01573E-6 | 0.04 | 1473 | gtex_brain_putamen_basal |
RS61454280 | 17 | 46050125 | CDK5RAP3 | ENSG00000108465.10 | 4.0148E-6 | 0.04 | 4949 | gtex_brain_putamen_basal |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/CDK5RAP3_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
GO:0042808 | 神经元Cdc2样激酶结合 | nas | 神经元(GO期限:7) | 10721722 |
去:0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 17043677|17353931|17785205 |
|
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007420 | 大脑发育 | nas | 大脑(GO期限:7) | 10915792 |
GO:0045664 | 神经元分化的调节 | nas | 神经元,神经发生(GO期限:9) | 10721722 |
去:0000079 | 调节细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶活性 | ISS | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005575 | cellular_component | nd | - |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | 资源 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|---|
arl1 | ARFL1 | ADP-核糖基化因子样1 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
CDK5R1 | CDK5P35 |CDK5R |MGC33831 |NCK5A |p23 |P25 |p35 |p35nck5a | 细胞周期蛋白依赖性激酶5,调节亚基1(p35) | - | HPRD | 10721722|10915792 |
CDK5R1 | CDK5P35 |CDK5R |MGC33831 |NCK5A |p23 |P25 |p35 |p35nck5a | 细胞周期蛋白依赖性激酶5,调节亚基1(p35) | - | HPRD,Biogrid | 11882646 |
CRMP1 | dpysl1 |DRP-1 |DRP1 | 折叠蛋白反应介质蛋白1 | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
DDRGK1 | C20orf116 |MGC2592 |DJ1187M17.3 | DDRGK域包含1 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
IGHA1 | FLJ14473 |FLJ35065 |FLJ35500 |FLJ36402 |FLJ39698 |FLJ40001 |FLJ41548 |FLJ41552 |FLJ41789 |FLJ43248 | FLJ43594 | FLJ44293 | FLJ46028 | FLJ46621 | FLJ46724 | FLJ46811 | FLJ46824 | IgA1 | MGC102857 | 免疫球蛋白重量常数α1 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
IGKC | HCAK1 |公里|MGC111575 |MGC62011 |MGC72072 |MGC88770 |MGC88771 |MGC88809 | 免疫球蛋白喀巴常数 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
KHK | - | Ketohexokinase(果糖酶) | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
KIAA0776 | RP3-393D12.1 | KIAA0776 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
SMNDC1 | smnr |SPF30 | 生存运动神经元结构域包含1个 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
UFC1 | HSPC155 | 泛素折叠式偶联酶1 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
UFM1 | BM-002 |C13orf20 |BA131P10.1 | 泛素折射剂1 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
家长mtor信号向上 | 567 | 375 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Laiho结直肠癌锯齿状DN | 86 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
王攀登目标 | 269 | 146 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
洛佩兹MBD目标 | 957 | 597 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
里克曼转移 | 344 | 180 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nikolsky乳腺癌17q21 Q25 Amplicon | 335 | 181 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
由Foxp3绑定的Marson未刺激 | 1229 | 713 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
张乳腺癌祖细胞DN | 145 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Wang对GSK3抑制剂SB216763的响应向上 | 397 | 206 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |