SZGR2 - Beplay体育中心

概括?

基因ID	818
Symbol	CAMK2G
同义词	CAMK\|CAMK-II\|CAMKG
描述	钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶IIγ
参考	MIM:602123\|HGNC:HGNC:1463\|ENSEMBL：ENSG00000148660\|HPRD:03672\|Vega:OTTHUMG00000018492
基因type	protein-coding
地图位置	10q22
Pascal P值	0.601
Sherlock P值	0.214
Fetal beta	-0.991
DMG	2 (# studies)
eGene	Nucleus accumbens basal ganglia 迈尔斯的顺式和跨性别
支持	INTRACELLULAR SIGNAL TRANSDUCTION SEROTONIN G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSUS G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSENSUS G2Cdb.human_clathrin G2Cdb.human_Synaptosome G2Cdb.humanPSD G2Cdb.humanPSP COMPOSITESET

数据源中的基因

基因set name	基因组方法	描述	Info
DMG:Jaffe_2016	Genome-wide DNA methylation analysis	This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05.	3
DMG:Wockner_2014	Genome-wide DNA methylation analysis	This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24).	3
PMID:cooccur	高通量文献搜索	Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学	高通量文献搜索	与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症	Click to show details
网络	人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离	Contribution to shortest path in PPI network: 0.1968

第一节遗传学和表观遗传学注释

Differentially methylated gene

探测	Chromosome	Position	Nearest gene	P (dis)	beta（dis）	FDR (dis)	Study
CG10168709	10	75599394	CAMK2G	5.02E-6	0.547	0.01	DMG:Wockner_2014
cg06022113	10	75616203	CAMK2G	9.09E-5	0.405	0.027	DMG:Wockner_2014
CG19287139	10	75634631	CAMK2G	2.09E-8	-0.019	7.15E-6	DMG:Jaffe_2016

eQTL annotation

SNP ID	Chromosome	Position	eGene	基因Entrez ID	PVALUE	qvalue	TSS distance	eQTL type
rs9571716	chr13	67711344	CAMK2G	818		0.19		trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
GNG5	0.74	0.67
HMG20B	0.71	0.63
TP53I13	0.70	0.71
PECI	0.69	0.61
TGIF1	0.69	0.42
RFXANK	0.69	0.54
PAX6	0.69	0.65
CLIC1	0.67	0.45
CDKN2C	0.65	0.72
AKR7A2	0.64	0.62

前10个负共表达基因
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
cacna1a	-0.39	-0.47
ARHGAP20	-0.38	-0.48
FBXW7	-0.38	-0.46
DOCK9	-0.37	-0.47
HIVEP2	-0.36	-0.49
LRFN2	-0.36	-0.47
ralyl	-0.36	-0.54
RTN4RL1	-0.36	-0.46
FRMPD4	-0.35	-0.43
MEF2C	-0.35	-0.48

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function	去term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
去:0000166	核苷酸结合	IEA		-
去:0005516	calmodulin binding	NAS		9060999
去:0005524	ATP结合	IEA		-
去:0005524	ATP结合	NAS		-
去：0004723	calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity	NAS		9060999
去:0004674	蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性	IEA		-
去:0004683	calmodulin-dependent protein kinase activity	IEA		-
去:0016740	transferase activity	IEA		-
去:0016301	kinase activity	IEA		-
Biological process	去term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
去:0000082	G1/S transition of mitotic cell cycle	IEA		-
去:0006468	蛋白氨基酸磷酸化	IEA		-
去:0006468	蛋白氨基酸磷酸化	NAS		-
去：0007165	signal transduction	NAS		8449910
去:0006816	calcium ion transport	IEA		-
去:0030073	insulin secretion	NAS		9240463
GO：0046777	蛋白氨基酸自磷酸化	IEA		-
细胞分量	去term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
去:0005575	cellular_component	ND		-

V.途径注释

Pathway name	Pathway size	＃szgr 2.0基因	Info
kegg erbb信号通路	87	71	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG CALCIUM SIGNALING PATHWAY	178	134	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG OOCYTE MEIOSIS	114	79	该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg wnt信号通路	151	112	该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg长期增强	70	57	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG NEUROTROPHIN SIGNALING PATHWAY	126	103	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG OLFACTORY TRANSDUCTION	389	85	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG GNRH SIGNALING PATHWAY	101	77	该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg黑色素发生	102	80	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG GLIOMA	65	56	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA BIOPEPTIDES PATHWAY	45	35	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA CACAM PATHWAY	16	11	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA PGC1A PATHWAY	26	20	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta Stathmin Pathway	19	17	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA CREB PATHWAY	27	25	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ST WNT CA2 CYCLIC GMP PATHWAY	20	14	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID BCR 5 Pathway	65	50	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IFNG途径	40	34	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NCADHERIN途径	33	32	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ginestier乳腺癌20Q13扩增DN	180	101	该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAGASHIMA NRG1 SIGNALING UP	176	123	该途径中的所有SZGR 2.0基因
多德鼻咽癌	1821	933	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 1 DN	378	231	该途径中的所有SZGR 2.0基因
环氧化物素的浓凋亡	239	157	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN	1781年	1082	该途径中的所有SZGR 2.0基因
lastowska神经母细胞瘤副本编号dn	800	473	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP53 TARGETS	1174	695	该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌	747	453	该途径中的所有SZGR 2.0基因
约翰逊脑癌早期与晚期DN	45	35	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHIPP DLBCL CURED VS FATAL DN	45	30	该途径中的所有SZGR 2.0基因
皮肤伤口dn的嗜中性粒细胞	225	163	该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG AGING HYPOTHALAMUS DN	40	31	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee老化小脑DN	86	66	该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过nova2拼接	43	38	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 24HR UP	148	96	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED	1022	619	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE UP	578	341	该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMBROSINI FLAVOPIRIDOL TREATMENT TP53	109	63	该途径中的所有SZGR 2.0基因
王肿瘤的侵入性	374	247	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向	1305	895	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 30MIN UP	56	38	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS BOUND BY PML RARA FUSION	456	287	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM ALL DISORDERS OLIGODENDROCYTE NUMBER CORR UP	756	494	该途径中的所有SZGR 2.0基因
金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关	682	440	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM ALL DISORDERS CALB1 CORR UP	548	370	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Verhaak胶质母细胞瘤神经	129	85	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN	1972年	1213	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHAT ESR1 TARGETS NOT VIA AKT1 DN	88	61	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 1ST EGF PULSE ONLY	1839年	928	该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family	Target position			mirna id	miRNA seq
miRNA family	UTR start	UTR end	Match method	mirna id	miRNA seq
mir-10	1698	1704	m8	HSA-MIR-10A	uacccuguagauccgaauuugug
mir-10	1698	1704	m8	HSA-MIR-10B	UACCCUGUAGAACCGAAUUUGU
mir-103/107	1115	1121	1A	HSA-MIR-103^脑	AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA
				HSA-MIR-107^脑	agcagcauuguacgggcuauca
				HSA-MIR-103^脑	AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA
				HSA-MIR-107^脑	agcagcauuguacgggcuauca
mir-153	1067	1073	m8	hsa-miR-153	Uugcauagucacaaaaguga
mir-181	1935	1941	m8	hsa-miR-181a^脑	aacauucaacgcugucggugagu
				hsa-miR-181b^SZ	AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGG
				hsa-miR-181c^脑	aacauucaaccugucggugagu
				hsa-miR-181d^脑	AACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUU
mir-194	1962年	1968年	1A	hsa-miR-194	UGUAACAGCAACUCCAUGUGGA
miR-219	1232	1238	m8	HSA-MIR-219^脑	ugauuguccaaacgcaauucu
mir-29	684	690	m8	hsa-miR-29a^SZ	uagcaccaucugaaaucgguu
				hsa-miR-29b^SZ	uagcaccauuugaaaucaguguu
				hsa-miR-29c^SZ	UAGCACCAUUUGAAAUCGGU
				hsa-miR-29a^SZ	uagcaccaucugaaaucgguu
				hsa-miR-29b^SZ	uagcaccauuugaaaucaguguu
				hsa-miR-29c^SZ	UAGCACCAUUUGAAAUCGGU
miR-324-5p	767	773	1A	HSA-MIR-324-5p	CGCAUCCCCUAGGGCAUUGGUGU
miR-33	774	780	m8	HSA-MIR-33	GUGCAUUGUAGUUGCAUUG
				HSA-MIR-33B	Gugcauugcuguugcauugca
				HSA-MIR-33	GUGCAUUGUAGUUGCAUUG
				HSA-MIR-33B	Gugcauugcuguugcauugca
miR-338	1227	1233	1A	HSA-MIR-338^脑	UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGA
mir-495	1960年	1966年	1A	hsa-miR-495^脑	AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU
mir-495	1960年	1966年	1A	hsa-miR-495^脑	AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU
miR-543	1936	1942	m8	HSA-MIR-543	AAACAUUCGCGGUGCACUUCU
miR-544	690	696	m8	HSA-MIR-544	AUUCUGCAUUUUUAGCAAGU
miR-544	690	696	m8	HSA-MIR-544	AUUCUGCAUUUUUAGCAAGU

SZ: miRNAs which differentially expressed in brain cortex of schizophrenia patients comparing with control samples using microarray. Click这里查看与SZ相关的miRNA列表。
Brain: miRNAs which are expressed in brain based on miRNA microarray expression studies. Click这里to see the list of brain related miRNAs.

基因页：CAMK2G