Gene Page:TAGLN2

概括?
基因 8407
象征 TAGLN2
Synonyms HA1756
Description transgelin 2
Reference MIM:604634|HGNC: HGNC: 11554|Ensembl:ENSG00000158710|HPRD：06864|Vega：Otthumg0000000022793
Gene type protein-coding
Map location 1q21-q25
Sherlock p-value 0.723
Fetal beta 0.038
DMG 1 (# studies)
eGene Myers' cis & trans

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description 我nfo
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:vanEijk_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 432 differentially methylated CpG sites corresponding to 391 unique transcripts between schizophrenia patients (n=260) and unaffected controls (n=250). 3
GSMA_I Genome scan meta-analysis Psr: 0.0235
GSMA_IIA Genome scan meta-analysis (All samples) Psr: 0.00814
Network 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.0044

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) Beta (dis) FDR (dis) Study
cg05768141 1 160039847 TAGLN2 0.002 -4.584 DMG:vanEijk_2014
cg23004625 1 160002365 TAGLN2 2.419E-4 -5.382 DMG:vanEijk_2014
cg19111262 1 158154828-158154877 TAGLN2 0.002 -6.005 DMG:vanEijk_2014

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs16846456 chr3 172757337 TAGLN2 8407 0.2 trans
rs4501739 chrX 35960848 TAGLN2 8407 0.11 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

No co-expressed genes in brain regions


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005515 protein binding 我PI 17353931
生物过程 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007517 muscle development 我EA -

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway 我nfo
ONKEN UVEAL MELANOMA UP 783 507 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FULCHER INFLAMMATORY RESPONSE LECTIN VS LPS UP 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LAIHO COLORECTAL CANCER SERRATED UP 112 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 24HR UP 557 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE UP 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 1 DN 378 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO通过RHOA转换 536 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHANSSON GLIOMAGENESIS BY PDGFB UP 58 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL DN 186 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RASHI RESPONSE TO IONIZING RADIATION 2 127 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHLOSSER MYC AND SERUM RESPONSE SYNERGY 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM2 153 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RICKMAN METASTASIS DN 261 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOYAMA SEMA3B TARGETS DN 411 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS 775 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GNATENKO PLATELET SIGNATURE 48 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE LIVER CANCER MYC TGFA UP 61 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE LIVER CANCER ACOX1 UP 64 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE LIVER CANCER MYC E2F1 UP 56 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Liver Cancer Dena Up 60 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE LIVER CANCER E2F1 UP 62 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PARK HSC AND MULTIPOTENT PROGENITORS 50 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
我VANOVA HEMATOPOIESIS EARLY PROGENITOR 532 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REN ALVEOLAR RHABDOMYOSARCOMA DN 408 274 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAAB HEART ATRIUM VS VENTRICLE UP 249 170 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODWELL AGING KIDNEY UP 487 303 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU TNF SIGNALING 30MIN 54 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 7 51 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SIMBULAN PARP1 TARGETS DN 17 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DE YY1 TARGETS DN 92 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HANN RESISTANCE TO BCL2 INHIBITOR UP 36 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER CANCER UP 973 570 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE UP 863 514 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER RELAPSE IN BONE DN 315 197 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL UP 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL OPTIMAL DEBULKING 246 152 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TOYOTA TARGETS OF MIR34B AND MIR34C 463 262 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON CANCER UP 871 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON VS RECTAL CANCER DN 56 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOHN PRIMARY IMMUNODEFICIENCY SYNDROM UP 47 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUTT GBM VS AO GLIOMA UP 46 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE RECENT THYMIC EMIGRANT 227 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEN METABOLIC SYNDROM NETWORK 1210 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHAFFER IRF4 TARGETS IN ACTIVATED B LYMPHOCYTE 81 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO HOUSEKEEPING GENES 389 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MEISSNER BRAIN HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MEISSNER NPC HCP WITH H3K4ME2 491 319 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHAN MULTIPLE MYELOMA HP DN 47 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 13 172 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS BOUND BY PML RARA FUSION 456 287 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
我SSAEVA MLL2 TARGETS 62 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PASINI SUZ12 TARGETS DN 315 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANDESLUIS COMMD1 TARGETS GROUP 3 UP 89 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smad2或Smad3的Koinuma目标 824 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Delacroix Rarg Bound MEF 367 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-1/206 72 78 m8 hsa-miR-1 UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUA
hsa-miR-206SZ UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG
hsa-miR-613 AGGAAUGUUCCUUCUUUGCC
mir-133 215 221 1A hsa-miR-133a UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU
hsa-miR-133b UUGGUCCCCUUCAACCAGCUA
hsa-miR-133a UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU
hsa-miR-133b UUGGUCCCCUUCAACCAGCUA
miR-145 211 217 m8 hsa-miR-145 GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUU