基因页：rab6c
概括？
| 基因 | 84084 |
| 象征 | rab6c |
| 同义词 | wth3 |
| 描述 | Rab6c，Ras Oncogene家族成员 |
| 参考 | MIM：612909|HGNC：HGNC：16525|ENSEMBL：ENSG00000222014|HPRD：15201|Vega：Otthumg00000153487 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 2q21.1 |
| Pascal P值 | 0.631 |
| Sherlock P值 | 0.265 |
| 胎儿β | -0.876 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 主持人 | 尾状基底神经节 海马 梭子基底神经节 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR：0.023 | |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析（所有样品） | PSR：0.00755 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG25181900 | 2 | 130738053 | rab6c | 4.811E-4 | -0.449 | 0.046 | DMG：Wockner_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS4491879 | CHR3 | 189373908 | rab6c | 84084 | 0.04 | 反式 | ||
| RS4505678 | CHR3 | 189374356 | rab6c | 84084 | 0.06 | 反式 | ||
| RS12327665 | CHR19 | 39622639 | rab6c | 84084 | 0.12 | 反式 | ||
| RS6760544 | 2 | 130694072 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.063E-9 | 0 | -43163 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS397945442 | 2 | 130694101 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 5.593E-9 | 0 | -43134 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS1882608 | 2 | 130695820 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 5.234e-9 | 0 | -41415 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS4619549 | 2 | 130697710 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.739E-8 | 0 | -39525 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS11679667 | 2 | 130698516 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 5.313E-8 | 0 | -38719 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS1922633 | 2 | 130701189 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 4.646E-9 | 0 | -36046 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS1922632 | 2 | 130705665 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 4.567E-10 | 0 | -31570 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS6737432 | 2 | 130707020 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.784E-7 | 0 | -30215 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS2178727 | 2 | 130710764 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 3.735E-10 | 0 | -26471 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS78599069 | 2 | 130711523 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 4.265E-10 | 0 | -25712 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS4600594 | 2 | 130711564 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 3.681E-10 | 0 | -25671 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS4550621 | 2 | 130711746 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.662E-6 | 0 | -25489 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS4600595 | 2 | 130711784 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.657E-6 | 0 | -25451 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS4359586 | 2 | 130711846 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 3.654e-10 | 0 | -25389 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS201584462 | 2 | 130713109 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 5.494e-7 | 0 | -24126 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS12468461 | 2 | 130713396 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.072E-9 | 0 | -23839 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS12468499 | 2 | 130713455 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 7.238e-10 | 0 | -23780 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS10803610 | 2 | 130714237 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 7.441E-7 | 0 | -22998 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS10803611 | 2 | 130714261 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.899E-6 | 0 | -22974 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS10803612 | 2 | 130714328 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 3.144e-8 | 0 | -22907 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS13417834 | 2 | 130714574 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 2.35E-7 | 0 | -22661 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS7581114 | 2 | 130715510 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.046E-9 | 0 | -21725 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS6757615 | 2 | 130718086 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.166E-9 | 0 | -19149 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS7604709 | 2 | 130719738 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.403E-7 | 0 | -17497 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS35275119 | 2 | 130721571 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.547E-9 | 0 | -15664 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS11675216 | 2 | 130722438 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.414E-9 | 0 | -14797 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS13395676 | 2 | 130724786 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 6.486e-9 | 0 | -12449 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS6709481 | 2 | 130730457 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 2.146E-9 | 0 | -6778 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS4662673 | 2 | 130731298 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 5.364e-7 | 0 | -5937 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS10928946 | 2 | 130733087 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 3.889E-10 | 0 | -4148 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS6431124 | 2 | 130733324 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 7.978e-8 | 0 | -3911 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS9808290 | 2 | 130734194 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 3.8e-7 | 0 | -3041 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS4347768 | 2 | 130737541 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 4.051E-10 | 0 | 306 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS4233601 | 2 | 130737578 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.112E-8 | 0 | 343 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS55993213 | 2 | 130739646 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 3.694E-9 | 0 | 2411 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS11674996 | 2 | 130739891 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.076E-9 | 0 | 2656 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS10084226 | 2 | 130781397 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 1.972E-6 | 0 | 44162 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS4405700 | 2 | 130793095 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 3.427E-6 | 0 | 55860 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS10165978 | 2 | 130795485 | rab6c | ENSG00000222014.4 | 3.561E-6 | 0 | 58250 | gtex_brain_putamen_basal |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23岁）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0000166 | 核苷酸结合 | IEA | - | |
| 去：0003924 | GTPase活性 | 艾达 | 10455022 | |
| 去：0005525 | GTP结合 | IEA | - | |
| 去：0005216 | 离子通道活动 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0006811 | 离子运输 | IEA | - | |
| 去：0007264 | 小GTPase介导的信号转导 | 塔斯 | 10455022 | |
| GO：0042493 | 对药物的反应 | 艾达 | 11054569 | |
| 去：0015031 | 蛋白质运输 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005622 | 细胞内 | 我知道了 | 10455022 | |
| 去：0016020 | 膜 | IEA | - |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mir192和Mir215的Georges目标 | 893 | 528 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gabriely miR21靶标 | 289 | 187 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Krieg缺氧不是通过KDM3A | 770 | 480 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zwang 1类由EGF瞬时诱导 | 516 | 308 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-124.1 | 1121 | 1127 | M8 | HSA-MIR-124A | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
| mir-124/506 | 1121 | 1127 | 1a | HSA-MIR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga |
| HSA-MIR-124脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| mir-21 | 1218 | 1224 | 1a | HSA-MIR-21脑 | uagcuuaucagacugauguuga |
| HSA-MIR-590 | gagcuuauucauaaaaagugcag | ||||
| mir-216 | 1401 | 1407 | M8 | HSA-MIR-216 | uaaucucagcuggcaacugug |
| mir-218 | 15 | 22 | 1A，M8 | HSA-MIR-218脑 | uugugcuugaucuaaccaugu |
| mir-299-3p | 1717年 | 1724年 | 1A，M8 | HSA-MIR-299-3P | uauggggaugguaaaaCcgcuu |
| mir-324-3p | 476 | 482 | M8 | HSA-MIR-324-3P | ccacugccccaggugcugcugg |
| mir-342 | 1399年 | 1405 | 1a | HSA-MIR-342脑 | ucucacacagaaaucgcacccccguc |
| mir-543 | 135 | 141 | 1a | HSA-MIR-543 | aaacauucgcggugcacuucu |
| mir-93.hd/291-3p/294/295/302/372/373/520 | 1666年 | 1672年 | M8 | HSA-MIR-93脑 | aaagugcuguucgugcagguag |
| HSA-MIR-302A | uaagugcuugcauguuuguga | ||||
| HSA-MIR-302B | uaagugcuuccauguuuaguag | ||||
| HSA-MIR-302C | uaagugcuuccauguucagugg | ||||
| HSA-MIR-302D | Uaagugcuauguugugugu | ||||
| HSA-MIR-372 | aaagugcugcgacauuugagcgu | ||||
| HSA-MIR-373 | Gaagugcuucgauuuggggugu | ||||
| HSA-MIR-520E | Aaagugcuuuuuugaggg | ||||
| HSA-MIR-520A | aaagugcuucccuuguggugu | ||||
| HSA-MIR-520B | aaagugcuuuuuuagaggg | ||||
| HSA-MIR-520C | aaagugcuuuuuuaggggug | ||||
| HSA-MIR-520D | aaaguguuugugggguggguu | ||||