概括
基因 8412
象征 BCAR3
同义词 NSP2 | SH2D3B
描述 乳腺癌抗雌激素抵抗3
参考 MIM:604704|HGNC:HGNC:973|ENSEMBL:ENSG00000137936|HPRD:05268|Vega:Otthumg0000000010301
基因类型 蛋白质编码
地图位置 1p22.1
Pascal P值 0.627
Sherlock P值 0.188
胎儿β -0.992
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DNM:Fromer_2014 整个外显子组测序分析 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究,该研究使用基因组DNA报告了DNM。

第一节遗传学和表观遗传学注释

@DNM表

基因 染色体 位置 参考 alt 成绩单 AA更改 突变类型 CG46 特征 学习
BCAR3 CHR1 94057915 G 一个 NM_001261408
NM_001261409
NM_001261410
NM_003567
NR_034091




沉默的
沉默的
沉默的
沉默的
npcrna
精神分裂症 DNM:Fromer_2014

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS12490747 CHR3 9092889 BCAR3 8412 0.04 反式
RS17021996 CHR4 147754818 BCAR3 8412 0.13 反式
RS17061935 CHR6 101873751 BCAR3 8412 0.08 反式
RS17080825 CHR6 119411222 BCAR3 8412 0.13 反式
RS2023879 CHR7 51038201 BCAR3 8412 0.11 反式
RS2068673 CHR12 60333402 BCAR3 8412 8.293E-5 反式
RS2655880 CHR12 60797980 BCAR3 8412 0.13 反式
RS10784054 CHR12 60822443 BCAR3 8412 0.15 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23岁)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
SBNO1 0.93 0.93
KIAA0232 0.93 0.94
KIAA1109 0.92 0.94
mycbp2 0.92 0.92
Pikfyve 0.91 0.93
VPS13D 0.91 0.93
DMXL1 0.91 0.93
kif3a 0.90 0.91
Ash1l 0.90 0.93
kif21a 0.90 0.91
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
C1orf61 -0.61 -0.73
增强 -0.61 -0.66
AF347015.21 -0.60 -0.57
C1orf54 -0.60 -0.66
Rhoc -0.59 -0.65
VAMP5 -0.57 -0.57
Metrn -0.57 -0.59
higd1b -0.57 -0.57
DBI -0.56 -0.62
AF347015.31 -0.56 -0.55

V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
PID CDC42 REG途径 30 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fulcher炎症反应凝集素与LPS 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应角质形成细胞DN 485 334 该途径中的所有SZGR 2.0基因
林格伦膀胱癌群集3 329 196 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3公共DN 483 336 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Amit EGF响应480 HELA 164 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿米特血清反应120 MCF10A 65 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
克莱因原发性积液淋巴瘤DN 58 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HALMOS CEBPA目标DN 46 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nouzova维甲酸和H4乙酰化 143 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由组蛋白乙酰化调节的玛丽亚达森 83 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦紫外线响应集群D6 37 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦紫外线高剂量DN 312 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dazard对UV NHEK DN的反应 318 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
贝尔德糖尿病性肾病DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Durchdewald皮肤致癌DN 264 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伽玛辐射8G后的生存率不佳 95 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
营地结肠癌拷贝编号DN 74 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boquest干细胞DN 216 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fournier腺泡开发2 277 172 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dorn腺病毒感染12小时 29 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN腺病毒感染24小时DN 43 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN腺病毒感染32小时DN 39 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN腺病毒感染48小时DN 40 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHAT ESR1通过AKT1 DN目标 82 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bruins通过TP53组A的UVC响应 898 516 该途径中的所有SZGR 2.0基因
棕熊UVC响应很晚 317 190 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smad2或Smad3的Koinuma目标 824 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ERBB2同工型的Pedersen转移7 403 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D 882 506 该途径中的所有SZGR 2.0基因
wakabayashi脂肪形成PPARG RXRA与H4K20me1标记结合 145 82 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang 1类由EGF瞬时诱导 516 308 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang EGF间隔DN 214 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因