基因页:C7orf50
概括?
基因 | 84310 |
象征 | C7orf50 |
同义词 | YCR016W |
描述 | 染色体7开放阅读框50 |
参考 | HGNC:HGNC:22421|ENSEMBL:ENSG00000146540|HPRD:14413|Vega:Otthumg00000151477 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 7p22.3 |
Pascal P值 | 0.864 |
Sherlock P值 | 0.213 |
胎儿β | -0.587 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 前扣带回皮层BA24 尾状基底神经节 皮质 额叶皮质BA9 海马 伏隔核基底神经节 梭子基底神经节 元 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 2 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG14525935 | 7 | 1105730 | C7orf50 | 2.45e-4 | -0.425 | 0.037 | DMG:Wockner_2014 |
CG16190225 | 7 | 1163456 | C7orf50 | 4.452E-4 | -0.316 | 0.045 | DMG:Wockner_2014 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS113145978 | 7 | 1000578 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.223E-9 | 0 | 177318 | gtex_brain_ba24 |
RS73257955 | 7 | 1007014 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.617E-9 | 0 | 170882 | gtex_brain_ba24 |
RS78461900 | 7 | 1007033 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.617E-9 | 0 | 170863 | gtex_brain_ba24 |
RS6943665 | 7 | 1010909 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.513E-10 | 0 | 166987 | gtex_brain_ba24 |
RS6462277 | 7 | 1011968 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.621E-10 | 0 | 165928 | gtex_brain_ba24 |
RS56242247 | 7 | 1012948 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.621E-10 | 0 | 164948 | gtex_brain_ba24 |
RS55729719 | 7 | 1013180 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.569E-10 | 0 | 164716 | gtex_brain_ba24 |
RS186969173 | 7 | 1013904 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 8.002e-11 | 0 | 163992 | gtex_brain_ba24 |
RS112587865 | 7 | 1015271 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.561E-10 | 0 | 162625 | gtex_brain_ba24 |
RS140499695 | 7 | 1020176 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.579E-9 | 0 | 157720 | gtex_brain_ba24 |
RS57492282 | 7 | 1021860 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 3.971E-7 | 0 | 156036 | gtex_brain_ba24 |
RS73259905 | 7 | 1023364 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 3.073E-7 | 0 | 154532 | gtex_brain_ba24 |
RS80133931 | 7 | 1027286 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 7.524e-11 | 0 | 150610 | gtex_brain_ba24 |
RS11438426 | 7 | 1027569 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.485e-12 | 0 | 150327 | gtex_brain_ba24 |
RS60892210 | 7 | 1031170 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 3.44e-11 | 0 | 146726 | gtex_brain_ba24 |
RS200978047 | 7 | 1031824 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 6.693e-11 | 0 | 146072 | gtex_brain_ba24 |
RS57858751 | 7 | 1032618 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 3.951e-11 | 0 | 145278 | gtex_brain_ba24 |
RS56109702 | 7 | 1032919 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.041E-7 | 0 | 144977 | gtex_brain_ba24 |
RS11977 | 7 | 1036944 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 7.418e-12 | 0 | 140952 | gtex_brain_ba24 |
RS11559183 | 7 | 1037025 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 6.137e-11 | 0 | 140871 | gtex_brain_ba24 |
RS7798636 | 7 | 1038189 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.41e-11 | 0 | 139707 | gtex_brain_ba24 |
RS60918895 | 7 | 1039036 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.13e-7 | 0 | 138860 | gtex_brain_ba24 |
RS112072378 | 7 | 1039400 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.185e-9 | 0 | 138496 | gtex_brain_ba24 |
RS73264010 | 7 | 1040477 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.129E-7 | 0 | 137419 | gtex_brain_ba24 |
RS146822086 | 7 | 1041940 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.234E-9 | 0 | 135956 | gtex_brain_ba24 |
RS111211004 | 7 | 1042579 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.651E-9 | 0 | 135317 | gtex_brain_ba24 |
RS112369387 | 7 | 1044860 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.467E-9 | 0 | 133036 | gtex_brain_ba24 |
RS73264028 | 7 | 1045455 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.049E-7 | 0 | 132441 | gtex_brain_ba24 |
RS200085503 | 7 | 1045631 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 9.876E-9 | 0 | 132265 | gtex_brain_ba24 |
RS73264032 | 7 | 1045749 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.679E-8 | 0 | 132147 | gtex_brain_ba24 |
RS75818004 | 7 | 1047572 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.301E-9 | 0 | 130324 | gtex_brain_ba24 |
RS56107018 | 7 | 1048112 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.467E-9 | 0 | 129784 | gtex_brain_ba24 |
RS56097140 | 7 | 1048183 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.467E-9 | 0 | 129713 | gtex_brain_ba24 |
RS79396168 | 7 | 1048928 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.294E-9 | 0 | 128968 | gtex_brain_ba24 |
RS75083636 | 7 | 1050800 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.287E-9 | 0 | 127096 | gtex_brain_ba24 |
RS79396675 | 7 | 1055047 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.268E-9 | 0 | 122849 | gtex_brain_ba24 |
RS73265918 | 7 | 1056809 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 8.365e-8 | 0 | 121087 | gtex_brain_ba24 |
RS74791540 | 7 | 1061913 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.287E-9 | 0 | 115983 | gtex_brain_ba24 |
RS11768895 | 7 | 1063691 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.102E-6 | 0 | 114205 | gtex_brain_ba24 |
RS11764817 | 7 | 1064610 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.1E-6 | 0 | 113286 | gtex_brain_ba24 |
RS112554101 | 7 | 1065535 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.41E-6 | 0 | 112361 | gtex_brain_ba24 |
RS143361185 | 7 | 1067762 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.208E-6 | 0 | 110134 | gtex_brain_ba24 |
RS111823776 | 7 | 1071032 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 6.176E-7 | 0 | 106864 | gtex_brain_ba24 |
RS181054388 | 7 | 1080878 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 3.07E-7 | 0 | 97018 | gtex_brain_ba24 |
RS111645884 | 7 | 1005142 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.014E-6 | 0.01 | 172754 | gtex_brain_putamen_basal |
RS6462277 | 7 | 1011968 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.61E-6 | 0.01 | 165928 | gtex_brain_putamen_basal |
RS56242247 | 7 | 1012948 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.61E-6 | 0.01 | 164948 | gtex_brain_putamen_basal |
RS55729719 | 7 | 1013180 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 2.613E-6 | 0.01 | 164716 | gtex_brain_putamen_basal |
RS186969173 | 7 | 1013904 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.528E-6 | 0.01 | 163992 | gtex_brain_putamen_basal |
RS112587865 | 7 | 1015271 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.58e-6 | 0.01 | 162625 | gtex_brain_putamen_basal |
RS80133931 | 7 | 1027286 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 7.229E-7 | 0.01 | 150610 | gtex_brain_putamen_basal |
RS60892210 | 7 | 1031170 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 4.348e-7 | 0.01 | 146726 | gtex_brain_putamen_basal |
RS200978047 | 7 | 1031824 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 7.725e-7 | 0.01 | 146072 | gtex_brain_putamen_basal |
RS11977 | 7 | 1036944 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.85E-6 | 0.01 | 140952 | gtex_brain_putamen_basal |
RS7798636 | 7 | 1038189 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.806E-6 | 0.01 | 139707 | gtex_brain_putamen_basal |
RS112583257 | 7 | 1091001 | C7orf50 | ENSG00000146540.10 | 1.089E-6 | 0.01 | 86895 | gtex_brain_putamen_basal |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/C7orf50_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23岁)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Tong与PTTG1互动 | 57 | 32 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Koyama Sema3b靶向 | 292 | 168 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nikolsky乳腺癌7p22 Amplicon | 38 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zhu CMV 24小时DN | 91 | 64 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zhu CMV全部DN | 128 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
伊万诺娃造血中间祖先 | 149 | 84 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krige对Tosedostat 6小时DN的响应 | 911 | 527 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krige对Tosedostat 24小时DN的反应 | 1011 | 592 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿塞维多的正常组织与肝肿瘤相邻 | 174 | 96 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿塞维多肝癌 | 973 | 570 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
mirlet7a3的Brueckner目标 | 111 | 69 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
尼尔森·吉斯特(Nielsen Gist) | 98 | 66 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gobert少突胶质细胞分化 | 570 | 339 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |