基因页面:PKP4
总结吗?
| GeneID | 8502年 |
| 象征 | PKP4 |
| 同义词 | p0071 |
| 描述 | plakophilin 4 |
| 参考 | MIM: 604276|HGNC: HGNC: 9026|运用:ENSG00000144283|HPRD: 05043|织女:OTTHUMG00000153969 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 2 q24.1 |
| 帕斯卡假定值 | 0.007 |
| 夏洛克假定值 | 0.066 |
| eGene | 迈尔斯的顺式和反式 |
| 支持 | 细胞粘附和TRANSSYNAPTIC信号 G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSENSUS G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSENSUS CompositeSet 达内尔FMRP目标 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | Psr: 0.02395 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
eQTL注释
eQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs2141326 | chr2 | 28779227 | PKP4 | 8502年 | 0.08 | 反式 | ||
| rs871872 | chr2 | 28782263 | PKP4 | 8502年 | 0.06 | 反式 | ||
| rs1733504 | chr3 | 71372796 | PKP4 | 8502年 | 0.01 | 反式 | ||
| rs1290499 | chr3 | 71393339 | PKP4 | 8502年 | 0.15 | 反式 | ||
| rs1295400 | chr7 | 51138813 | PKP4 | 8502年 | 0.01 | 反式 | ||
| rs758167 | chr12 | 1915558 | PKP4 | 8502年 | 0.07 | 反式 | ||
| rs10144695 | chr14 | 49442442 | PKP4 | 8502年 | 0.19 | 反式 | ||
| rs6518060 | chr21 | 22427853 | PKP4 | 8502年 | 0.17 | 反式 | ||
| rs9983417 | chr21 | 22431220 | PKP4 | 8502年 | 0.15 | 反式 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
中的基因在大脑区域
| 前10名中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| ANAPC2 | 0.93 | 0.93 |
| BRF1 | 0.92 | 0.94 |
| AC011498.3 | 0.92 | 0.93 |
| SF4 | 0.92 | 0.92 |
| CCDC137 | 0.91 | 0.92 |
| OGFR | 0.91 | 0.91 |
| PPAN | 0.90 | 0.90 |
| PELP1 | 0.90 | 0.91 |
| ATAD3A | 0.90 | 0.92 |
| ZNF653 | 0.89 | 0.91 |
| 十大负面中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| AF347015.31 | -0.80 | -0.82 |
| MT-CO2 | -0.79 | -0.81 |
| AF347015.33 | -0.77 | -0.78 |
| MT-CYB | -0.76 | -0.79 |
| AF347015.27 | -0.76 | -0.80 |
| AF347015.21 | -0.76 | -0.82 |
| AF347015.8 | -0.75 | -0.80 |
| AF347015.2 | -0.73 | -0.77 |
| AF347015.15 | -0.73 | -0.78 |
| HIGD1B | -0.72 | -0.75 |
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0005488 | 绑定 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005515 | 蛋白结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005198 | 结构分子活动 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0007155 | 细胞粘附 | NAS | 8937994 | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0005911 | 信息结 | 助教 | 8937994 |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| DAVICIONI分子武器VS erm | 332年 | 228年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 森古普塔和LMP1鼻咽癌 | 408年 | 247年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迪亚兹慢性MEYLOGENOUS白血病 | 1382年 | 904年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 奥斯瓦尔德造血干细胞在胶原凝胶 | 233年 | 161年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 奥斯瓦尔德在胶原凝胶DN造血干细胞 | 275年 | 168年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DN SENESE HDAC3目标 | 536年 | 332年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 金赛的目标EWSR1 FLII融合起来 | 1278年 | 748年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 金正日WT1 DN的目标 | 459年 | 276年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 多德鼻咽癌DN | 1375年 | 806年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 由阿霉素DN GRAESSMANN细胞凋亡 | 1781年 | 1082年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BERENJENO通过RHOA转换 | 536年 | 340年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DN SCHLOSSER血清反应 | 712年 | 443年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 通过ERCC3 DN滑落紫外线反应 | 855年 | 609年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 滑落紫外线反应通过ERCC3常见的DN | 483年 | 336年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MOHANKUMAR TLX1目标了 | 414年 | 287年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 道森在淋巴瘤TCL1甲基化 | 59 | 45 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布伊泰尔特说光动力治疗压力DN | 637年 | 377年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 魏MIR34A目标 | 148年 | 97年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 廖转移 | 539年 | 324年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 里克曼肿瘤分化好与差 | 236年 | 139年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 里克曼转移了 | 344年 | 180年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SCHAEFFER前列腺癌发展6小时DN | 514年 | 330年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SCHAEFFER前列腺癌发展48小时DN | 428年 | 306年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 乔治MIR192和MIR215的目标 | 893年 | 528年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 沈SMARCA2目标了 | 424年 | 268年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KUMAR MLL AF9融合的目标 | 405年 | 264年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 任肺泡横纹肌肉瘤了 | 98年 | 64年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 朋友PRMT5目标了 | 203年 | 135年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 外邦人集群D5紫外线反应 | 39 | 26 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| GAJATE应对TRABECTEDIN DN | 19 | 11 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 外邦人紫外线高剂量DN | 312年 | 203年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 罗格列酮DN敏锐的反应 | 106年 | 68年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 伊万诺娃造血干细胞和祖 | 681年 | 420年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KRIGE TOSEDOSTAT反应6小时 | 953年 | 554年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KRIGE应对TOSEDOSTAT 24小时DN | 1011年 | 592年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| GAVIN FOXP3目标集群P3 | 160年 | 103年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 张乳腺癌的祖细胞 | 425年 | 253年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BOQUEST干细胞DN | 216年 | 143年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SHEDDEN肺癌A5生存良好 | 70年 | 32 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 米利伪足 | 43 | 27 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 米利伪足趋化性了 | 74年 | 45 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 米利伪足趋触性了 | 518年 | 299年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 么时间响应黄体酮集群9 | 76年 | 45 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| GOBERT少突细胞分化DN | 1080年 | 713年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DN FORTSCHEGGER PHF8目标 | 784年 | 464年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| VANOEVELEN肌发生SIN3A目标 | 220年 | 133年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
| microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-125/351 | 150年 | 156年 | 1 | hsa - mir - 125 b大脑 | UCCCUGAGACCCUAACUUGUGA |
| hsa - mir - 125 a大脑 | UCCCUGAGACCCUUUAACCUGUG | ||||
| mir - 150 | 170年 | 177年 | 1、m8 | hsa - mir - 150 | UCUCCCAACCCUUGUACCAGUG |
| mir - 183 | 481年 | 487年 | m8 | hsa - mir - 183 | UAUGGCACUGGUAGAAUUCACUG |
| miR-192/215 | 298年 | 305年 | 1、m8 | hsa - mir - 192 | CUGACCUAUGAAUUGACAGCC |
| hsa - mir - 215 | AUGACCUAUGAAUUGACAGAC | ||||
| mir - 218 | 629年 | 636年 | 1、m8 | hsa - mir - 218大脑 | UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU |
| miR-23 | 329年 | 336年 | 1、m8 | hsa-miR-23a大脑 | AUCACAUUGCCAGGGAUUUCC |
| hsa-miR-23b大脑 | AUCACAUUGCCAGGGAUUACC | ||||
| mir - 323 | 328年 | 335年 | 1、m8 | hsa - mir - 323大脑 | GCACAUUACACGGUCGACCUCU |
| miR-34/449 | 694年 | 701年 | 1、m8 | hsa-miR-34a大脑 | UGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUU |
| hsa-miR-34c | AGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC | ||||
| hsa - mir - 449 | UGGCAGUGUAUUGUUAGCUGGU | ||||
| hsa - mir - 449 b | AGGCAGUGUAUUGUUAGCUGGC | ||||