基因页:lgr5
概括?
基因 | 8549 |
象征 | lgr5 |
同义词 | fex | gpr49 | gpr67 | grp49 | hg38 |
描述 | 富含亮氨酸的重复含有G蛋白偶联受体5 |
参考 | MIM:606667|HGNC:HGNC:4504|ENSEMBL:ENSG00000139292|HPRD:05979|Vega:Otthumg00000169543 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 12Q21.1 |
Pascal P值 | 0.468 |
DMG | 1(#研究) |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 1 |
表达 | 基因表达的荟萃分析 | p价值:1.578 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG18527133 | 12 | 71834707 | lgr5 | 9.04e-5 | -0.5 | 0.027 | DMG:Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/LGR5_DE_GTEx.png)
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
MTMR7 | 0.89 | 0.90 |
Spock1 | 0.89 | 0.89 |
Rab6a | 0.88 | 0.90 |
SV2A | 0.88 | 0.90 |
inpp5f | 0.87 | 0.87 |
ENO2 | 0.86 | 0.87 |
Elovl4 | 0.86 | 0.87 |
SRPK2 | 0.86 | 0.90 |
Trim37 | 0.86 | 0.89 |
是的 | 0.86 | 0.91 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
higd1b | -0.61 | -0.62 |
AF347015.2 | -0.60 | -0.57 |
ACSF2 | -0.60 | -0.63 |
FXYD1 | -0.59 | -0.58 |
AF347015.31 | -0.59 | -0.59 |
MT-CO2 | -0.58 | -0.59 |
AF347015.21 | -0.58 | -0.57 |
AP002478.3 | -0.58 | -0.63 |
Rab34 | -0.58 | -0.67 |
EIF4EBP3 | -0.57 | -0.63 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0004872 | 受体活性 | IEA | - | |
去:0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
去:0016500 | 蛋白质激素受体活性 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007186 | G蛋白偶联受体蛋白信号通路 | IEA | - | |
去:0007186 | G蛋白偶联受体蛋白信号通路 | 塔斯 | 9642114 | |
去:0007165 | 信号转导 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - | |
去:0005886 | 质膜 | IEA | - | |
去:0005887 | 质膜的积分 | 塔斯 | 9642114 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Rodrigues DCC目标DN | 121 | 84 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Jaeger转移DN | 258 | 141 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mullighan MLL签名2 DN | 281 | 186 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lee神经Crest干细胞DN | 118 | 79 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
sabates结直肠腺瘤 | 141 | 75 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lucas HNF4A靶向DN | 8 | 8 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PAX3 FOXO1融合的Begum目标 | 60 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
patil肝癌 | 747 | 453 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Wood EBV EBNA1靶向 | 110 | 71 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
里克曼头颈癌 | 100 | 63 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nikolsky乳腺癌12q13 Q21 Amplicon | 46 | 21 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Affar YY1靶向DN | 234 | 137 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
MLL AF9融合的Kumar目标 | 405 | 264 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
XU GH1外源目标 | 85 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Xu GH1自分泌目标 | 268 | 157 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
道格拉斯BMI1靶向 | 566 | 371 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Sansom Wnt途径需要MYC | 58 | 43 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
马丁内斯RB1靶向 | 673 | 430 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martinez TP53目标DN | 593 | 372 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martinez RB1和TP53靶向DN | 591 | 366 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
骨骼DN中的Smid乳腺癌复发 | 315 | 197 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Smid乳腺癌基础 | 648 | 398 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Boylan多发性骨髓瘤C | 47 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069 | 729 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
清肝癌子类CTNNB1 UP | 176 | 110 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
清肝癌亚类干扰素DN | 52 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yoshioka肝癌早期复发DN | 65 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
开罗肝母细胞瘤 | 207 | 143 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
黄成人组织茎模块 | 721 | 492 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
CHYLA CBFA2T3靶向 | 387 | 225 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bruins通过TP53组D的UVC响应 | 280 | 158 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Delpuech FOXO3靶向 | 68 | 49 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gobert少突胶质细胞分化 | 570 | 339 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
通过p38部分的phong TNF响应 | 160 | 106 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
前列腺癌模型DN中的Acevedo FGFR1靶标 | 308 | 187 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |