SZGR2 - Beplay体育中心

概括?

基因	861
Symbol	runx1
同义词	AML1\|AML1-EVI-1\|AMLCR1\|CBF2alpha\|CBFA2\|EVI-1\|PEBP2aB\|PEBP2alpha
描述	runt相关转录因子1
参考	MIM:151385\|HGNC：HGNC：10471\|ENSEMBL：ENSG00000159216\|HPRD:01043\|Vega:OTTHUMG00000086299
基因type	protein-coding
地图位置	21q22.3
Pascal P值	0.395
Fetal beta	-0.111
DMG	2（＃研究）
eGene	迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因

基因set name	基因组方法	描述	Info
简历：PGCNP	全基因组协会研究	GWAS
DMG:Jaffe_2016	Genome-wide DNA methylation analysis	该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。	2
DMG:Wockner_2014	Genome-wide DNA methylation analysis	This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24).	2
PMID:cooccur	高通量文献搜索	Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学	高通量文献搜索	与精神分裂症Co-occurance关键words: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias	Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释

差异甲基化基因

探测	Chromosome	Position	最近的基因	P (dis)	beta（dis）	FDR (dis)	Study
CG11498607	21	36399226	runx1	5.647E-4	-0.456	0.049	DMG:Wockner_2014
cg22866426	21	36263347	runx1	2e-9	-0.013	1.64E-6	DMG:Jaffe_2016

EQTL注释

SNP ID	Chromosome	Position	eGene	基因Entrez ID	qvalue	eQTL type
RS2300384	CHR21	35253332	runx1	861	0.04	cis
rs12564871	chr1	163771926	runx1	861	0.2	trans
RS6430976	chr2	128822384	runx1	861	0	trans
RS11684252	chr2	128829365	runx1	861	0.11	trans
RS17036588	chr4	158561487	runx1	861	5.435E-4	trans
rs7445750	chr5	104331223	runx1	861	0.02	trans
RS544338	chr5	104625129	runx1	861	0.18	trans
rs1031612	chr8	4728687	runx1	861	0.12	trans
rs509390	chr8	102500402	runx1	861	0.07	trans
RS17618655	chr9	73983104	runx1	861	1.896E-5	trans
rs11255704	Chr10	8501820	runx1	861	0.07	trans
rs4934985	Chr10	33905260	runx1	861	0.1	trans
rs16933426	Chr10	78113005	runx1	861	0.01	trans
rs17111364	Chr10	97901813	runx1	861	0.17	trans
RS11214244	Chr11	112434429	runx1	861	0.15	trans
RS11216730	Chr11	117918701	runx1	861	0.12	trans
rs17089379	CHR13	64433308	runx1	861	0.05	trans
rs8072151	CHR17	50228268	runx1	861	4.62E-4	trans
rs8107683	CHR19	35901140	runx1	861	0.09	trans
RS2179733	CHR20	53876875	runx1	861	0.01	trans
RS1344430	CHR20	60099390	runx1	861	0.05	trans
RS6652005		0	runx1	861	0.06	trans
rs2984344	chrX	71523613	runx1	861	0.12	trans
rs17340169	chrX	138724917	runx1	861	0.13	trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

前10个积极共表达的基因
基因	皮尔逊的相关性	斯皮尔曼的相关性
PDCL	0.90	0.90
WDR3	0.90	0.90
MAPRE1	0.90	0.89
AP3M1	0.89	0.91
RCBTB2	0.89	0.90
ZFP161	0.89	0.89
SUPT16H	0.89	0.89
Smad4	0.89	0.91
HNRNPU	0.89	0.90
ZBTB10	0.88	0.91

前10个负共表达基因
基因	皮尔逊的相关性	斯皮尔曼的相关性
FXYD1	-0.67	-0.81
MT-CO2	-0.66	-0.82
AF347015.31	-0.66	-0.80
AIFM3	-0.65	-0.71
C5orf53	-0.65	-0.69
ifi27	-0.65	-0.79
HLA-F	-0.65	-0.70
AF347015.27	-0.65	-0.78
AF347015.33	-0.64	-0.77
S100B	-0.63	-0.73

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors	Aliases B	Official full name B	Experimental	资源	PubMed ID
AES	AES-1 \| AES-2 \| ESP1 \| GRG \| GRG5 \| TLE5	amino-terminal enhancer of split	两个杂交	BioGRID	10825294
CBFA2T2	dkfzp313f2116 \|EHT \|mtgr1 \|zmynd3	core-binding factor, runt domain, alpha subunit 2; translocated to, 2	-	HPRD	10675041
CBFA2T3	ETO2 \|MTG16 \|mtgr2 \|zmynd4	core-binding factor, runt domain, alpha subunit 2; translocated to, 3	-	HPRD	14703694
CBFB	PEBP2B	核心结合因子，β亚基	-	HPRD，Biogrid	10856244
CBFB	PEBP2B	核心结合因子，β亚基	CBF-beta与AML1A相互作用。这种相互作用是在小鼠CBF-β和人AML1A之间证明的相互作用上建模的。	BIND	9751710
CBFB	PEBP2B	核心结合因子，β亚基	Cbf-beta interacts with AML1b. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between mouse Cbf-beta and human AML1b.	BIND	9751710
CEBPB	C/EBP-beta \|CRP2 \|IL6DBP \|圈\|MGC32080 \|nf-il6 \|TCF5	CCAAT/增强子结合蛋白（C/EBP），β	-	HPRD，Biogrid	8622667
ELF2	EU32 \|nerf \|nerf-1a \|nerf-1b \|nerf-1a，b \|nerf-2	E74样因子2（ETS域转录因子）	-	HPRD	14970218
ELF4	Elfr \|MEF	E74-like factor 4 (ets domain transcription factor)	-	HPRD，Biogrid	10207087
FOS	AP-1 \| C-FOS	V-FOS FBJ鼠骨肉瘤病毒性癌基因同源物	-	HPRD，Biogrid	11641401
JUN	AP-1 \| AP1 \| c-Jun	Jun Oncogene	-	HPRD，Biogrid	11274169
lef1	DKFZP586H0919 \|tcf1alpha	lymphoid enhancer-binding factor 1	Reconstituted Complex	BioGRID	12551949
MYST4	dkfzp313g1618 \|FLJ90335 \|kat6b \|KIAA0383 \|Morf \|moz2 \|qkf \|querkopf	MYST histone acetyltransferase (monocytic leukemia) 4	-	HPRD，Biogrid	11965546
PAX5	BSAP	配对框5	-	HPRD，Biogrid	10455134
Smad1	BSP1 \| JV4-1 \| JV41 \| MADH1 \| MADR1	SMAD family member 1	Affinity Capture-Western	BioGRID	10531362
Smad2	JV18 \|JV18-1 \|madh2 \|Madr2 \|MGC22139 \|MGC34440 \|HMAD-2 \|HSMAD2	SMAD family member 2	Affinity Capture-Western	BioGRID	10531362
Smad3	DKFZP586N0721 \|DKFZP686J10186 \|HSPC193 \|HST17436 \|JV15-2 \|madh3 \|MGC60396	SMAD family member 3	Affinity Capture-Western	BioGRID	10531362
Smad5	DKFZP781C1895 \|DKFZP781O1323 \|DWFC \|JV5-1 \|madh5	SMAD family member 5	Affinity Capture-Western	BioGRID	10531362
SUV39H1	KMT1A \|MG44 \|SUV39H	Variegation 3-9同源1（果蝇）的抑制剂	-	HPRD，Biogrid	12917624
TLE1	ESG \| ESG1 \| GRG1	分裂1（E（SP1）同源物，果蝇）的透明蛋白样增强剂	AML1a interacts with TLE1.	BIND	9751710
TLE1	ESG \| ESG1 \| GRG1	分裂1（E（SP1）同源物，果蝇）的透明蛋白样增强剂	-	HPRD，Biogrid	9751710
TLE1	ESG \| ESG1 \| GRG1	分裂1（E（SP1）同源物，果蝇）的透明蛋白样增强剂	AML1B与TLE1相互作用。	BIND	9751710
TLE2	ESG \| ESG2 \| FLJ41188 \| GRG2	transducin-like enhancer of split 2 (E(sp1) homolog, Drosophila)	-	HPRD	10825294
VDR	NR1I1	维生素D（1,25-二羟基维生素D3）受体	Affinity Capture-Western Reconstituted Complex	BioGRID	12460926
yap1	yap \|yap2 \|yap65 \|yki	Yes-associated protein 1, 65kDa	-	HPRD，Biogrid	10228168

V.途径注释

Pathway name	Pathway size	＃szgr 2.0基因	Info
KEGG PATHWAYS IN CANCER	328	259	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG CHRONIC MYELOID LEUKEMIA	73	59	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG ACUTE MYELOID LEUKEMIA	60	47	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID SMAD2 3NUCLEAR PATHWAY	82	63	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID Delta NP63途径	47	34	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERTUCCI MEDULLARY VS DUCTAL BREAST CANCER DN	169	118	该途径中的所有SZGR 2.0基因
sotiriou乳腺癌1级vs 3 DN	52	34	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fulcher炎症反应凝集素与LPS	579	346	该途径中的所有SZGR 2.0基因
维克曼石棉肺癌DN	28	13	该途径中的所有SZGR 2.0基因
VECCHI GASTRIC CANCER EARLY UP	430	232	该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSWALD HEMATOPOIETIC STEM CELL IN COLLAGEN GEL UP	233	161	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 1 DN	242	165	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 2 DN	281	186	该途径中的所有SZGR 2.0基因
runx1 runx1t1融合HSC的TONKS目标UP	185	126	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Odonnell TFRC靶向	456	228	该途径中的所有SZGR 2.0基因
多德鼻咽癌	1821年	933	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP	722	443	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELYS THYROID CANCER UP	443	294	该途径中的所有SZGR 2.0基因
血清剥夺的Graessmann凋亡	552	347	该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿霉素DN的Graessmann凋亡	1781年	1082	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN RESPONSE TO MC AND DOXORUBICIN DN	770	415	该途径中的所有SZGR 2.0基因
berenjeno由Rhoa Up Troment	536	340	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 3 4WK UP	214	144	该途径中的所有SZGR 2.0基因
McBryan Pubertal乳房4 5WK	271	175	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 5 6WK DN	137	97	该途径中的所有SZGR 2.0基因
McBryan Pubertal乳房6 7WK UP	197	135	该途径中的所有SZGR 2.0基因
VETTER TARGETS OF PRKCA AND ETS1 UP	16	8	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL TGFB1 TARGETS UP	169	127	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KLEIN TARGETS OF BCR ABL1 FUSION	45	34	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3 DN	855	609	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 COMMON DN	483	336	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM MYCL1 AMPLIFICATION TARGETS DN	20	12	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM5	94	59	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK	1652	1023	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA2 PCC NETWORK	423	265	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK	1442	892	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nuytten Nipp1靶向DN	848	527	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ropero HDAC2目标	114	71	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 48HR DN	428	306	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH CYCLING GENES	648	385	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shen Smarca2靶向DN	357	212	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH HEMATOPOIESIS STEM CELL QTL CIS	128	77	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ferrando Tal1邻居	21	15	该途径中的所有SZGR 2.0基因
tarte浆细胞与Plasmablast向上	398	262	该途径中的所有SZGR 2.0基因
OKUMURA INFLAMMATORY RESPONSE LPS	183	115	该途径中的所有SZGR 2.0基因
彭雷帕霉素的反应	203	130	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FAELT B CLL WITH VH REARRANGEMENTS UP	48	34	该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUMATA CSF3 SIGNALING VIA STAT3	22	17	该途径中的所有SZGR 2.0基因
NPM1的Verhaak AML突变	183	111	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染16小时DN	86	62	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 10HR DN	56	37	该途径中的所有SZGR 2.0基因
TRAYNOR RETT SYNDROM DN	19	14	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RAMASWAMY METASTASIS DN	61	47	该途径中的所有SZGR 2.0基因
王顺铂反应和XPC DN	228	146	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELASERNA MYOD TARGETS UP	89	51	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHU CMV 8 HR DN	53	40	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhu CMV 24小时DN	91	64	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GENTILE UV RESPONSE CLUSTER D2	41	30	该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦紫外线高剂量DN	312	203	该途径中的所有SZGR 2.0基因
汉·詹克（Han Jnk）唱歌	35	21	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhu CMV全部DN	128	93	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Jazaeri乳腺癌BRCA1 vs BRCA2 UP	49	28	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染12小时DN	101	64	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILD MYC ONCOGENIC SIGNATURE	206	117	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bild HRAS致癌特征	261	166	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DURCHDEWALD SKIN CARCINOGENESIS DN	264	168	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SARRIO EPITHELIAL MESENCHYMAL TRANSITION UP	180	114	该途径中的所有SZGR 2.0基因
克拉斯的iwanaga致癌作用	170	107	该途径中的所有SZGR 2.0基因
麦凯布（McCabe）由HOXC6绑定	469	239	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCCABE HOXC6 TARGETS CANCER UP	31	23	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER CANCER WITH H3K27ME3 DN	228	114	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mitsiades对aplidin的反应	439	257	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌腔	84	52	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL OPTIMAL DEBULKING	246	152	该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEST ADRENOCORTICAL TUMOR DN	546	362	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRESHOCK CANCER COPY NUMBER UP	323	240	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rutella对CSF2RB和IL4的响应	338	225	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF UP	418	282	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF VS CSF2RB AND IL4 DN	245	150	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hinata NFKB靶向角质形成细胞DN	23	15	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOFMANN MYELODYSPLASTIC SYNDROM LOW RISK UP	22	15	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MEISSNER BRAIN HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3	1069	729	该途径中的所有SZGR 2.0基因
VALK AML CLUSTER 15	31	19	该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAGI AML WITH INV 16 TRANSLOCATION	422	277	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染4小时DN	254	158	该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITFIELD CELL CYCLE G1 S	147	76	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS BOUND BY PML RARA FUSION	456	287	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kasler HDAC7靶向1个	194	133	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN	882	538	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Duan PRDM5目标	79	52	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ewsr1 fli1融合的骨靶标	271	165	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOINUMA TARGETS OF SMAD2 OR SMAD3	824	528	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PLASARI TGFB1 TARGETS 10HR UP	199	143	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIEG HYPOXIA NOT VIA KDM3A	770	480	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG CLASS 3 TRANSIENTLY INDUCED BY EGF	222	159	该途径中的所有SZGR 2.0基因

基因页：runx1