SZGR2 - Beplay体育中心

概括?

基因	864
象征	RUNX3
Synonyms	AML2\|CBFA3\|PEBP2aC
Description	runt related transcription factor 3
Reference	MIM：600210\|HGNC:HGNC:10473\|Ensembl:ENSG00000020633\|HPRD:02565\|Vega:OTTHUMG00000003316
Gene type	protein-coding
Map location	1p36
Pascal p-value	0.317
TADA p-value	0.012
Fetal beta	0.053
DMG	1 (# studies)

数据源中的基因

Gene set name	Method of gene set	Description	Info
CV:PGCnp	Genome-wide Association Study	GWAS
DMG:vanEijk_2014	Genome-wide DNA methylation analysis	This dataset includes 432 differentially methylated CpG sites corresponding to 391 unique transcripts between schizophrenia patients (n=260) and unaffected controls (n=250).	2
DNM:Gulsuner_2013	Whole Exome Sequencing analysis	155 DNMs identified by exome sequencing of quads or trios of schizophrenia individuals and their parents.

第一节遗传学和表观遗传学注释

DNM table

Gene	Chromosome	Position	Ref	Alt	Transcript	AA change	Mutation type	筛	CG46	Trait	Study
RUNX3	chr1	25233863	C	T	NM_001031680 NM_004350	p.211R>H p.197r> h	错过错过			精神分裂症	DNM:Gulsuner_2013

Differentially methylated gene

Probe	Chromosome	Position	Nearest gene	P (dis)	Beta (dis)	FDR (dis)	Study
cg06037693	1	25292072	RUNX3	7.24E-8	-8.177		DMG:vanEijk_2014
CG16529592	1	25292215	RUNX3	2E-6	-8.26		DMG:vanEijk_2014

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene	Pearson's Correlation	Spearman's Correlation
LRCH1	0.94	0.92
SSBP2	0.94	0.89
EIF4B	0.94	0.91
sema3a	0.93	0.91
USP3	0.93	0.88
SLAIN2	0.92	0.93
XRN2	0.92	0.95
PRRC1	0.92	0.93
KDM5B	0.92	0.95
C9orf97	0.92	0.93

Top 10 negatively co-expressed genes
Gene	Pearson's Correlation	Spearman's Correlation
LHPP	-0.66	-0.66
TNFSF12	-0.65	-0.71
C5orf53	-0.65	-0.81
FBXO2	-0.65	-0.70
HLA-F	-0.64	-0.83
SERPINB6	-0.64	-0.74
AIFM3	-0.64	-0.82
SLC16A11	-0.63	-0.70
ALDOC	-0.63	-0.74
PTH1R	-0.63	-0.76

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

互动者	Aliases B	Official full name B	Experimental	资源	PubMed ID
CBFB	PEBP2B	核心结合因子，β亚基	-	HPRD	7622058
CBFB	PEBP2B	核心结合因子，β亚基	Cbf-beta interacts with AML2. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between mouse Cbf-beta and human AML2.	BIND	9751710
EP300	kat3b \|P300	E1a结合蛋白p300	-	HPRD	15138260
HDAC1	DKFZp686H12203 \| GON-10 \| HD1 \| RPD3 \| RPD3L1	histone deacetylase 1	-	HPRD	15138260
HDAC2	RPD3 \|yaf1	histone deacetylase 2	-	HPRD	15138260
HDAC4	HA6116 \| HD4 \| HDAC-A \| HDACA \| KIAA0288	histone deacetylase 4	-	HPRD	15138260
HDAC5	FLJ90614 \| HD5 \| NY-CO-9	histone deacetylase 5	-	HPRD	15138260
PHB2	BAP \| BCAP37 \| Bap37 \| MGC117268 \| PNAS-141 \| REA \| p22	prohibitin 2	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
SMAD1	BSP1 \| JV4-1 \| JV41 \| MADH1 \| MADR1	SMAD family member 1	Affinity Capture-Western	BioGRID	10531362
SMAD2	JV18 \| JV18-1 \| MADH2 \| MADR2 \| MGC22139 \| MGC34440 \| hMAD-2 \| hSMAD2	SMAD family member 2	Affinity Capture-Western	BioGRID	10531362
SMAD3	DKFZp586N0721 \| DKFZp686J10186 \| HSPC193 \| HsT17436 \| JV15-2 \| MADH3 \| MGC60396	SMAD family member 3	-	HPRD	15138260
SMAD3	DKFZp586N0721 \| DKFZp686J10186 \| HSPC193 \| HsT17436 \| JV15-2 \| MADH3 \| MGC60396	SMAD family member 3	Affinity Capture-Western	BioGRID	10531362
SMAD5	DKFZP781C1895 \|DKFZP781O1323 \|DWFC \|JV5-1 \|madh5	SMAD family member 5	Affinity Capture-Western	BioGRID	10531362
SMURF1	KIAA1625	SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 1	-	HPRD	15138260
SMURF2	DKFZp686F0270 \| MGC138150	SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 2	-	HPRD	15138260
TLE1	ESG \| ESG1 \| GRG1	分裂1（E（SP1）同源物，果蝇）的透明蛋白样增强剂	AML2与TLE1相互作用。	BIND	9751710
TLE1	ESG \| ESG1 \| GRG1	分裂1（E（SP1）同源物，果蝇）的透明蛋白样增强剂	-	HPRD,BioGRID	9751710
YAP1	YAP \| YAP2 \| YAP65 \| YKI	Yes-associated protein 1, 65kDa	Reconstituted Complex	BioGRID	10228168

V.途径注释

Pathway name	Pathway size	# SZGR 2.0 genes in pathway	Info
PID SMAD2 3NUCLEAR PATHWAY	82	63	该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过CD40 UP的Hollmann凋亡	201	125	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARY CD5 TARGETS UP	473	314	该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS BASAL DN	455	304	该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSMAN BLADDER CANCER UP	404	246	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GINESTIER BREAST CANCER ZNF217 AMPLIFIED DN	335	193	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOEBEKE LYMPHOID STEM CELL UP	95	64	该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION HSC DN	187	115	该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHOW RASSF1 TARGETS DN	29	19	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAUSSMANN MLL AF4 FUSION TARGETS B UP	26	16	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LASTOWSKA NEUROBLASTOMA COPY NUMBER DN	800	473	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MUELLER METHYLATED IN GLIOBLASTOMA	40	22	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP63 TARGETS	355	243	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTIN INTERACT WITH HDAC	44	31	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lindgren膀胱癌簇2B	392	251	该途径中的所有SZGR 2.0基因
dirmeier LMP1响应迟到	57	41	该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMUNDSON RESPONSE TO ARSENITE	217	143	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI WILMS TUMOR VS FETAL KIDNEY 2 DN	51	42	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES CORE NINE CORRELATED	100	68	该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT EGF响应60 HELA	46	32	该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT EGF响应120 HELA	69	47	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TARGETS OF EWSR1 FLI1 FUSION	88	68	该途径中的所有SZGR 2.0基因
NPM1突变DN的Verhaak AML	246	180	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 20HR UP	240	152	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 16HR UP	225	139	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 48HR UP	180	125	该途径中的所有SZGR 2.0基因
维萨拉衰老淋巴细胞DN	19	10	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODWELL AGING KIDNEY UP	487	303	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILD E2F3 ONCOGENIC SIGNATURE	246	153	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPES METHYLATED IN COLON CANCER DN	28	26	该途径中的所有SZGR 2.0基因
WALLACE PROSTATE CANCER RACE UP	299	167	该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHENG IMPRINTED BY ESTRADIOL	110	68	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO METHYLATED IN LIVER CANCER DN	940	425	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOQUE METHYLATED IN CANCER	56	45	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER RELAPSE IN BONE DN	315	197	该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌萧述三腔的DN	564	326	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌正常	476	285	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL UP	648	398	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO CSF2RB AND IL4 UP	338	225	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF DN	235	144	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF VS CSF2RB AND IL4 DN	245	150	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FINAK BREAST CANCER SDPP SIGNATURE	26	11	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhan早期分化基因dn	42	29	该途径中的所有SZGR 2.0基因
VALK AML CLUSTER 9	35	26	该途径中的所有SZGR 2.0基因
JISON SICKLE CELL DISEASE DN	181	97	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONO AML1 TARGETS DN	41	25	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ono foxp3目标dn	42	23	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FONTAINE PAPILLARY THYROID CARCINOMA DN	80	53	该途径中的所有SZGR 2.0基因
由PML Rara Fusion绑定的Martens	456	287	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bruins通过TP53组D的UVC响应	280	158	该途径中的所有SZGR 2.0基因
TORCHIA TARGETS OF EWSR1 FLI1 FUSION DN	321	200	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALFANO MYC TARGETS	239	156	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOSCO TH1 CYTOTOXIC MODULE	114	62	该途径中的所有SZGR 2.0基因

Gene Page:RUNX3