基因页:STX16
Summary?
GeneID | 8675 |
象征 | STX16 |
同义词 | SYN16 |
描述 | 语法16 |
参考 | MIM:603666|HGNC:HGNC:11431|ENSEMBL:ENSG00000124222|HPRD:04718|Vega:Otthumg00000033084 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 20q13.32 |
Pascal P值 | 7.855e-4 |
Sherlock P值 | 0.513 |
主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
支持 | 细胞内贩运 |
Gene in Data Sources
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | Hits with neuro-related keywords: 1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS762126 | CHR8 | 37472686 | STX16 | 8675 | 0.15 | 反式 | ||
RS713190 | CHR8 | 37473069 | STX16 | 8675 | 0.17 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/STX16_DE_GTEx.png)
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005484 | SNAP受体活性 | 艾达 | 15215310 | |
去:0005484 | SNAP受体活性 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006886 | 细胞内蛋白转运 | IEA | - | |
去:0006891 | 高尔基体囊泡介导的转运 | 塔斯 | 9464276 | |
GO:0016192 | vesicle-mediated transport | IEA | - | |
GO:0042147 | 逆行运输,内体向高尔基 | 艾达 | 15215310 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0031201 | 军鼓复合物 | 塔斯 | 神经元,突触(GO期限:6) | 15215310 |
去:0000139 | 高尔基膜 | IEA | - | |
去:0005792 | 微型体 | 塔斯 | 9587053 | |
去:0005794 | 高尔基体 | 塔斯 | 9587053 | |
去:0005737 | 细胞质 | 塔斯 | 9587053 | |
GO:0016020 | 膜 | IEA | - | |
GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - |
V.途径注释
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-122 | 1017 | 1023 | 1a | HSA-MIR-122A | uggagugugacaaugguuuugu |
miR-128 | 938 | 944 | 1a | hsa-miR-128a | ucacagugaaccggucuuuu |
hsa-miR-128b | ucacagugaaccggucuuc | ||||
mir-132/212 | 3157 | 3163 | 1a | HSA-MIR-212SZ | uaacagucuccagucacgccc |
HSA-MIR-132脑 | uaacagucuacccaugggg | ||||
HSA-MIR-212SZ | uaacagucuccagucacgccc | ||||
HSA-MIR-132脑 | uaacagucuacccaugggg | ||||
miR-137 | 3096 | 3102 | M8 | HSA-MIR-137 | uauugcuuaagaauacgcguag |
HSA-MIR-137 | uauugcuuaagaauacgcguag | ||||
mir-145 | 3163 | 3169 | 1a | HSA-MIR-145 | guccaguuucccaggaaucccuu |
mir-193 | 644 | 650 | M8 | HSA-MIR-193A | Aacuggccuacaaagucccag |
HSA-MIR-193B | aacuggcccucaaagucccgcuuu | ||||
mir-194 | 3158 | 3164 | M8 | HSA-MIR-194 | uguaacagcaacuccauga |
MiR-200BC/429 | 3222 | 3228 | 1a | HSA-MIR-200B | uaauacugccugguaaugaugac |
HSA-MIR-200C | uaauacugccggguaaugaugg | ||||
HSA-MIR-429 | uaauacuguguguguguguaaaaaccgu | ||||
mir-203.1 | 1022 | 1028 | 1a | HSA-MIR-203 | ugaaauguuuaggaccacuag |
mir-27 | 938 | 945 | 1A,M8 | HSA-MIR-27A脑 | uucacaguggcuaaguuccgc |
HSA-MIR-27B脑 | uucacaguggcuaaguucugc | ||||
mir-299-5p | 729 | 736 | 1A,M8 | HSA-MIR-299-5P | ugguuuaccgucccacauacau |
miR-377 | 595 | 601 | 1a | HSA-MIR-377 | aucacacaaaggaacuuuuugu |
mir-493-5p | 3176 | 3182 | 1a | HSA-MIR-493-5p | uuguacaugguaggcuuucauu |