Gene Page:TNFSF10
Summary？
| 基因 | 8743 |
| 象征 | TNFSF10 |
| Synonyms | apo2l | apo-2l | CD253 | TL2 | TNLG6A | TRAIL |
| Description | tumor necrosis factor superfamily member 10 |
| Reference | MIM:603598|HGNC:HGNC:11925|ENSEMBL：ENSG00000121858|HPRD：04670|Vega:OTTHUMG00000156917 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 3Q26 |
| Pascal p-value | 0.454 |
| DMG | 1(# studies) |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
| DMG：Vaneijk_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 | 1 |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias | 点击显示详细信息 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
Differentially methylated gene
Differentially methylated gene| Probe | 染色体 | 位置 | Nearest gene | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg16555388 | 3 | 172241216 | TNFSF10 | 0.016 | -5.456 | DMG：Vaneijk_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域s; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| SAT1 | 0.51 | 0.44 |
| LGALS3 | 0.48 | 0.40 |
| Rab34 | 0.48 | 0.47 |
| SCRG1 | 0.48 | 0.40 |
| 降低1 | 0.46 | 0.44 |
| MT1F | 0.45 | 0.31 |
| MT1G | 0.45 | 0.33 |
| PON3 | 0.44 | 0.44 |
| RTP4 | 0.44 | 0.38 |
| IL17RB | 0.44 | 0.40 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| CLCN4 | -0.42 | -0.43 |
| FBXO45 | -0.42 | -0.42 |
| YWHAG | -0.42 | -0.43 |
| trappc9 | -0.42 | -0.41 |
| hecw1 | -0.40 | -0.42 |
| GDI1 | -0.40 | -0.44 |
| DIRAS1 | -0.40 | -0.41 |
| UBQLN2 | -0.40 | -0.39 |
| CNNM2 | -0.40 | -0.39 |
| Ado | -0.40 | -0.40 |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| ACP5 | MGC117378 | TRAP | 酸性磷酸酶5，防sttrate抗性 | Two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| C7orf64 | DKFZP564O0523 |DKFZP686D1651 |HSPC304 | 染色体7开放阅读框64 | Two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| 克雷布 | CBP | KAT3A | RSTS | CREB结合蛋白 | CBP与TNFSF10启动子相互作用。 | 绑定 | 15619633 |
| HDAC1 | DKFZP686H12203 |gon-10 |HD1 |RPD3 |RPD3L1 | histone deacetylase 1 | HDAC1interacts with the TNFSF10 promoter. | 绑定 | 15619633 |
| HDAC2 | RPD3 |yaf1 | histone deacetylase 2 | HDAC2interacts with the TNFSF10 promoter. | 绑定 | 15619633 |
| HDAC3 | HD3 |RPD3 |RPD3-2 | histone deacetylase 3 | HDAC3与TNFSF10启动子相互作用。 | 绑定 | 15619633 |
| HDAC4 | HA6116 |HD4 |HDAC-A |hdaca |KIAA0288 | histone deacetylase 4 | HDAC4与TNFSF10启动子相互作用。 | 绑定 | 15619633 |
| HDAC5 | FLJ90614 |HD5 |NY-CO-9 | histone deacetylase 5 | HDAC5的未指定的同工型与TNFSF10启动子相互作用。 | 绑定 | 15619633 |
| HIST3H3 | H3.4 | H3/g | H3FT | H3t | MGC126886 | MGC126888 | 组蛋白簇3，H3 | 乙酰化H3与TNFSF10启动子相互作用。 | 绑定 | 15619633 |
| IER3 | DIF-2 | DIF2 | GLY96 | IEX-1 | IEX-1L | IEX1 | PRG1 | 立即提早回应3 | IEX-1的未指定同工型与TNFSF10相互作用。 | 绑定 | 15451437 |
| SP1 | - | SP1转录因子 | SP1与TNFSF10启动子相互作用。 | 绑定 | 15619633 |
| SP3 | DKFZp686O1631 | SPR-2 | Sp3 transcription factor | SP3与TNFSF10启动子相互作用。 | 绑定 | 15619633 |
| TNFRSF10A | apo2 |CD261 |DR4 |MGC9365 |TRAILR-1 |TRAILR1 | tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10a | - | HPRD,BioGRID | 9082980|10549288 |
| TNFRSF10B | CD262 |DR5 |杀手|杀手/DR5 |trail-r2 |TRAILR2 |技巧2 |Trick2a |trick2b |技巧| ZTNFR9 | tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10b | TNFSF10（TRAIL）与TNFRSF10B（DR5）相互作用。 | 绑定 | 15688023 |
| TNFRSF10B | CD262 |DR5 |杀手|杀手/DR5 |trail-r2 |TRAILR2 |技巧2 |Trick2a |trick2b |技巧| ZTNFR9 | tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10b | - | HPRD | 9311998|10549288 |15110168 |
| TNFRSF10B | CD262 |DR5 |杀手|杀手/DR5 |trail-r2 |TRAILR2 |技巧2 |Trick2a |trick2b |技巧| ZTNFR9 | tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10b | Affinity Capture-MS 共晶结构 重构的复合物 |
Biogrid | 9311998|10549288 |11094155 |
| TNFRSF10C | CD263 | DCR1 | LIT | MGC149501 | MGC149502 | TRAILR3 | TRID | 肿瘤坏死因子受体超家族，成员10c，无细胞内结构域的诱饵 | - | HPRD | 9314565|9613612 |
| TNFRSF10D | CD264 | DCR2 | TRAILR4 | TRUNDD | 肿瘤坏死因子受体超家族，成员10d，诱饵具有截短的死亡结构域 | - | HPRD,BioGRID | 9430226 |
| tnfrsf11b | MGC29565 | OCIF | OPG | TR1 | tumor necrosis factor receptor superfamily, member 11b | - | HPRD,BioGRID | 9520411|12221720 |
| TNFSF10 | apo2l |apo-2l |CD253 |TL2 |踪迹 | 肿瘤坏死因子（配体）超家族，成员10 | - | HPRD,BioGRID | 10651627 |