Gene Page:CD164

概括?
GeneID 8763
Symbol CD164
同义词 DFNA66 | MGC-24 | MUC-24 | Endolyn
描述 CD164 molecule
参考 MIM：603356|HGNC:HGNC:1632|Ensembl:ENSG00000135535|HPRD:04523|Vega：Otthumg0000000015339
Gene type protein-coding
Map location 6q21
Pascal p-value 0.281
Sherlock P值 0.687
Fetal beta -0.805
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 Method of gene set 描述 Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 3

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg14703058 6 109703831 CD164 4.64E-13 -0.01 1.43E-7 DMG:Jaffe_2016
cg00615550 6 109703901 CD164 5.49E-9 -0.021 3.02E-6 DMG:Jaffe_2016
cg00041901 6 109703809 CD164 7.53E-8 -0.008 1.79E-5 DMG:Jaffe_2016

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs17107208 chr1 52884681 CD164 8763 0.07 trans
RS17139868 chr7 117079228 CD164 8763 0.13 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
COL6A3 0.65 0.55
ISLR 0.63 0.59
ITIH2 0.62 0.45
IGF2 0.60 0.49
TBX18 0.59 0.51
COL3A1 0.59 0.23
CYP1B1 0.59 0.59
OSR1 0.59 0.50
XPNPEP2 0.58 0.31
COL1A1 0.57 0.35
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.21 -0.23 -0.19
AL139819.3 -0.21 -0.21
MT-CO2 -0.21 -0.16
RP9P -0.21 -0.38
AF347015.31 -0.21 -0.15
AF347015.8 -0.20 -0.15
ZBTB8OS -0.20 -0.22
MT-CYB -0.20 -0.14
UQCRB -0.20 -0.20
MT-ATP8 -0.20 -0.13

Section III. Gene Ontology annotation

Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007162 negative regulation of cell adhesion NAS 10878358
GO:0007155 细胞粘附 IDA 10491205
GO:0007157 heterophilic cell adhesion IDA 10491205
GO:0007165 signal transduction 塔斯 9763543
去：0008285 negative regulation of cell proliferation NAS 10878358
去：0008285 negative regulation of cell proliferation 塔斯 9763543
GO:0006955 immune response 塔斯 9763543
GO:0007275 多细胞生物发育 塔斯 9680353
去：0030097 hemopoiesis NAS 11027692
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005576 extracellular region IEA -
GO:0005634 核 IDA 18029348
GO:0005737 细胞质 IDA 18029348
GO:0005768 endosome NAS 11027692
GO:0005886 plasma membrane IDA 10491205
GO:0005887 质膜的积分 NAS 11027692
GO:0005887 质膜的积分 塔斯 9763543

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG LYSOSOME 121 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAMUNYOKOLI OVARIAN CANCER GRADES 1 2 UP 137 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schlosser血清反应DN 712 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM MYCN AMPLIFICATION TARGETS DN 103 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TSAI对电离辐射的响应 149 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SPIELMAN LYMPHOBLAST EUROPEAN VS ASIAN DN 584 395 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS 775 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGES TARGETS OF MIR192 AND MIR215 893 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DER IFN ALPHA RESPONSE UP 74 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
der ifn beta响应 102 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROSS AML OF FAB M7 TYPE 68 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CROMER METASTASIS UP 79 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAGI AML FAB MARKERS 191 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
布莱洛克ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Takao对UVB辐射DN的响应 98 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG HYPOXIA NORMAL 311 205 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性3 720 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KONDO EZH2 TARGETS 245 148 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE UP 578 341 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SARRIO EPITHELIAL MESENCHYMAL TRANSITION UP 180 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌ERBB2 UP 147 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL SUBOPTIMAL DEBULKING 510 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TGFB1和WNT3A DN的LABBE目标 108 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEST ADRENOCORTICAL TUMOR UP 294 199 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Liver Cancer生存DN 175 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SPIRA SMOKERS LUNG CANCER UP 38 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHAUHAN RESPONSE TO METHOXYESTRADIOL DN 102 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Aguirre胰腺癌拷贝编号DN 238 145 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAN SATB1 TARGETS DN 442 275 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO HOUSEKEEPING GENES 389 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课 605 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS BOUND BY PML RARA FUSION 456 287 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP A 898 516 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG BOUND 8D 658 397 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEDRIOLI MIR31 TARGETS DN 418 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
let-7/98 1707 1713 1A HSA-LET-7A脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
HSA-LET-7B脑 UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU
HSA-LET-7C脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU
HSA-LET-7D脑 agagguaguagguugcauagu
HSA-LET-7E脑 UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU
HSA-LET-7F脑 UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU
hsa-miR-98脑 UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU
HSA-LET-7GSZ UGAGGUAGUAGUUUGUACAGU
HSA-LET-7I脑 UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU
miR-124.1 652 658 m8 hsa-miR-124a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
hsa-miR-124a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
miR-124/506 651 658 1A,m8 hsa-miR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
hsa-miR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-132/212 783 789 1A HSA-MIR-212SZ uaacagucuccagucacgccc
hsa-miR-132脑 uaacagucuacccaugggg
mir-15/16/195/424/497 241 247 m8 hsa-miR-15a脑 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
hsa-miR-15b脑 UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA
hsa-miR-195SZ UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
HSA-MIR-424 CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA
hsa-miR-497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
miR-19 1619 1625年 1A hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
hsa-miR-19b ugugcaaauccaugcaaaacuga
miR-219 1110 1117 1A,m8 HSA-MIR-219脑 ugauuguccaaacgcaauucu
miR-24 2091 2097 1A HSA-MIR-24SZ UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG
miR-299-3p 79 85 m8 HSA-MIR-299-3P UAUGUGGGAUGGUAAACCGCUU
miR-324-5p 120 126 1A HSA-MIR-324-5p CGCAUCCCCUAGGGCAUUGGUGU
mir-362 573 579 1A hsa-miR-362 AAUCCUUGGAACCUAGGUGUGAGU
miR-421 1022 1028 1A HSA-MIR-421 GGCCUCAUUAAAUGUUUGUUG
mir-495 1608 1614 m8 hsa-miR-495脑 AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU
miR-96 390 397 1A,m8 hsa-miR-96脑 UUUGGCACUAGCACAUUUUUGC