基因页：Rab11a

概括?
GeneID 8766
Symbol Rab11a
同义词 YL8
描述 Rab11a, member RAS oncogene family
参考 MIM：605570|HGNC:HGNC:9760|Ensembl：ENSG00000103769|HPRD:05715|Vega：Otthumg00000133162
Gene type protein-coding
地图位置 15Q22.31
Pascal P值 0.442
Sherlock P值 0.005
Fetal beta 0.472
DMG 1（＃研究）

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 1
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 1
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献：0.8396

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
CG23900535 15 66161693 Rab11a 2.14E-8 -0.008 7.26E-6 DMG:Jaffe_2016


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

无法使用

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0019905 syntaxin binding NAS Synap (GO term level: 5) 12145319
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
去：0003924 GTPase活性 NAS 11163216
GO:0005524 ATP结合 IEA -
GO:0005525 GTP结合 IEA -
GO:0005215 transporter activity NAS 11163216
去：0008134 transcription factor binding IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006355 regulation of transcription, DNA-dependent IEA -
GO:0007264 small GTPase mediated signal transduction IEA -
GO:0015031 protein transport IEA -
GO:0048227 质膜to endosome transport NAS 11163216
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO：0055038 recycling endosome membrane IEA -
去：0005802 trans-Golgi network IDA 15229288
GO:0005622 intracellular IEA -
GO:0005768 endosome IEA -
GO:0005886 质膜 IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
GDI2 FLJ16452 |FLJ37352 |拉布迪布 GDP dissociation inhibitor 2 - HPRD，Biogrid 10512627
MYO5B KIAA1119 myosin VB - HPRD，Biogrid 11408590|11495908
RAB11FIP1 DKFZP686E2214 |FLJ22524 |FLJ22622 |MGC78448 |noel1a |RCP |RAB11-FIP1 Rab11家族相互作用蛋白1（I类） 亲和力捕获ms
in vitro
体内
Reconstituted Complex
两个杂交		 BioGRID 11495908|11786538
|17353931
RAB11FIP2 KIAA0941 | Rab11-FIP2 | nRip11 Rab11家族相互作用蛋白2（I类） - HPRD 15304524
RAB11FIP2 KIAA0941 | Rab11-FIP2 | nRip11 Rab11家族相互作用蛋白2（I类） - HPRD，Biogrid 11495908|11994279
RAB11FIP3 KIAA0665 | Rab11-FIP3 RAB11 family interacting protein 3 (class II) in vitro
两个杂交		 BioGRID 11495908
RAB11FIP3 KIAA0665 | Rab11-FIP3 RAB11 family interacting protein 3 (class II) - HPRD 11481332
RAB11FIP4 FLJ00131 | KIAA1821 | MGC11316 | MGC126566 | RAB11-FIP4 RAB11 family interacting protein 4 (class II) - HPRD，Biogrid 12470645
RAB11FIP5 DKFZp434H018 | GAF1 | KIAA0857 | RIP11 | pp75 Rab11家族相互作用蛋白5（I类） Rab11 interacts with the carboxy terminus, including the coiled-coil region, of Gaf-1. BIND 12554740
RAB11FIP5 DKFZp434H018 | GAF1 | KIAA0857 | RIP11 | pp75 Rab11家族相互作用蛋白5（I类） Affinity Capture-Western
in vitro
体内
Reconstituted Complex
两个杂交		 BioGRID 11163216|11495908
RAB3IL1 GRAB Rab3a相互作用蛋白（Rabin3） - 类似1 两个杂交 BioGRID 16189514
第13节 D3S1231E |sec13l1 |sec13r |NPP-20 Sec13同源物（S. cerevisiae） 两个杂交 BioGRID 10747849
STX4 STX4A | p35-2 语法4 - HPRD 12435603
WDR44 DKFZP686L20145 |MGC26781 |Rab11bp |RPH11 WD repeat domain 44 - HPRD，Biogrid 10077598|10464283


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG ENDOCYTOSIS 183 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG VASOPRESSIN REGULATED WATER REABSORPTION 44 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA RAB PATHWAY 12 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NOTCH PATHWAY 59 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID TXA2 Pathway 57 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID ARF6下游途径 15 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IL8 CXCR2途径 34 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSMEMBRANE TRANSPORT OF SMALL MOLECULES 413 270 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome Aquaporin介导的运输 51 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME REGULATION OF WATER BALANCE BY RENAL AQUAPORINS 44 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA TUMOR ZONE PERIPHERAL VS CENTRAL DN 634 384 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARGALOVIC RESPONSE TO OXIDIZED PHOSPHOLIPIDS RED DN 25 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN NPM1 MUTATED SIGNATURE 1 DN 126 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 2 DN 281 186 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mullighan NPM1签名3 DN 162 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
chiaradonna肿瘤转化cdc25 120 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA DN 394 258 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OUELLET CULTURED OVARIAN CANCER INVASIVE VS LMP UP 69 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Seiden满足信号 19 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TOMLINS PROSTATE CANCER UP 40 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer前列腺开发48小时 487 286 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS 775 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER PBL KIDNEY TRANSPLANT OK VS DONOR DN 41 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMITH TERT TARGETS DN 87 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT OK VS DONOR UP 555 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE DN 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG VHL TARGETS 138 91 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Takao对UVB辐射DN的响应 98 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GENTILE UV RESPONSE CLUSTER D7 40 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦紫外线高剂量DN 312 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOSEPH RESPONSE TO SODIUM BUTYRATE UP 31 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性5 482 296 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MITSIADES RESPONSE TO APLIDIN DN 249 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL OPTIMAL DEBULKING 246 152 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Goldrath抗原反应 346 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI PSEUDOPODIA HAPTOTAXIS UP 518 299 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kyng Werner综合征和正常衰老 93 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM ALL DISORDERS CALB1 CORR UP 548 370 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TORCHIA TARGETS OF EWSR1 FLI1 FUSION UP 271 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-124.1 517 524 1A,m8 hsa-miR-124a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
mir-124/506 517 523 1A HSA-MIR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-141/200a 863 869 1A hsa-miR-141 UAACACUGUCUGGUAAAGAUGG
HSA-MIR-200A uaacacugucuguguguguaaacgaugu
mir-142-3p 1167 1173 1A hsa-miR-142-3p uguaguuuccuacuuuaugga
mir-142-5p 146 152 1A hsa-miR-142-5p CAUAAAGUAGAAAGCACUAC
mir-181 226 232 m8 hsa-miR-181a脑 aacauucaacgcugucggugagu
hsa-miR-181bSZ AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGG
hsa-miR-181c脑 aacauucaaccugucggugagu
hsa-miR-181d脑 AACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUU
mir-21 363 370 1A,m8 HSA-MIR-21脑 uagcuuaucagacugauguuga
HSA-MIR-590 GAGCUUAUUCAUAAAAGUGCAG
mir-216 51 57 m8 HSA-MIR-216 UAAUCUCAGCUGGCAACUGUG
mir-26 308 314 1A hsa-miR-26a脑 Uucaaguaauccaggauaggc
hsa-miR-26bSZ uucaaguaauucaggauagguu
miR-30-5p 250 256 m8 hsa-miR-30a-5p UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG
HSA-MIR-30C脑 uguaaacauccuacucucucucucagc
HSA-MIR-30DSZ uguaaacauccccgacuggaag
HSA-MIR-30BSZ UGUAAACAUCCUACACUCAGCU
HSA-MIR-30E-5P uguaaacauccuugacugga
mir-542-3p 273 279 m8 HSA-MIR-542-3P ugugacauugauaacugaaa
miR-543 227 233 m8 HSA-MIR-543 AAACAUUCGCGGUGCACUUCU
mir-93.hd/291-3p/294/295/302/372/373/520 1258 1265 1A,m8 hsa-miR-93脑 AAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG
HSA-MIR-302A UAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUGA
HSA-MIR-302B uaagugcuuccauguuuaguag
HSA-MIR-302C UAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGG
HSA-MIR-302D UAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUGU
hsa-miR-372 aaagugcugcgacauuugagcgu
hsa-miR-373 GAAGUGCUUCGAUUUUGGGGUGU
hsa-miR-520e AAAGUGCUUCCUUUUUGAGGG
HSA-MIR-520A aaagugcuucccuuguggugu
HSA-MIR-520B AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGG
HSA-MIR-520C AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGGUU
HSA-MIR-520D AAAGUGCUUCUCUUUGGUGGGUU