基因页：NRP2

概括?
基因ID 8828
Symbol NRP2
同义词 NP2|NPN2|PRO2714|VEGF165R2
描述 neuropilin 2
参考 MIM：602070|HGNC:HGNC:8005|Ensembl:ENSG00000118257|HPRD:03643|Vega:OTTHUMG00000132893
基因type protein-coding
地图位置 2q33.3
Pascal P值 0.77
Fetal beta 1.194
DMG 1（＃研究）
支持 Ascano FMRP targets

数据源中的基因
基因集name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 1
GSMA_IIE 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） Psr: 0.01016
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析（所有样品） Psr: 0.00916
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 2

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg18371506 2 206547237 NRP2 3.65e-9 -0.03 2.34E-6 DMG:Jaffe_2016


Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
UBA1 0.95 0.95
USP19 0.94 0.95
DHX30 0.94 0.94
ZFYVE1 0.94 0.94
XPO6 0.93 0.94
TNPO2 0.93 0.95
eftud2 0.93 0.95
AMBRA1 0.93 0.95
RIC8A 0.93 0.95
FAM40A 0.93 0.96
前10个负共表达基因
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.31 -0.82 -0.87
MT-CO2 -0.81 -0.87
AF347015.27 -0.81 -0.87
AF347015.8 -0.80 -0.87
AF347015.21 -0.79 -0.92
AF347015.33 -0.79 -0.84
MT-CYB -0.78 -0.84
AF347015.15 -0.76 -0.83
AF347015.2 -0.75 -0.83
FXYD1 -0.75 -0.81

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005021 血管内皮生长因子受体活性 NAS 11112349
GO:0005021 血管内皮生长因子受体活性 塔斯 9331348
去：0004872 receptor activity 塔斯 9288754
GO:0017154 semaphorin receptor activity IEA -
GO:0017154 semaphorin receptor activity NAS 11112349
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007411 axon guidance 塔斯 Axon（GO期限：13） 9288754
去：0007399 神经系统的发展 IEA neurite (GO term level: 5) -
GO:0001755 neural crest cell migration IEA -
去：0001525 angiogenesis NAS 11112349
去：0007155 细胞粘附 IEA -
去：0007155 细胞粘附 NAS 11112349
GO:0007507 heart development IEA -
GO:0007275 多细胞生物发育 IEA -
去：0030154 cell differentiation IEA -
去：0050919 negative chemotaxis IEA -
GO：0045454 cell redox homeostasis IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005624 膜fraction 塔斯 9288754
GO:0016020 膜 IEA -
GO:0016021 integral to membrane IEA -
GO:0016021 integral to membrane NAS 11112349
GO:0005886 质膜 EXP 11278319

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PID VEGF VEGFR途径 10 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID VEGFR1 PATHWAY 26 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome发育生物学 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME VEGF LIGAND RECEPTOR INTERACTIONS 10 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AXON GUIDANCE 251 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME L1CAM INTERACTIONS 86 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA TUMOR ZONE PERIPHERAL VS CENTRAL DN 634 384 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Onken紫菜叶黑色素瘤DN 526 357 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX FOXO1融合的Davicioni目标 255 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 16D DN 143 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE NEURAL CREST STEM CELL UP 146 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELYS THYROID CANCER UP 443 294 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 1 DN 378 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HUMMERICH SKIN CANCER PROGRESSION DN 100 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lindgren膀胱癌簇2B 392 251 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER HIGH RECURRENCE 49 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM MYC AMPLIFICATION TARGETS UP 201 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 48HR DN 428 306 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Taci的Moreaux多发性骨髓瘤 412 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NIELSEN LIPOSARCOMA DN 19 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HENDRICKS SMARCA4 TARGETS DN 53 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 UP 428 266 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU GH1 AUTOCRINE TARGETS UP 268 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kyng DNA受伽马辐射损伤 81 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG DNA DAMAGE BY GAMMA AND UV RADIATION 88 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG DNA DAMAGE DN 195 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG DNA DAMAGE UP 226 164 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIGGI EWING SARCOMA PROGENITOR DN 191 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TGFB1和WNT3A DN的LABBE目标 108 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUECKNER TARGETS OF MIRLET7A3 DN 78 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lin肿瘤从免疫攻击中逃脱 18 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VART KSHV INFECTION ANGIOGENIC MARKERS UP 165 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VART KSHV INFECTION ANGIOGENIC MARKERS DN 138 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
陈代谢综合征网络 1210 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI PSEUDOPODIA CHEMOTAXIS DN 457 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
米利假足型haptotaxis dn 668 419 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nakayama软组织肿瘤PCA2 UP 87 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FIGUEROA AML METHYLATION CLUSTER 2 UP 54 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FIGUEROA AML METHYLATION CLUSTER 3 UP 170 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FIGUEROA AML METHYLATION CLUSTER 4 UP 112 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FIGUEROA AML METHYLATION CLUSTER 5 UP 12 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
figueroa aml甲基化簇6 140 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
figueroa aml甲基化簇7 118 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS UP 504 321 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS UP 682 433 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SPI1和FLI1的Juban目标 115 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIEG HYPOXIA VIA KDM3A 53 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE NOT VIA P38 337 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIM MAMMARY STEM CELL UP 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-1/206 31 37 1A hsa-miR-1 Uggaauguaaagaaguaugua
HSA-MIR-206SZ UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG
hsa-miR-613 AGGAAUGUUCCUUCUUUGCC
mir-10 2774 2780 m8 HSA-MIR-10A uacccuguagauccgaauuugug
HSA-MIR-10B UACCCUGUAGAACCGAAUUUGU
mir-124/506 1429 1435 m8 HSA-MIR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-128 2967 2973 1A HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
miR-141/200a 1921 1927 m8 hsa-miR-141 UAACACUGUCUGGUAAAGAUGG
HSA-MIR-200A UAACACUGUCUGGUAACGAUGU
mir-146 1995 2001 m8 hsa-miR-146a UGAGAACUGAAUUCCAUGGGUU
hsa-miR-146b脑 UGAGAACUGAAUUCCAUAGGCU
mir-15/16/195/424/497 1798年 1804 m8 hsa-miR-15a脑 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
hsa-miR-15b脑 uagcagcacaucaugguuaca
hsa-miR-195SZ UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
HSA-MIR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
hsa-miR-497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
mir-183 87 93 1A hsa-miR-183 uauggcacugguagaauucacug
MiR-200BC/429 2695 2701 m8 HSA-MIR-200B UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAC
HSA-MIR-200C uaauacugccggguaaugaugg
HSA-MIR-429 uaauacuguguguguguguaaaaaccgu
mir-27 2967 2973 m8 hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC
miR-328 2768 2774 m8 HSA-MIR-328脑 CUGGCCCUCUCUGCCCUUCCGU
miR-331 645 652 1A,m8 HSA-MIR-331脑 gccccugggccuauccuagaa
mir-381 3023 3029 1A hsa - mir - 381 UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU
mir-496 2981 2987 1A hsa-miR-496 AUUACAUGGCCAAUCUC
miR-504 666 672 1A HSA-MIR-504 AGACCCUGGUCUGCACUCUAU
miR-543 1880年 1886年 1A HSA-MIR-543 AAACAUUCGCGGUGCACUUCU