基因页:CCKAR
概括?
基因 | 886 |
象征 | CCKAR |
同义词 | cck-a | cck1-r | cck1r | cckra |
描述 | 胆囊动蛋白A受体 |
参考 | MIM:118444|HGNC:HGNC:1570|ENSEMBL:ENSG00000163394|HPRD:00322|Vega:Otthumg00000128567 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 4P15.2 |
Pascal P值 | 0.069 |
胎儿β | -0.105 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 伏隔核基底神经节 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:Gwascat | 全基因组关联研究 | 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。 | |
CV:GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 2 |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
协会 | 组合的优势比方法(Sun等。2008),协会研究 | 2 | 链接到Szgene |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中:3 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG18636319 | 4 | 26492206 | CCKAR | 3.723E-4 | -0.444 | 0.043 | DMG:Wockner_2014 |
CG08845028 | 4 | 26491963 | CCKAR | 5.114E-4 | -0.433 | 0.047 | DMG:Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/CCKAR_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
PRC1 | 0.96 | 0.75 |
Zwint | 0.96 | 0.78 |
奥卡 | 0.95 | 0.69 |
NUSAP1 | 0.95 | 0.59 |
kif4a | 0.95 | 0.62 |
bub1 | 0.95 | 0.59 |
CCNB2 | 0.95 | 0.53 |
Birc5 | 0.94 | 0.55 |
RAD51 | 0.94 | 0.63 |
kif2c | 0.94 | 0.57 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
AF347015.27 | -0.44 | -0.61 |
AF347015.8 | -0.44 | -0.63 |
AF347015.15 | -0.44 | -0.63 |
mt-cyb | -0.44 | -0.61 |
AF347015.31 | -0.44 | -0.59 |
AF347015.33 | -0.44 | -0.60 |
MT-CO2 | -0.43 | -0.59 |
AF347015.2 | -0.43 | -0.62 |
AF347015.26 | -0.42 | -0.62 |
AF347015.9 | -0.40 | -0.55 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0004872 | 受体活性 | IEA | - | |
去:0004951 | 胆囊动蛋白受体活性 | 塔斯 | 8343165 | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007409 | 轴突发生 | IEA | 神经元,轴突,神经突(GO期限:12) | - |
去:0001764 | 神经元迁移 | IEA | 神经元(GO期限:8) | - |
去:0030900 | 前脑发展 | IEA | 大脑(GO期限:8) | - |
去:0007200 | G蛋白信号传导,耦合到IP3第二信使(磷脂酶C激活) | 塔斯 | 8343165 | |
去:0007204 | 胞质钙离子浓度的升高 | 塔斯 | 8503909 | |
去:0007165 | 信号转导 | IEA | - | |
去:0007631 | 喂养行为 | 塔斯 | 8503909 | |
去:0007586 | 消化 | 塔斯 | 8503909 | |
去:0007584 | 对养分的反应 | 塔斯 | 8503909 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005886 | 质膜 | 塔斯 | 8343165 | |
去:0005887 | 质膜的积分 | 塔斯 | 8343165 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
kegg钙信号通路 | 178 | 134 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
KEGG神经活性配体受体相互作用 | 272 | 195 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome胃胃CREB信号传导途径通过PKC和MAPK | 205 | 136 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
GPCR的反应组信号传导 | 920 | 449 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
反应组肽配体结合受体 | 188 | 108 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome A1级Rhodopsin喜欢受体 | 305 | 177 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome G alpha Q信号事件 | 184 | 116 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome GPCR下游信号传导 | 805 | 368 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome GPCR配体结合 | 408 | 246 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Odonnell转移DN | 24 | 13 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schaeffer前列腺开发48小时DN | 428 | 306 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Shen Smarca2靶向DN | 357 | 212 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
在胰腺癌中被甲基化沉默的Sato 1 | 419 | 273 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
大脑中的Smid乳腺癌复发 | 39 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yoshimura mapk8靶向 | 1305 | 895 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
甜肺癌Kras DN | 435 | 289 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yagi AML带有Inv 16易位 | 422 | 277 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
FEVR CTNNB1靶向 | 682 | 433 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
由SALL4同工型绑定的RAO A | 182 | 108 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang仅通过第二EGF脉冲瞬时向上 | 1725年 | 838 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |