基因页面:SQSTM1
总结吗?
| GeneID | 8878年 |
| 象征 | SQSTM1 |
| 同义词 | A170 | FTDALS3 | OSIL | PDB3 | zip2 | p60 | p62 | p62B |
| 描述 | sequestosome 1 |
| 参考 | MIM: 601530|HGNC: HGNC: 11280|运用:ENSG00000161011|HPRD: 03319|织女:OTTHUMG00000150643 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 5 q35 |
| 帕斯卡假定值 | 0.086 |
| 夏洛克假定值 | 0.928 |
| 胎儿β | -1.559 |
| DMG | 1(#研究) |
| eGene | 迈尔斯的顺式和反式 元 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| DMG: Jaffe_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 这个数据集包括2104探针/论文认定与深圳病人(n = 108)比136年控制在Bonferroni-adjusted P < 0.05。 | 1 |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | Psr: 0.0276 | |
| 网络 | 最短路径距离核心基因在人类蛋白质相互作用网络 | 贡献在PPI网络最短路径:0.0685 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
不同甲基化基因
不同甲基化基因| 探针 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | P (dis) | β(dis) | 罗斯福(dis) | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg24421668 | 5 | 179244452 | SQSTM1 | 1.72 e-8 | -0.023 | 6.24 e-6 | DMG: Jaffe_2016 |
eQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs2450484 | chr5 | 179259841 | SQSTM1 | 8878年 | 0.02 | 独联体 | ||
| rs10277 | chr5 | 179264730 | SQSTM1 | 8878年 | 0 | 独联体 | ||
| rs1065154 | chr5 | 179264914 | SQSTM1 | 8878年 | 0.04 | 独联体 | ||
| rs748197 | chr5 | 179273819 | SQSTM1 | 8878年 | 0.19 | 独联体 | ||
| rs11249661 | chr5 | 179277873 | SQSTM1 | 8878年 | 0.09 | 独联体 | ||
| rs16827324 | chr1 | 40927958 | SQSTM1 | 8878年 | 0 | 反式 | ||
| rs10277 | chr5 | 179264730 | SQSTM1 | 8878年 | 0.2 | 反式 | ||
| rs1889151 | chr9 | 137160636 | SQSTM1 | 8878年 | 0.12 | 反式 | ||
| rs7917302 | chr10 | 15474549 | SQSTM1 | 8878年 | 0.03 | 反式 | ||
| rs10842557 | 0 | SQSTM1 | 8878年 | 0.04 | 反式 | |||
| rs11161196 | chr15 | 25859201 | SQSTM1 | 8878年 | 0.13 | 反式 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
中的基因在大脑区域
| 前10名中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| PINK1 | 0.89 | 0.89 |
| PRRT3 | 0.88 | 0.90 |
| CEND1 | 0.87 | 0.90 |
| TOM1 | 0.87 | 0.87 |
| DLGAP3 | 0.87 | 0.91 |
| TUBG2 | 0.87 | 0.91 |
| 一张 | 0.86 | 0.86 |
| PPAPDC3 | 0.86 | 0.86 |
| ZFYVE28 | 0.85 | 0.89 |
| VGF | 0.85 | 0.91 |
| 十大负面中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| TUBB2B | -0.57 | -0.56 |
| RBMX2 | -0.57 | -0.64 |
| CARHSP1 | -0.56 | -0.60 |
| TIGD1 | -0.56 | -0.47 |
| KIAA1949 | -0.56 | -0.45 |
| ZNF300 | -0.56 | -0.39 |
| C9orf46 | -0.56 | -0.62 |
| IGF2BP3 | -0.56 | -0.52 |
| TRAF4 | -0.56 | -0.60 |
| EXOSC8 | -0.56 | -0.57 |
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0005515 | 蛋白结合 | 新闻学会 | 14676191 | |
| 去:0005515 | 蛋白结合 | 国际空间站 | - - - - - - | |
| 去:0008270 | 锌离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0042169 | SH2域绑定 | 艾达 | 8650207 | |
| 去:0042169 | SH2域绑定 | 国际空间站 | - - - - - - | |
| 去:0030971 | 受体酪氨酸激酶绑定 | 助教 | 8650207 | |
| 去:0019901 | 蛋白激酶绑定 | 艾达 | 8650207 | |
| 去:0019901 | 蛋白激酶绑定 | 国际空间站 | - - - - - - | |
| 去:0043130 | 泛素结合 | 艾达 | 12857745 | |
| 去:0043130 | 泛素结合 | 国际空间站 | - - - - - - | |
| 去:0046872 | 金属离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0006511 | ubiquitin-dependent蛋白质分解代谢的过程 | 助教 | 8702753 | |
| 去:0007242 | 细胞内的信号级联 | 助教 | 8650207 | |
| 去:0006950 | 对压力的反应 | 助教 | 12857745 | |
| 去:0008104 | 蛋白质的定位 | 助教 | 8650207 | |
| 去:0006955 | 免疫反应 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0006915 | 细胞凋亡 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0016197 | 内体运输 | 助教 | 12857745 | |
| 去:0030154 | 细胞分化 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0043122 | 监管I-kappaB激酶/ NF-kappaB级联 | 小鬼 | 12857745 | |
| 去:0043122 | 监管I-kappaB激酶/ NF-kappaB级联 | 国际空间站 | - - - - - - | |
| 去:0045944 | 积极的监管RNA聚合酶II启动子的转录 | 助教 | 12857745 | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0005829 | 胞质 | NAS | - - - - - - | |
| 去:0005829 | 胞质 | 助教 | 8650207 | |
| 去:0005634 | 核 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005737 | 细胞质 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005770 | 晚期内体 | 国际能源机构 | - - - - - - |
第四部分,注释蛋白质间交互作用
| 扶少团团员 | 别名B | 官方全名B | 实验 | 源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| C14orf139 | FLJ21276 | 139年14号染色体开放阅读框 | 2台混合动力 | BioGRID | 16169070 |
| ERCC2 | COFS2 | EM9 | MGC102762 | MGC126218 | MGC126219 |运输大亨| XPD | 切除修复cross-complementing啮齿动物修复缺陷,互补群2 | - - - - - - | HPRD | 8652557 |
| GABARAPL1 | APG8-LIKE | APG8L | ATG8 | ATG8L | GEC1 | GABA (A) receptor-associated蛋白质如1所示 | 2台混合动力 | BioGRID | 16189514 |
| GABARAPL2 | ATG8 | GATE-16 | GATE16 | GEF-2 | GEF2 | GABA (A) receptor-associated蛋白质像2 | 2台混合动力 | BioGRID | 16189514 |
| IRAK1 | 伊拉克共和国|佩尔 | interleukin-1 receptor-associated激酶1 | - - - - - - | HPRD | 12034707 |
| IRAK1 | 伊拉克共和国|佩尔 | interleukin-1 receptor-associated激酶1 | 亲和力Capture-Western | BioGRID | 10747026 |
| LCK | YT16 | p56lck | pp58lck | lymphocyte-specific蛋白质酪氨酸激酶 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 8650207 |
| MAP1LC3B | blc3 LC3B | MAP1A / 1 | microtubule-associated蛋白质1轻链3β | 2台混合动力 | BioGRID | 16169070 |
| MAP2K5 | HsT17454 | MAPKK5 | MEK5 | PRKMK5 | 增殖蛋白激酶激酶5 | MEK5与p62交互。这种交互是仿照人类p62演示鼠标MEK5和之间的相互作用。 | 绑定 | 12813044 |
| NR2F2 | ARP1 | COUP-TFII | COUPTFB | MGC117452 | SVP40 | TFCOUP2 | 核受体亚科2 F组,成员2 | - - - - - - | HPRD | 8910285 |
| NTRK1 | DKFZp781I14186 |矿渣MTC |载重汽车| TRK1 | TRKA | p140-TrkA | 神经营养酪氨酸激酶受体1型 | 亲和力Capture-Western | BioGRID | 11244088|12471037 |
| NTRK2 | GP145-TrkB | TRKB | 神经营养酪氨酸激酶受体2型 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 12471037 |
| NTRK3 | TRKC | gp145 (TRKC) | 神经营养酪氨酸激酶受体,类型3 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 12471037 |
| PRKCI | DXS1179E | MGC26534 | PKCI | nPKC-iota | 蛋白激酶C,极微小 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 9566925 |
| PRKCI | DXS1179E | MGC26534 | PKCI | nPKC-iota | 蛋白激酶C,极微小 | lamdaPKC与p62交互。这种交互是仿照人类p62演示鼠标lamdaPKC和之间的相互作用。 | 绑定 | 12813044 |
| PRKCZ | PKC-ZETA | PKC2 | 蛋白激酶C,ζ | zetaPKC与p62交互。这种交互是仿照人类p62鼠zetaPKC之间的交互和。 | 绑定 | 12813044 |
| PRKCZ | PKC-ZETA | PKC2 | 蛋白激酶C,ζ | - - - - - - | HPRD | 9566925|10356400 |
| PRKCZ | PKC-ZETA | PKC2 | 蛋白激酶C,ζ | 亲和力Capture-Western | BioGRID | 10747026 |
| PTPRJ | CD148 | DEP1 | HPTPeta | R-PTP-ETA | SCC1 | 蛋白质酪氨酸磷酸酶,受体类型,J | - - - - - - | HPRD | 9115287 |
| RAD23A | HHR23A | MGC111083 | RAD23同族体(酵母) | 亲和力Capture-Western 2台混合动力 |
BioGRID | 16189514 |
| RIPK1 | FLJ39204 | RIP | RIP1 | 受体(TNFRSF)交互serine-threonine激酶1 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 10356400 |
| SNCA | MGC110988 |有色人种协进会| PARK1 | PARK4 | PD1 | α-核蛋白(非淀粉样前体的A4组件) | - - - - - - | HPRD | 11447312 |
| SQSTM1 | A170 | OSIL | PDB3 | zip2 | p60 | p62 | p62B | sequestosome 1 | p62形成二聚体。 | 绑定 | 12813044 |
| SQSTM1 | A170 | OSIL | PDB3 | zip2 | p60 | p62 | p62B | sequestosome 1 | 2台混合动力 | BioGRID | 16169070 |
| TRAF6 | 德国:3310 | RNF85 | TNF receptor-associated因子6 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 10747026|11244088 |
| TTN | CMD1G | CMH9 | CMPD4 | CONNECTIN | DKFZp451N061 | EOMFC | FLJ26020 | FLJ26409 | FLJ32040 | FLJ34413 | FLJ39564 | FLJ43066 | HMERF | LGMD2J | TMD | 肌 | 肌与p62交互。这种交互是仿照人类肌和老鼠p62之间的相互作用。 | 绑定 | 15802564 |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| PID摘要意思通路 | 34 | 28 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID TNF通路 | 46 | 33 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID我正常途径关系 | 69年 | 51 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID TRKR通路 | 62年 | 48 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME信号通过神经生长因子 | 217年 | 167年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME P75NTR新兵信号复合物 | 12 | 8 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 通过NFKB REACTOME P75NTR信号 | 14 | 10 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 离原子核REACTOME NRIF信号细胞死亡 | 15 | 10 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME NFKB被激活和信号的生存 | 11 | 8 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME细胞死亡信号通过NRAGE NRIF和纳德 | 60 | 43 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME我正常受体介导信号关系 | 81年 | 61年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME信号的盲降 | 107年 | 86年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME摘要意思信号 | 39 | 30. | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME免疫系统 | 933年 | 616年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME细胞因子在免疫系统信号 | 270年 | 204年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 加里CD5目标了 | 473年 | 314年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 周炎症反应生活 | 485年 | 293年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 图姆收缩期心衰DN | 244年 | 147年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| CASORELLI急性早幼粒细胞白血病DN | 663年 | 425年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迪亚兹慢性MEYLOGENOUS白血病 | 1382年 | 904年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| GARGALOVIC应对氧化磷脂绿松石 | 79年 | 50 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| ODONNELL TFRC目标了 | 456年 | 228年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SENESE HDAC1目标了 | 457年 | 269年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SENESE HDAC3目标了 | 501年 | 327年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 无角的伯基特淋巴瘤DN | 15 | 10 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| TIEN肠道益生菌24小时DN | 214年 | 133年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BERENJENO改变了RHOA可逆 | 8 | 6 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MARKEY RB1慢性LOF DN | 118年 | 78年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| CONCANNON EPOXOMICIN了细胞凋亡 | 239年 | 157年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BERENJENO改变了RHOA DN | 394年 | 258年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MISSIAGLIA受甲基化 | 126年 | 78年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| RASHI对电离辐射2 | 127年 | 92年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 埃尔南德斯有丝分裂逮捕多西他赛2 | 64年 | 45 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 通过ERCC3滑落紫外线反应 | 309年 | 199年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DIRMEIER LMP1回应晚了 | 57 | 41 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MOHANKUMAR TLX1目标了 | 414年 | 287年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SPIELMAN淋巴母细胞欧洲和亚洲的DN | 584年 | 395年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| NUYTTEN EZH2的目标了 | 1037年 | 673年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布伊泰尔特说光动力治疗压力 | 811年 | 508年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 费雷拉尤因肉瘤不稳定和稳定的DN | 98年 | 59 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| NAKAYAMA FRA2目标 | 43 | 27 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SUH COEXPRESSED ID1和ID2起来 | 19 | 14 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 科林PILOCYTIC星形细胞瘤和胶质母细胞瘤DN | 28 | 21 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH MYC和上述目标 | 230年 | 156年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH MYC最大目标 | 775年 | 494年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 张IKK抑制剂和肿瘤坏死因子 | 223年 | 140年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 建筑师周边的时钟 | 169年 | 111年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 谢泼德BMYB吗啉代了 | 205年 | 126年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| GOLUB VS AML DN | 24 | 14 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| GALINDO肠毒素的免疫反应 | 85年 | 67年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 苔星体信号转导 | 59 | 44 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| NEMETH炎症反应有限合伙人 | 88年 | 64年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布鲁诺造血作用 | 66年 | 48 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 千叶应对运输安全管理局 | 50 | 31日 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 对紫外线C0 SESTO回应 | 107年 | 72年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| GERHOLD脂肪形成了 | 49 | 40 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 道格拉斯BMI1 DN的目标 | 314年 | 188年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KRIGE TOSEDOSTAT反应6小时DN | 911年 | 527年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KRIGE TOSEDOSTAT反应24小时 | 783年 | 442年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 海勒HDAC目标被甲基化 | 461年 | 298年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 黄蛋白酶体基因模块 | 49 | 35 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| ACEVEDO肝癌H3K9ME3 DN | 120年 | 71年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MITSIADES APLIDIN反应 | 439年 | 257年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 萧述三乳腺癌ERBB2 | 147年 | 83年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PODAR ADAPHOSTIN反应 | 147年 | 98年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布卢姆SALIRASIB反应 | 245年 | 159年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| RUTELLA CSF2RB和IL4 | 338年 | 225年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| RUTELLA应对HGF | 418年 | 282年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| RUTELLA HGF VS CSF2RB和IL4 | 408年 | 276年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 汉SATB1目标了 | 395年 | 249年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 汉SATB1 DN的目标 | 442年 | 275年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 萧管家基因 | 389年 | 245年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 八木AML和T 8 21易位 | 368年 | 247年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 党受MYC | 1103年 | 714年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MARTENS受PML RARA融合 | 456年 | 287年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DUTERTRE雌二醇响应24小时DN | 505年 | 328年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| WIERENGA STAT5A目标了 | 217年 | 131年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| WIERENGA STAT5A目标GROUP2 | 60 | 38 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 约翰斯通PARVB目标3 | 430年 | 288年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 通过TP53棕熊短波紫外线反应B组 | 549年 | 316年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 棕熊短波紫外线反应迟 | 1137年 | 655年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 科胡特克彗星CCNT1目标 | 50 | 26 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 黄GATA2目标了 | 149年 | 96年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 德拉克洛瓦RARG绑定MEF | 367年 | 231年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 冯氏TNF通过P38部分反应 | 160年 | 106年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
| microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-17-5p / 20/93.mr / 106/519.d | 649年 | 656年 | 1、m8 | hsa-miR-17-5p | CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU |
| hsa-miR-20a大脑 | UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 106 a | AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC | ||||
| hsa - mir - 106 b深圳 | UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU | ||||
| hsa-miR-20b深圳 | CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 519 d | CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU | ||||