基因页面:BSN
总结吗?
| GeneID | 8927年 |
| 象征 | BSN |
| 同义词 | ZNF231 |
| 描述 | 巴松管突触前cytomatrix蛋白质 |
| 参考 | MIM: 604020|HGNC: HGNC: 1117|运用:ENSG00000164061|HPRD: 04933|织女:OTTHUMG00000133750 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 3 p21.31 |
| 帕斯卡假定值 | 0.064 |
| 夏洛克假定值 | 0.373 |
| 胎儿β | -1.2 |
| DMG | 1(#研究) |
| 支持 | 蛋白质聚类 G2Cdb.human_mGluR5 G2Cdb.humanNRC G2Cdb.humanPSD G2Cdb.humanPSP CompositeSet 达内尔FMRP目标 Ascano FMRP目标 潜在的突触基因 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| DMG: Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 这个数据集包括4641个不同甲基化探针对应2929个独特的基因之间的精神分裂症患者(n = 24)和控制(n = 24)。 | 2 |
| 认为:Awadalla_2010 | 全外显子组测序分析 | 的调查从401 ~ 430 Mb的DNA synapse-expressed 25 Mb的DNA基因在所有情况下,在控制发现28候选人认为。 | |
| PMID: cooccur | 高通量文献检索 | 系统搜索PubMed的基因共病SCZ关键词。总共有3027个基因包括在内。 | |
| 文学 | 高通量文献检索 | 与精神分裂症Co-occurance关键词:精神分裂症、神经 | 点击显示详细信息 |
| GO_Annotation | neuro-related关键字映射到基因本体论注释 | 支安打与neuro-related关键词:2 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
认为表
认为表| 基因 | 染色体 | 位置 | 裁判 | Alt | 成绩单 | AA变化 | 突变类型 | 筛选 | CG46 | 特征 | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BSN | chr3 | 49691984 | G | C | BSN: NM_003458: exon5: c.G4995C: p.V1665V | V1665V | 同义SNV | 精神分裂症 | 认为:Awadalla_2010 |
不同甲基化基因
| 探针 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | P (dis) | β(dis) | 罗斯福(dis) | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg08226300 | 3 | 49695806 | BSN | 2.471的军医 | 0.43 | 0.037 | DMG: Wockner_2014 |
| cg20948091 | 3 | 49608040 | BSN | 2.997的军医 | 0.243 | 0.04 | DMG: Wockner_2014 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
中的基因在大脑区域
| 前10名中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| SH2B2 | 0.75 | 0.69 |
| MARCKSL1 | 0.74 | 0.64 |
| PCGF2 | 0.73 | 0.59 |
| ZBTB12 | 0.73 | 0.62 |
| SH3BP2 | 0.73 | 0.71 |
| SF3A2 | 0.72 | 0.62 |
| FAM110A | 0.72 | 0.55 |
| PKN1 | 0.72 | 0.65 |
| TRAF4 | 0.72 | 0.66 |
| JUP | 0.72 | 0.61 |
| 十大负面中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| CCNI2 | -0.60 | -0.66 |
| ITM2B | -0.59 | -0.64 |
| PLA2G4A | -0.58 | -0.66 |
| 组织 | -0.58 | -0.62 |
| ANXA7 | -0.58 | -0.60 |
| OMG | -0.58 | -0.65 |
| CHN1 | -0.57 | -0.66 |
| CACNA1F | -0.57 | -0.66 |
| ACOT13 | -0.56 | -0.63 |
| C5orf53 | -0.56 | -0.60 |
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0008270 | 锌离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0046872 | 金属离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0007268 | 突触传递 | 助教 | Synap神经元,神经递质(术语层面:6) | 10329005 |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0019717 | 突触体 | 国际能源机构 | Synap,大脑(术语层面:7) | - - - - - - |
| 去:0045202 | 突触 | 国际能源机构 | Synap神经元,神经递质,神经胶质(术语层面:2) | - - - - - - |
| 去:0005856 | 细胞骨架 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005634 | 核 | 助教 | 9806829 | |
| 去:0005737 | 细胞质 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0030054 | 细胞结 | 国际能源机构 | - - - - - - |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 鲜明的前额叶皮层22 q11删除 | 195年 | 138年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 斯塔克HYPPOCAMPUS 22 q11删除 | 53 | 40 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 鲜明的大脑22 q11删除 | 13 | 10 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 阿尔茨海默病DN布莱洛克的 | 1237年 | 837年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 伊万诺娃造血干细胞和祖 | 681年 | 420年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 近端树突LEIN本地化 | 37 | 26 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| YOSHIMURA MAPK8目标了 | 1305年 | 895年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迈斯纳人大HCP H3K4ME2 | 491年 | 319年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 米凯尔森MCV6 HCP H3K27ME3 | 435年 | 318年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 米凯尔森MEF HCP H3K27ME3 | 590年 | 403年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 金所有障碍少突细胞数量。柯尔 | 756年 | 494年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
| microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-1/206 | 527年 | 534年 | 1、m8 | hsa-miR-1 | UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUA |
| hsa - mir - 206深圳 | UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG | ||||
| hsa - mir - 613 | AGGAAUGUUCCUUCUUUGCC | ||||
| mir - 124.1 | 871年 | 877年 | 1 | hsa - mir - 124 a | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
| miR-125/351 | 2491年 | 2497年 | m8 | hsa - mir - 125 b大脑 | UCCCUGAGACCCUAACUUGUGA |
| hsa - mir - 125 a大脑 | UCCCUGAGACCCUUUAACCUGUG | ||||
| miR-132/212 | 1387年 | 1393年 | 1 | hsa - mir - 212深圳 | UAACAGUCUCCAGUCACGGCC |
| hsa - mir - 132大脑 | UAACAGUCUACAGCCAUGGUCG | ||||
| mir - 135 | 1160年 | 1166年 | m8 | hsa - mir - 135 a | UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA |
| hsa - mir - 135 b | UAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUG | ||||
| mir - 137 | 1058年 | 1065年 | 1、m8 | hsa - mir - 137 | UAUUGCUUAAGAAUACGCGUAG |
| mir - 143 | 1342年 | 1348年 | m8 | hsa - mir - 143大脑 | UGAGAUGAAGCACUGUAGCUCA |
| mir - 145 | 1451年 | 1457年 | m8 | hsa - mir - 145 | GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUU |
| mir - 150 | 622年 | 629年 | 1、m8 | hsa - mir - 150 | UCUCCCAACCCUUGUACCAGUG |
| mir - 153 | 1356年 | 1363年 | 1、m8 | hsa - mir - 153 | UUGCAUAGUCACAAAAGUGA |
| miR-19 | 1619年 | 1625年 | m8 | hsa-miR-19a | UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA |
| hsa-miR-19b | UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA | ||||
| mir - 218 | 1086年 | 1092年 | 1 | hsa - mir - 218大脑 | UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU |
| miR-24 | 1950年 | 1957年 | 1、m8 | hsa-miR-24深圳 | UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG |
| miR-25/32/92/363/367 | 3911年 | 3917年 | m8 | hsa-miR-25大脑 | CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA |
| hsa-miR-32 | UAUUGCACAUUACUAAGUUGC | ||||
| hsa - mir - 92 | UAUUGCACUUGUCCCGGCCUG | ||||
| hsa - mir - 367 | AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA | ||||
| hsa - mir - 92 b深圳 | UAUUGCACUCGUCCCGGCCUC | ||||
| miR-30-5p | 3897年 | 3903年 | 1 | hsa-miR-30a-5p | UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG |
| hsa-miR-30c大脑 | UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC | ||||
| hsa-miR-30d深圳 | UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30b深圳 | UGUAAACAUCCUACACUCAGCU | ||||
| hsa-miR-30e-5p | UGUAAACAUCCUUGACUGGA | ||||
| hsa-miR-30a-5p | UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30c大脑 | UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC | ||||
| hsa-miR-30d深圳 | UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30b深圳 | UGUAAACAUCCUACACUCAGCU | ||||
| hsa-miR-30e-5p | UGUAAACAUCCUUGACUGGA | ||||
| mir - 330 | 486年 | 492年 | 1 | hsa - mir - 330大脑 | GCAAAGCACACGGCCUGCAGAGA |
| mir - 339 | 1037年 | 1043年 | 1 | hsa - mir - 339 | UCCCUGUCCUCCAGGAGCUCA |
| mir - 342 | 3970年 | 3976年 | 1 | hsa - mir - 342大脑 | UCUCACACAGAAAUCGCACCCGUC |
| mir - 448 | 1357年 | 1363年 | 1 | hsa - mir - 448 | UUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAU |
| mir - 503 | 1559年 | 1565年 | m8 | hsa - mir - 503 | UAGCAGCGGGAACAGUUCUGCAG |
| mir - 539 | 2487年 | 2494年 | 1、m8 | hsa - mir - 539 | GGAGAAAUUAUCCUUGGUGUGU |
| miR-9 | 131年 | 137年 | 1 | hsa-miR-9深圳 | UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA |