基因页：CCND3
概括?
| 基因ID | 896 |
| Symbol | CCND3 |
| 同义词 | - |
| 描述 | Cyclin D3 |
| 参考 | MIM:123834|HGNC:HGNC:1585|ENSEMBL：ENSG00000112576|HPRD：00452|Vega：Otthumg0000000014690 |
| 基因type | protein-coding |
| 地图位置 | 6p21 |
| Pascal P值 | 0.073 |
| Sherlock P值 | 0.998 |
| Fetal beta | -1.124 |
| DMG | 1（＃研究） |
数据源中的基因
| 基因set name | 基因组方法 | 描述 | Info |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG:Wockner_2014 | Genome-wide DNA methylation analysis | This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). | 1 |
| GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR：0.033 | |
| GSMA_IIE | 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） | Psr: 0.04433 | |
| go_annotation | Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations | Hits with neuro-related keywords: 1 | |
| 网络 | 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 | Contribution to shortest path in PPI network: 0.3258 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | Chromosome | Position | 最近的基因 | P (dis) | beta（dis） | FDR (dis) | Study |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG04111789 | 6 | 41908262 | CCND3 | 4.008E-4 | 0.571 | 0.044 | DMG:Wockner_2014 |
Section II. Transcriptome annotation
基因ral gene expression (GTEx)
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.
Top co-expressed genes in brain regions
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| POLR1B | 0.94 | 0.93 |
| ADNP | 0.94 | 0.92 |
| RBM12 | 0.93 | 0.94 |
| EPC2 | 0.93 | 0.93 |
| ZNF564 | 0.93 | 0.91 |
| rspry1 | 0.93 | 0.93 |
| ZNF709 | 0.93 | 0.89 |
| TCEB3 | 0.93 | 0.90 |
| NCOA5 | 0.93 | 0.91 |
| ZNF518B | 0.93 | 0.91 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| AIFM3 | -0.76 | -0.81 |
| MT-CO2 | -0.74 | -0.86 |
| S100B | -0.73 | -0.83 |
| HLA-F | -0.73 | -0.76 |
| HSD17B14 | -0.73 | -0.82 |
| FXYD1 | -0.73 | -0.86 |
| AF347015.31 | -0.73 | -0.84 |
| AF347015.27 | -0.72 | -0.82 |
| AF347015.33 | -0.72 | -0.83 |
| MT-CYB | -0.71 | -0.84 |
Section III. Gene Ontology annotation
| Molecular function | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO:0004693 | 细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶活性 | IEA | neuron (GO term level: 8) | - |
| GO:0005515 | protein binding | IEA | - | |
| GO:0005515 | protein binding | 新闻学会 | 11896535|15232106|17274640 |17517622 |
|
| GO:0019901 | 蛋白激酶结合 | 新闻学会 | 8114739 | |
| Biological process | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| 去：0001934 | positive regulation of protein amino acid phosphorylation | 艾达 | 8114739 | |
| 去：0007165 | signal transduction | IEA | - | |
| 去：0007049 | 细胞周期 | IEA | - | |
| 去：0042098 | T cell proliferation | IEA | - | |
| GO:0051301 | 细胞分裂 | IEA | - | |
| GO：0045737 | 细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶活性的阳性调节 | 艾达 | 8114739 | |
| GO:0051726 | 细胞周期调节 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| 去：0000307 | cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex | 艾达 | 8114739 | |
| GO:0005634 | 核 | IEA | - | |
| GO:0005737 | 细胞质 | IEA | - |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| Interactors | Aliases B | Official full name B | Experimental | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| AKAP8 | AKAP95 |DKFZP586B1222 | 激酶（PRKA）锚蛋白8 | - | HPRD，Biogrid | 14641107 |
| AREG | AR | CRDGF | MGC13647 | SDGF | amphiregulin | - | HPRD | 11469683 |
| ATP5C1 | ATP5C |ATP5CL1 | ATP合酶，H+转运，线粒体F1复合物，γ多肽1 | 两个杂交 | BioGRID | 16169070 |
| CASP2 | CASP-2 | ICH-1L | ICH-1L/1S | ICH1 | NEDD2 | caspase 2, apoptosis-related cysteine peptidase | - | HPRD，Biogrid | 12011445 |
| cdc2l1 | CDC2L2 | CDK11 | CDK11-p110 | CDK11-p46 | CDK11-p58 | CLK-1 | FLJ59152 | PK58 | p58 | p58CDC2L1 | p58CLK-1 | 细胞分裂周期2样1（pitslre蛋白） | - | HPRD，Biogrid | 12082095 |
| CDK4 | CMM3 | MGC14458 | PSK-J3 | 细胞周期蛋白依赖性激酶4 | - | HPRD，Biogrid | 10342870 |
| CDK6 | MGC59692 |plstire |STQTL11 | 细胞周期蛋白依赖性激酶6 | - | HPRD，Biogrid | 8114739|11360184 |
| CDKN1A | CAP20 | CDKN1 | CIP1 | MDA-6 | P21 | SDI1 | WAF1 | p21CIP1 | cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cip1) | 两个杂交 | BioGRID | 16189514 |
| CDKN1B | CDKN4 | KIP1 | MEN1B | MEN4 | P27KIP1 | 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1B（P27，KIP1） | Affinity Capture-Western Reconstituted Complex 两个杂交 |
BioGRID | 10342870|11360184 |16189514 |
| CRABP2 | CRABP-II | RBP6 | cellular retinoic acid binding protein 2 | in vitro 体内 两个杂交 |
BioGRID | 12482873 |
| DMTF1 | DMP1 | DMTF | FLJ41265 | hDMP1 | cyclin D binding myb-like transcription factor 1 | - | HPRD | 8887674 |
| DTNBP1 | dbnd |DKFZP564K192 |FLJ30031 |HPS7 |MGC20210 |MY031 |Sdy | Dystrobrevin结合蛋白1 | 两个杂交 | BioGRID | 16189514 |
| EFEMP2 | FBLN4 | MBP1 | UPH1 | EGF-containing fibulin-like extracellular matrix protein 2 | 两个杂交 | BioGRID | 16189514 |
| EIF3K | ARG134 | EIF3-p28 | EIF3S12 | HSPC029 | M9 | MSTP001 | PLAC-24 | PLAC24 | PRO1474 | PTD001 | eukaryotic translation initiation factor 3, subunit K | - | HPRD，Biogrid | 15327989 |
| MAF1 | MGC20332 | MGC31779 | MGC39758 | MAF1 homolog (S. cerevisiae) | 两个杂交 | BioGRID | 16189514 |
| MCM10 | CNA43 | DNA43 | MGC126776 | PRO2249 | 微型鲜石维护复杂组件10 | Affinity Capture-Western | BioGRID | 16189514 |
| MCM10 | CNA43 | DNA43 | MGC126776 | PRO2249 | 微型鲜石维护复杂组件10 | - | HPRD | 15232106 |
| NPDC1 | 出租车|驾驶室 - |CAB-1 |CAB1 |DKFZP586J0523 | neural proliferation, differentiation and control, 1 | - | HPRD，Biogrid | 11042687 |
| PCNA | MGC8367 | proliferating cell nuclear antigen | - | HPRD，Biogrid | 7908906 |
| RARA | NR1B1 |RAR | 视黄酸受体，α | in vitro 体内 两个杂交 |
BioGRID | 12482873 |
| RB1 | OSRC | RB | p105-Rb | pRb | pp110 | 视网膜细胞瘤1 | 两个杂交 | BioGRID | 17972097 |
| RBX1 | BA554C12.1 | MGC13357 | MGC1481 | RNF75 | ROC1 | 环框1 | Affinity Capture-Western | BioGRID | 11311237 |
| TSC2 | FLJ43106 |林|TSC4 | 结节硬化2 | Affinity Capture-Western | BioGRID | 16357142 |
V.途径注释
| Pathway name | Pathway size | ＃szgr 2.0基因 | Info |
|---|---|---|---|
| KEGG CELL CYCLE | 128 | 84 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG P53 SIGNALING PATHWAY | 69 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| kegg wnt信号通路 | 151 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG FOCAL ADHESION | 201 | 138 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG JAK STAT SIGNALING PATHWAY | 155 | 105 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BIOCARTA CELLCYCLE PATHWAY | 23 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WNT SIGNALING | 89 | 71 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID E2F PATHWAY | 74 | 48 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID AR PATHWAY | 61 | 46 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID IL2 STAT5途径 | 30 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID RB 1 Pathway | 65 | 46 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome发育生物学 | 396 | 292 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME CELL CYCLE | 421 | 253 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome细胞周期有丝分裂 | 325 | 185 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME G1 PHASE | 38 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME MITOTIC G1 G1 S PHASES | 137 | 79 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME TRANSCRIPTIONAL REGULATION OF WHITE ADIPOCYTE DIFFERENTIATION | 72 | 53 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LIU SOX4 TARGETS DN | 309 | 191 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BASAKI YBX1 TARGETS UP | 290 | 177 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 奥斯曼膀胱癌 | 404 | 246 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RHEIN ALL GLUCOCORTICOID THERAPY DN | 362 | 238 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mullighan mll签名1 | 380 | 236 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mullighan MLL签名2 UP | 418 | 263 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION HSC DN | 187 | 115 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ELVIDGE HYPOXIA DN | 146 | 94 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DMOG DN的Elvidge缺氧 | 59 | 40 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Elvidge Hif1a靶向 | 67 | 40 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Elvidge HIF1A和HIF2A靶向 | 41 | 22 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nunoda对dasatinib imatinib的反应 | 29 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BAKER HEMATOPOIESIS STAT3 TARGETS | 16 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 贝克血液核酸盐Stat5靶标 | 7 | 7 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MYLLYKANGAS AMPLIFICATION HOT SPOT 15 | 13 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 UP | 309 | 199 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PUJANA BRCA1 PCC NETWORK | 1652 | 1023 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PUJANA BRCA2 PCC NETWORK | 423 | 265 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS DN | 637 | 377 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Guenther生长球形与辅助DN | 26 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 他瞄准了 | 16 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Amit EGF响应480 HELA | 164 | 118 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SHIN B CELL LYMPHOMA CLUSTER 3 | 28 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MORI不成熟的B淋巴细胞DN | 90 | 55 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mori成熟B淋巴细胞DN | 75 | 43 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 罗斯急性髓样白血病CBF | 82 | 57 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| golub所有vs aml up | 24 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TARTE PLASMA CELL VS B LYMPHOCYTE DN | 38 | 25 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 弗莱赫纳活检肾脏移植被拒绝vs ok up | 87 | 58 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| POMEROY MEDULLOBLASTOMA DESMOPLASIC VS CLASSIC DN | 59 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TENEDINI MEGAKARYOCYTE MARKERS | 66 | 48 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Cromer转移 | 79 | 46 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BROWNE HCMV INFECTION 20HR UP | 240 | 152 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 伊万诺娃造血成熟细胞 | 293 | 160 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DELASERNA MYOD TARGETS UP | 89 | 51 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BURTON ADIPOGENESIS 2 | 72 | 52 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 罗德韦尔老化的肾脏 | 487 | 303 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BILD E2F3 ONCOGENIC SIGNATURE | 246 | 153 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GHO ATF5目标DN | 16 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HILLION HMGA1B TARGETS | 92 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| lein脉络丛标记 | 103 | 61 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED | 1022 | 619 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Marzec IL2发出信号 | 115 | 80 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Iwanaga癌变由Kras Pten DN | 353 | 226 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| AMBROSINI FLAVOPIRIDOL TREATMENT TP53 | 109 | 63 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL OPTIMAL DEBULKING | 246 | 152 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BLUM RESPONSE TO SALIRASIB DN | 342 | 220 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GRESHOCK CANCER COPY NUMBER UP | 323 | 240 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Boylan多发性骨髓瘤D簇DN | 40 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Yoshimura mapk8靶向 | 1305 | 895 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Lee区分T淋巴细胞 | 200 | 115 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| woo肝癌复发 | 105 | 75 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Yagi AML带8 21易位 | 368 | 247 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Yagi AML与11q23重新排列 | 351 | 238 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KOBAYASHI EGFR SIGNALING 24HR DN | 251 | 151 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BOYLAN MULTIPLE MYELOMA PCA3 DN | 69 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BYSTRYKH HEMATOPOIESIS STEM CELL IL3RA | 9 | 6 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTENS BOUND BY PML RARA FUSION | 456 | 287 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关 | 682 | 440 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hirsch细胞转化特征dn | 103 | 67 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Johnstone Parvb目标3 DN | 918 | 550 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zhu Skil靶向DN | 9 | 5 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DORMOY ELAVL1 TARGETS | 17 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gobert少突胶质细胞分化 | 570 | 339 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FORTSCHEGGER PHF8 TARGETS DN | 784 | 464 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| boudoukha由IGF2BP2绑定 | 111 | 59 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| miRNA family | 目标位置 | mirna id | miRNA seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR start | UTR end | Match method | |||
| miR-130/301 | 157 | 163 | 1a | HSA-MIR-130A脑 | CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU |
| HSA-MIR-301 | CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGC | ||||
| HSA-MIR-130b脑 | CAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAU | ||||
| HSA-MIR-454-3P | uagugcaauauugcuuauaggguuu | ||||
| miR-330 | 571 | 577 | m8 | HSA-MIR-330脑 | GCAAAGCACGGCCUGCAGAGA |