基因页:chrna6
概括?
基因 | 8973 |
象征 | chrna6 |
同义词 | chnra6 |
描述 | 胆碱能受体烟碱α6亚基 |
参考 | MIM:606888|HGNC:HGNC:15963|ENSEMBL:ENSG00000147434|HPRD:06056|Vega:Otthumg00000165275 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 8p11.21 |
Pascal P值 | 0.039 |
胎儿β | -0.286 |
支持 | 配体门控离子信号传导 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中:4 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/CHRNA6_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
C7 | 0.80 | 0.74 |
喇嘛2 | 0.80 | 0.78 |
COLEC12 | 0.79 | 0.78 |
CYP1B1 | 0.78 | 0.77 |
FOXC1 | 0.76 | 0.78 |
ABCA9 | 0.76 | 0.80 |
ASPN | 0.75 | 0.70 |
ITIH2 | 0.74 | 0.63 |
COL3A1 | 0.74 | 0.48 |
ALX4 | 0.73 | 0.56 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
SNHG12 | -0.31 | -0.42 |
FAM128A | -0.30 | -0.35 |
RPS21 | -0.30 | -0.49 |
ATP5E | -0.30 | -0.46 |
MRPL27 | -0.30 | -0.37 |
C8orf59 | -0.29 | -0.45 |
MRPL21 | -0.29 | -0.42 |
Stra13 | -0.28 | -0.41 |
bloc1s1 | -0.28 | -0.33 |
MRPL52 | -0.28 | -0.42 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
GO:0015464 | 乙酰胆碱受体活性 | 塔斯 | 神经递质(GO期限:6) | 8906617 |
去:0004889 | 烟碱乙酰胆碱激活的阳离子选择通道活性 | 塔斯 | 8906617 | |
去:0005216 | 离子通道活动 | IEA | - | |
去:0005230 | 细胞外配体门控离子通道活性 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007268 | 突触传输 | 塔斯 | 神经元,突触,神经递质(GO期限:6) | 8906617 |
去:0007165 | 信号转导 | 塔斯 | 8906617 | |
去:0006811 | 离子运输 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005892 | 烟碱乙酰胆碱门控受体通道复合物 | 塔斯 | 神经递质(GO期限:9) | 8906617 |
GO:0045211 | 突触后膜 | IEA | 突触,神经递质(GO期限:5) | - |
GO:0045202 | 突触 | IEA | 神经元,突触,神经递质,神经胶质(GO期限:2) | - |
GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - | |
去:0005886 | 质膜 | IEA | - | |
GO:0030054 | 细胞连接 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
KEGG神经活性配体受体相互作用 | 272 | 195 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
跨化学突触的反应组传播 | 186 | 155 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome神经元系统 | 279 | 221 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
反应组神经递质受体结合和突触后细胞中的下游传播 | 137 | 110 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
反应组乙酰胆碱结合和下游事件 | 16 | 13 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome高度钙可渗透的突触后烟碱乙酰胆碱受体 | 13 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
反应组突触前烟碱乙酰胆碱受体 | 12 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PIEPOLI LGI1靶向DN | 14 | 6 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NUP98 HOXA9 Fusion 10D的Takeda目标 | 194 | 122 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nikolsky乳腺癌8p12 P11扩增子 | 57 | 32 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans | 882 | 572 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Taci的Moreaux多发性骨髓瘤 | 412 | 249 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
伊万诺娃造血干细胞 | 254 | 164 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yauch刺猬信号传导旁分泌DN | 264 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yoshimura mapk8靶向 | 1305 | 895 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bruins通过TP53组D的UVC响应 | 280 | 158 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |