基因页：卡尔恩

Summary？
基因 8997
象征 卡尔恩
Synonyms ARHGEF24|CHD5|CHDS5|DUET|DUO|HAPIP|TRAD
Description Kalirin，Rhogef激酶
Reference MIM：604605|HGNC：HGNC：4814|ENSEMBL：ENSG00000160145|HPRD：06859|HPRD：12169|Vega：Otthumg00000125545
基因类型 蛋白质编码
地图location 3Q21.2
Pascal P值 1.363E-4
Sherlock p-value 0.662
胎儿β -3.473
DMG 1 (# studies)
主持人 Myers' cis & trans
支持 g2cdb.human_pocklingtonh1
G2CDB.HUMANNRC
g2cdb.humanpsd
G2CDB.HUMANPSP
CompositeSet
Darnell FMRP目标
潜在的突触基因

Gene in Data Sources
基因集名称 Method of gene set Description 信息
CV:GWASdb Genome-wide Association Studies 精神分裂症的GWASDB记录
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG：Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 2
PMID：cooccur High-throughput literature-search PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
Literature High-throughput literature-search 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中：1

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@差异甲基化基因

探针 染色体 位置 最近的基因 p（dis） Beta (dis) fdr（dis） 学习
CG13151664 3 123813232 卡尔恩 1.494E-4 0.434 0.032 DMG：Wockner_2014
cg21618455 3 123950018 卡尔恩 4.327E-4 0.434 0.045 DMG：Wockner_2014

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS6786220 CHR3 124868890 卡尔恩 8997 0.16 顺式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
Gene 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
PFKFB2 0.78 0.76
RCAN2 0.76 0.66
AGPAT9 0.76 0.65
SCN1A 0.76 0.72
Rab11fip5 0.76 0.74
SLC24A2 0.75 0.74
ERMP1 0.74 0.74
SCN2B 0.74 0.66
SLC7A8 0.74 0.70
OGDHL 0.73 0.61
前10个负共表达基因
Gene 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
BCL7C -0.44 -0.55
WDR86 -0.41 -0.41
RAMP2 -0.39 -0.47
EMID1 -0.39 -0.40
AC006276.2 -0.38 -0.46
RP9P -0.38 -0.56
CCDC28B -0.36 -0.41
TBC1D10A -0.36 -0.32
SNHG12 -0.36 -0.46
GTF3C6 -0.36 -0.38

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0000166 nucleotide binding IEA -
去：0005089 Rho鸟苷核苷酸交换因子活性 IEA -
去：0005085 鸟苷核苷酸交换因子活性 TAS 9285789
去：0000287 镁离子结合 IEA -
去：0005515 蛋白质结合 ISS -
去：0005524 ATP结合 IEA -
去：0004674 protein serine/threonine kinase activity TAS 10023074
GO：0016740 转移酶活性 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007399 nervous system development ISS 神经突（GO期限：5） -
去：0006468 protein amino acid phosphorylation TAS 10023074
去：0007242 细胞内信号传导级联 ISS -
GO：0016192 囊泡介导的运输 TAS 9285789
GO：0035023 调节Rho蛋白信号转导的调节 IEA -
Cellular component 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005622 细胞内 IEA -
去：0005737 cytoplasm IEA -
GO:0015629 肌动蛋白细胞骨架 TAS 10023074

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
PID EPHB FWD途径 40 38 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID ARF6 DOWNSTREAM PATHWAY 15 14 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID Rac1 Reg Pathway 38 25 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Rho GTPases的Reactome信号传导 113 81 All SZGR 2.0 genes in this pathway
NGF的Reactome信号传导 217 167 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome胃胃CREB信号传导途径通过PKC和MAPK 205 136 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Nrage通过JNK发出死亡的信号 43 33 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome细胞死亡信号通过Nrage NRIF和NADE传导 60 43 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome P75 NTR受体介导的信号传导 81 61 All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME SIGNALING BY GPCR 920 449 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome G alpha Q信号事件 184 116 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome G alpha1213信号传导事件 74 56 All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME GPCR DOWNSTREAM SIGNALING 805 368 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Horiuchi WTAP靶向 306 188 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Wang LMO4靶向DN 352 225 All SZGR 2.0 genes in this pathway
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP 1821年 933 All SZGR 2.0 genes in this pathway
冷吉非替尼抵抗DN 230 115 All SZGR 2.0 genes in this pathway
GRAESSMANN APOPTOSIS BY SERUM DEPRIVATION UP 552 347 All SZGR 2.0 genes in this pathway
GRAESSMANN RESPONSE TO MC AND SERUM DEPRIVATION UP 211 136 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Perez TP53目标 1174 695 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SCHLOSSER SERUM RESPONSE DN 712 443 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Shen Smarca2靶向DN 357 212 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Petrova内皮淋巴vs血液 131 87 All SZGR 2.0 genes in this pathway
周TNF信号4小时 54 36 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏病dn 1237 837 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Yamazaki TCEB3靶向 175 116 All SZGR 2.0 genes in this pathway
WANG CISPLATIN RESPONSE AND XPC DN 228 146 All SZGR 2.0 genes in this pathway
周TNF信号30分钟 54 36 All SZGR 2.0 genes in this pathway
RIGGI EWING SARCOMA PROGENITOR UP 430 288 All SZGR 2.0 genes in this pathway
肝癌DN中的阿塞维多甲基化 940 425 All SZGR 2.0 genes in this pathway
FIRESTEIN PROLIFERATION 175 125 All SZGR 2.0 genes in this pathway
YOSHIMURA MAPK8 TARGETS UP 1305 895 All SZGR 2.0 genes in this pathway
甜肺癌Kras DN 435 289 All SZGR 2.0 genes in this pathway
肌肉DN中的罗马胰岛素靶标 204 114 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染30分钟DN 150 99 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Kim所有疾病Calb1 Corr Up 548 370 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CHYLA CBFA2T3靶向 387 225 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MIYAGAWA TARGETS OF EWSR1 ETS FUSIONS UP 259 159 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Gobert少突胶质细胞分化DN 1080 713 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ERBB2同工型的Pedersen转移7 403 240 All SZGR 2.0 genes in this pathway
wakabayashi脂肪形成PPARG绑定8D 658 397 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Zwang仅通过第二EGF脉冲瞬时向上 1725年 838 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-135 1121 1127 M8 HSA-MIR-135A UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA
HSA-MIR-135B Uauggcuuuucauuccuaugug
HSA-MIR-135A UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA
HSA-MIR-135B Uauggcuuuucauuccuaugug
miR-139 994 1000 1a HSA-MIR-139brain ucuacagugcacgugucu
mir-218 607 614 1A，M8 hsa-miR-218brain UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU
mir-22 795 801 M8 hsa-miR-22brain Aagcugccaguugaagaacugu
miR-377 38 44 1a HSA-MIR-377 aucacacaaaggaacuuuuugu
miR-381 650 657 1A，M8 HSA-MIR-381 uauacaagggcaagcucucugu
mir-9 44 50 M8 HSA-MIR-9SZ UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA