Gene Page:SEMA5A

概括?
基因 9037
Symbol SEMA5A
Synonyms SEMAF|semF
Description semaphorin 5A
Reference MIM:609297|HGNC:HGNC:10736|Ensembl:ENSG00000112902|HPRD:10219|Vega:OTTHUMG00000090501
Gene type protein-coding
Map location 5p15.2
Pascal p-value 0.289
Fetal beta -0.614
DMG 1 (# studies)
eGene 元

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations 与神经相关关键字的命中：3

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) Beta (dis) FDR (dis) Study
cg04555220 5 9546695 SEMA5A 4.824E-4 -0.502 0.046 DMG:Wockner_2014


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
死神:胎儿(13 -26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

No co-expressed genes in brain regions


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0008046 axon guidance receptor activity IEA axon (GO term level: 6) -
GO:0004872 receptor activity IEA -
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007411 axon guidance IEA axon (GO term level: 13) -
GO:0007399 nervous system development TAS neurite (GO term level: 5) 9464278
GO:0001569 patterning of blood vessels IEA -
GO:0007155 cell adhesion TAS 9049630
GO:0007267 cell-cell signaling TAS 9464278
GO:0007275 multicellular organismal development IEA -
GO:0030154 cell differentiation IEA -
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0016020 membrane IEA -
GO：0016021 integral to membrane IEA -
GO:0043231 intracellular membrane-bounded organelle IDA 18029348

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
KEGG AXON GUIDANCE 129 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME DEVELOPMENTAL BIOLOGY 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AXON GUIDANCE 251 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME OTHER SEMAPHORIN INTERACTIONS 15 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SEMAPHORIN INTERACTIONS 68 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERTUCCI MEDULLARY VS DUCTAL BREAST CANCER DN 169 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WATANABE COLON CANCER MSI VS MSS DN 81 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEMNITZ RESPONSE TO PROSTAGLANDIN E2 DN 391 222 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAVICIONI MOLECULAR ARMS VS ERMS UP 332 228 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN NPM1 SIGNATURE 3 UP 341 197 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIDUS METASTASIS DN 161 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOZGIT ESR1 TARGETS UP 149 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAHTOLA MYCOSIS FUNGOIDES SKIN UP 177 113 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIARADONNA NEOPLASTIC TRANSFORMATION KRAS CDC25 UP 58 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PATIL LIVER CANCER 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 COMMON DN 483 336 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOHANKUMAR TLX1 TARGETS DN 193 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM5 94 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS DN 848 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS DN 1024 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 TARGETS 2 UP 256 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMITH LIVER CANCER 45 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 16HR DN 86 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WESTON VEGFA TARGETS 6HR 59 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 24HR DN 148 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WESTON VEGFA TARGETS 108 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 18HR DN 178 121 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU GH1 AUTOCRINE TARGETS UP 268 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GENTILE UV LOW DOSE DN 67 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG BREAST CANCER PROGENITORS UP 425 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LABBE WNT3A TARGETS DN 97 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLUM RESPONSE TO SALIRASIB DN 342 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALONSO METASTASIS UP 198 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUIZ TNC TARGETS UP 153 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEN METABOLIC SYNDROM NETWORK 1210 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP A 898 516 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 ETS融合DN的Miyagawa目标 229 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS DN 553 343 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LE NEURONAL DIFFERENTIATION DN 19 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIEG HYPOXIA NOT VIA KDM3A 770 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOSCO ALLERGEN INDUCED TH2 ASSOCIATED MODULE 151 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIM MAMMARY STEM CELL UP 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA ECM附属 171 89 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA MATRISOME ASSOCIATED 753 411 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA MATRISOME 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-124/506 6062 6068 m8 hsa-miR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124brain UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-155 1076 1083 1A,m8 hsa-miR-155 UUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGG
miR-203.1 112 118 1A hsa-miR-203 UGAAAUGUUUAGGACCACUAG
hsa-miR-203 UGAAAUGUUUAGGACCACUAG
miR-24 214 220 1A hsa-miR-24SZ UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG
miR-369-3p 7774 7781 1A,m8 hsa-miR-369-3p AAUAAUACAUGGUUGAUCUUU
mir-374 7775 7781 m8 hsa-miR-374 UUAUAAUACAACCUGAUAAGUG
mir-378 6178 6184 1A hsa-miR-378 CUCCUGACUCCAGGUCCUGUGU