Gene Page:SMC3
Summary？
| 基因 | 9126 |
| 象征 | SMC3 |
| Synonyms | BAM | BMH | CDLS3 | CSPG6 | HCAP | SMC3L1 |
| Description | 染色体的结构维护3 |
| Reference | MIM：606062|HGNC:HGNC:2468|Ensembl:ENSG00000108055|HPRD：05829|Vega：Otthumg0000000019042 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 10Q25 |
| Pascal p-value | 0.049 |
| Sherlock p-value | 0.411 |
| 胎儿β | 2.154 |
| 主持人 | Myers' cis & trans |
| Support | g2cdb.humanpsd G2CDB.HUMANPSP |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias | 点击显示详细信息 |
| Network | Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network | PPI网络中最短路径的贡献：0.6061 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
EQTL注释
EQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | pvalue | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS2083927 | CHR3 | 66884108 | SMC3 | 9126 | 0.05 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| lingo1 | 0.93 | 0.94 |
| DMWD | 0.89 | 0.89 |
| McOLN1 | 0.89 | 0.88 |
| FAM160A2 | 0.89 | 0.89 |
| CACNB3 | 0.88 | 0.89 |
| EPN1 | 0.88 | 0.89 |
| GSK3A | 0.88 | 0.89 |
| APBB1 | 0.87 | 0.89 |
| clip3 | 0.87 | 0.87 |
| DLGAP4 | 0.87 | 0.87 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| MT-CO2 | -0.68 | -0.63 |
| AF347015.31 | -0.67 | -0.62 |
| AF347015.21 | -0.67 | -0.67 |
| AF347015.8 | -0.67 | -0.63 |
| AL139819.3 | -0.66 | -0.67 |
| AF347015.33 | -0.66 | -0.60 |
| mt-cyb | -0.66 | -0.61 |
| AF347015.27 | -0.65 | -0.63 |
| AF347015.26 | -0.64 | -0.59 |
| AP002478.3 | -0.64 | -0.65 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0000166 | nucleotide binding | IEA | - | |
| GO:0003777 | 微管运动活动 | nas | 11590136 | |
| 去：0005524 | ATP binding | IEA | - | |
| GO：0016887 | ATPase activity | IEA | - | |
| GO：0046982 | 蛋白质异二聚化活性 | IPI | 11590136 | |
| GO:0045502 | 动力蛋白结合 | 艾达 | 11590136 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0006281 | DNA repair | IEA | - | |
| GO:0007165 | 信号转导 | 艾达 | 12651860 | |
| GO:0007049 | cell cycle | IEA | - | |
| 去：0007062 | 姐妹染色单体凝聚力 | nas | 11590136 | |
| 去：0007067 | mitosis | TAS | 9506951 | |
| 去：0007126 | meiosis | 艾达 | 12498344 | |
| GO:0009294 | DNA介导的转化 | TAS | 10801778 | |
| 去：0007052 | 有丝分裂主轴组织 | IEP | 11590136 | |
| 去：0051301 | 细胞分裂 | IEA | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0000800 | 横向元素 | IEA | - | |
| GO：0000922 | 主轴杆 | 艾达 | 11590136 | |
| 去：0005604 | basement membrane | TAS | 9015313 | |
| 去：0005634 | nucleus | TAS | 9506951 | |
| 去：0005694 | chromosome | IEA | - | |
| 去：0005737 | cytoplasm | 艾达 | 11590136 | |
| 去：0008278 | cohesin complex | nas | 9506951 | |
| GO：0016363 | nuclear matrix | 艾达 | 11590136 |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| CASP4 | 冰（Rel）II |ICEREL-II |ICH-2 |mih1/tx |TX | caspase 4，与凋亡相关的半胱氨酸肽酶 | Affinity Capture-MS | Biogrid | 17353931 |
| CDK4 | CMM3 |MGC14458 |PSK-J3 | 细胞周期蛋白依赖性激酶4 | Affinity Capture-MS | Biogrid | 17353931 |
| HDAC2 | RPD3 |yaf1 | histone deacetylase 2 | 共纯化 | Biogrid | 12198550 |
| KIFAP3 | FLJ22818 |kap3 |smap |SMG-GDS |DJ190I16.1 | 运动蛋白相关蛋白3 | - | HPRD,BioGRID | 9506951 |
| MAGED1 | DLXIN-1 |nrage | melanoma antigen family D, 1 | Affinity Capture-MS | Biogrid | 17353931 |
| MXD1 | 疯狂|Mad1 |MGC104659 | 最大二聚化蛋白1 | 重构的复合物 Two-hybrid |
Biogrid | 9528857 |
| MXD3 | mad3 |MGC2383 |BHLHC13 | 最大二聚化蛋白3 | 重构的复合物 Two-hybrid |
Biogrid | 9528857 |
| MXD4 | Mad4 |MST149 |MSTP149 |BHLHC12 | 最大二聚化蛋白4 | 重构的复合物 Two-hybrid |
Biogrid | 9528857 |
| MXI1 | MAD2 | MGC43220 | MXD2 | MXI | bHLHc11 | 最大互动器1 | 重构的复合物 Two-hybrid |
Biogrid | 9528857 |
| NEK6 | SID6-1512 | NIMA（从不在有丝分裂基因A）相关激酶6 | Affinity Capture-MS | Biogrid | 17353931 |
| numa1 | numa | nuclear mitotic apparatus protein 1 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11590136 |
| rec8 | HR21SPB |MGC950 |rec8l1 |REC8P | rec8homolog (yeast) | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 12759374 |
| Smarca5 | ISWI |snf2h |WCRF135 |HISWI |HSNF2H | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 5 | 共纯化 | Biogrid | 12198550 |
| SMC1A | CDLS2 |DKFZP686L19178 |DXS423E |KIAA0178 |MGC138332 |SB1.8 |SMC1 |SMC1L1 |smc1alpha |SMCB | 染色体的结构维护1a | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 9789013|11590136 |11877376|12759374 |
| SMC1A | CDLS2 |DKFZP686L19178 |DXS423E |KIAA0178 |MGC138332 |SB1.8 |SMC1 |SMC1L1 |smc1alpha |SMCB | 染色体的结构维护1a | - | HPRD | 9789013|11076961 |
| SMC1B | FLJ43748 |smc1beta |SMC1L2 |BK268H5 |BK268H5.5 | 染色体的结构维护1B | - | HPRD | 11564881|12759374 |15125634 |
| Stag1 | DKFZP781D1416 |SA1 | 基质抗原1 | 共纯化 | Biogrid | 11076961 |
| Sycp3 | cor1 |MGC71888 |scp3 | 突触核复合蛋白3 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 12759374 |
| 塔布 | M40 |MGC117247 |MGC16435 |OK/SW-CL.56 |tubb1 |tubb5 | tubulin, beta | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11590136 |