Gene Page:CD3E
Summary？
| 基因 | 916 |
| 象征 | CD3E |
| Synonyms | IMD18 | T3E | TCRE |
| Description | CD3E分子 |
| Reference | MIM:186830|HGNC：HGNC：1674|ENSEMBL：ENSG00000198851|HPRD：08923|Vega:OTTHUMG00000166968 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 11Q23 |
| Pascal p-value | 0.036 |
| 胎儿β | 0.047 |
| DMG | 1 (# studies) |
| 主持人 | Myers' cis & trans |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Vaneijk_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 | 3 |
| GSMA_I | Genome scan meta-analysis | Psr: 0.006 | |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中：1 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
差异甲基化基因| Probe | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG07728874 | 11 | 118213272 | CD3E | 6.1E-5 | -5.331 | DMG：Vaneijk_2014 | |
| CG24841244 | 11 | 118213330 | CD3E | 7.77E-5 | -5.77 | DMG：Vaneijk_2014 | |
| CG24612198 | 11 | 118175631 | CD3E | 1.39E-5 | -6.459 | DMG：Vaneijk_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | pvalue | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs621071 | CHR1 | 182682810 | CD3E | 916 | 0.11 | 反式 | ||
| RS2190759 | CHR17 | 55794698 | CD3E | 916 | 0.19 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| extl1 | 0.71 | 0.67 |
| MAST3 | 0.70 | 0.63 |
| ANXA11 | 0.69 | 0.68 |
| EPB49 | 0.68 | 0.61 |
| Synpo | 0.68 | 0.66 |
| KCNK1 | 0.68 | 0.67 |
| DGKZ | 0.68 | 0.65 |
| ADRB1 | 0.67 | 0.59 |
| CAMK2A | 0.67 | 0.67 |
| rasal1 | 0.67 | 0.63 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| tubb2b | -0.43 | -0.52 |
| GTF3C6 | -0.43 | -0.47 |
| FAM36A | -0.43 | -0.46 |
| C9orf46 | -0.43 | -0.54 |
| BCL7C | -0.42 | -0.57 |
| DYNLT1 | -0.42 | -0.61 |
| KIAA1949 | -0.42 | -0.47 |
| EXOSC8 | -0.42 | -0.53 |
| PDE9A | -0.42 | -0.52 |
| YBX1 | -0.42 | -0.50 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005057 | 受体信号蛋白活性 | TAS | 1370449 | |
| 去：0004888 | 跨膜受体活性 | nas | 9485181 | |
| GO：0017124 | SH3域结合 | IPI | 12110186 | |
| GO:0030159 | 受体信号复杂支架活性 | nas | 9886373 | |
| GO：0042608 | T cell receptor binding | nas | 11186279 | |
| GO：0019901 | protein kinase binding | nas | 12110186 | |
| GO：0046982 | 蛋白质异二聚化活性 | IPI | 9485181 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007186 | G蛋白偶联受体蛋白信号通路 | TAS | 8530500 | |
| 去：0007172 | signal complex assembly | TAS | 8490660 | |
| 去：0006461 | protein complex assembly | nas | 9886373 | |
| GO：0042981 | 调节凋亡 | nas | 12567487 | |
| GO:0042110 | T细胞激活 | nas | 12110186 | |
| 去:0042102 | positive regulation of T cell proliferation | IMP | 12110186 | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去:0042101 | T细胞受体复合物 | nas | 突触（GO期限：8） | 9485181 |
| 去：0009897 | external side of plasma membrane | 艾达 | 11390434 | |
| 去：0005886 | plasma membrane | 经验 | 11048639|11827988|15489916 |17652306 |
|
| 去：0005886 | plasma membrane | 艾达 | 11390434 | |
| 去：0005887 | integral to plasma membrane | nas | 9485181 |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| CD247 | CD3-Zeta |CD3H |CD3Q |CD3Z |T3z |TCRZ | CD247molecule | - | HPRD | 9485181 |
| CD3EAP | ASE-1 |铸造|MGC118851 |PAF49 | CD3E分子，Epsilon相关蛋白 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 重构的复合物 |
Biogrid | 10373416 |
| CD3G | CD3-gamma |FLJ17620 |FLJ17664 |FLJ79544 |FLJ94613 |MGC138597 |T3G | CD3G分子，伽马（CD3-TCR复合物） | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 9582308 |
| CD79B | B29 |IGB | CD79B分子，免疫球蛋白相关β | - | HPRD | 7541024 |
| JAK3 | JAK-3 | JAK3_HUMAN | JAKL | L-JAK | LJAK | Janus kinase 3 (a protein tyrosine kinase, leukocyte) | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11349123 |
| LCK | yt16 |p56lck |pp58lck | 淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶 | - | HPRD | 11855827 |
| NCK1 | MGC12668 |NCK |nckalpha | NCK adaptor protein 1 | 重构的复合物 | Biogrid | 12110186 |
| NCK2 | grb4 |NCKBETA | NCK adaptor protein 2 | - | HPRD,BioGRID | 12110186 |
| NCL | C23 | FLJ45706 | 核苷 | 重构的复合物 | Biogrid | 11115514 |
| PIK3R1 | GRB1 | p85 | p85-ALPHA | 磷酸肌醇3-激酶，调节亚基1（alpha） | - | HPRD,BioGRID | 9312149|11689561 |11855827 |
| SHC1 | FLJ26504 | SHC | SHCA | SHC（SRC同源性2结构域）转化蛋白1 | - | HPRD | 11855827 |
| Syk | dkfzp313n1010 |FLJ25043 |FLJ37489 | 脾酪氨酸激酶 | 重构的复合物 | Biogrid | 7761456 |
| top2b | topiib |top2beta | 拓扑异构酶（DNA）II Beta 180KDA | - | HPRD,BioGRID | 8626450 |
| TRA@ | FLJ22602 | MGC117436 | MGC22624 | MGC23964 | MGC71411 | TCRA | TCRD | TRA | T cell receptor alpha locus | - | HPRD | 9485181 |
| ZAP70 | FLJ17670 |FLJ17679 |SRK |std |tzk |ZAP-70 | Zeta链（TCR）相关蛋白激酶70KDA | 重构的复合物 | Biogrid | 7761456 |
| ZAP70 | FLJ17670 |FLJ17679 |SRK |std |tzk |ZAP-70 | Zeta链（TCR）相关蛋白激酶70KDA | - | HPRD | 11855827 |