Gene Page:CD247

概括？
GeneID 919
象征 CD247
Synonyms CD3-Zeta | CD3H | CD3Q | CD3Z | IMD25 | T3Z | TCRZ
Description CD247 molecule
Reference MIM:186780|HGNC：HGNC：1677|Ensembl:ENSG00000198821|HPRD:01729|Vega:OTTHUMG00000034593
基因类型 蛋白质编码
Map location 1q24.2
Sherlock p-value 0.696
胎儿β -0.317
DMG 1(# studies)
主持人 Myers' cis & trans

数据源中的基因
基因集名称 Method of gene set Description 信息
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:vanEijk_2014 全基因组DNA甲基化分析 This dataset includes 432 differentially methylated CpG sites corresponding to 391 unique transcripts between schizophrenia patients (n=260) and unaffected controls (n=250). 1
GO_Annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 支安打与neuro-related关键词:1

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@Differentially methylated gene

Probe 染色体 位置 Nearest gene p（dis） Beta (dis) fdr（dis） 学习
CG09554443 1 167487762 CD247 0.004 -4.422 DMG:vanEijk_2014

@eQTL annotation

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID pvalue QVALUE TSS距离 EQTL类型
rs13375406 CHR1 95606304 CD247 919 0.13 反式
rs16838771 CHR1 157511227 CD247 919 7.906E-5 反式
RS16856639 CHR1 166116296 CD247 919 0.15 反式
RS973381 CHR1 166121317 CD247 919 0.15 反式
RS1538755 CHR1 210893874 CD247 919 0.13 反式
rs825935 CHR2 4808721 CD247 919 0.19 反式
rs825932 CHR2 4811625 CD247 919 0.07 反式
rs16865228 CHR2 6629622 CD247 919 0.1 反式
RS16865230 CHR2 6630187 CD247 919 0.1 反式
RS11691188 CHR2 6631799 CD247 919 0.1 反式
RS3755119 CHR2 53957339 CD247 919 0.05 反式
rs17045286 CHR2 54049393 CD247 919 3.687E-4 反式
rs10202944 CHR2 72257857 CD247 919 0.15 反式
rs7602648 CHR2 104661176 CD247 919 0.03 反式
rs6708612 CHR2 148165722 CD247 919 0.17 反式
rs6729020 CHR2 189064719 CD247 919 0.13 反式
snp_a-2186147 0 CD247 919 0.02 反式
RS6803351 CHR3 17336986 CD247 919 0 反式
RS11916205 CHR3 17392363 CD247 919 0 反式
rs17043486 CHR3 17399005 CD247 919 0 反式
RS17029249 CHR3 17416384 CD247 919 0 反式
RS10510474 CHR3 17417495 CD247 919 0 反式
RS17043623 CHR3 17478890 CD247 919 0 反式
rs11128830 CHR3 17481727 CD247 919 0 反式
RS4378948 0 CD247 919 0.12 反式
rs11927611 CHR3 17848434 CD247 919 0 反式
RS6793958 CHR3 17853055 CD247 919 2.217E-10 反式
rs17044072 CHR3 17854496 CD247 919 0.01 反式
rs17044097 CHR3 17889750 CD247 919 0 反式
rs17044102 CHR3 17889838 CD247 919 0.03 反式
rs4591529 CHR3 32330610 CD247 919 0.15 反式
rs7626782 0 CD247 919 0.03 反式
RS2600956 CHR3 132624112 CD247 919 0.12 反式
RS1452144 CHR3 132627627 CD247 919 0.12 反式
rs7635430 CHR3 180152035 CD247 919 0.11 反式
RS1291259 0 CD247 919 0 反式
rs17005625 CHR4 141141923 CD247 919 0.09 反式
rs17005641 CHR4 141152656 CD247 919 0.04 反式
rs10026641 CHR4 183431866 CD247 919 0 反式
RS11723043 CHR4 189507117 CD247 919 0.04 反式
RS4702089 CHR5 15640330 CD247 919 0.08 反式
RS4702104 CHR5 15746397 CD247 919 0.01 反式
rs17138463 CHR5 115286058 CD247 919 0.07 反式
rs17138468 CHR5 115288423 CD247 919 0.05 反式
rs10519531 CHR5 117332352 CD247 919 2.702E-10 反式
rs6867333 CHR5 117339065 CD247 919 0.05 反式
rs17736846 CHR5 169133824 CD247 919 0.02 反式
RS9503329 CHR6 2894607 CD247 919 0 反式
RS17458000 CHR6 151384414 CD247 919 0 反式
RS1321606 CHR6 153545278 CD247 919 0.17 反式
rs163007 CHR6 155726495 CD247 919 0.15 反式
RS7760005 CHR6 156850663 CD247 919 0.02 反式
RS11983989 CHR7 46351006 CD247 919 0.09 反式
RS17172680 CHR7 46362331 CD247 919 0.09 反式
RS17172688 CHR7 46396563 CD247 919 0.09 反式
RS11978272 CHR7 80119689 CD247 919 0.2 反式
RS17163613 CHR7 90764256 CD247 919 6.475e-5 反式
rs17684427 CHR7 122482976 CD247 919 0.15 反式
rs7796458 CHR7 154873701 CD247 919 0.13 反式
RS1474448 CHR8 16353122 CD247 919 0.09 反式
rs4737205 CHR8 65995897 CD247 919 0.19 反式
rs17495371 0 CD247 919 0 反式
RS17495754 CHR8 82152549 CD247 919 0.08 反式
RS7813477 CHR8 85144311 CD247 919 0.06 反式
RS4878586 Chr9 27810413 CD247 919 0.05 反式
RS1410577 Chr9 90283060 CD247 919 0.18 反式
rs4742740 Chr9 101524552 CD247 919 0.07 反式
RS4743277 Chr9 101557528 CD247 919 0.06 反式
rs11252838 CHR10 4972173 CD247 919 0.01 反式
RS16933426 CHR10 78113005 CD247 919 2.036E-5 反式
RS16933436 CHR10 78118247 CD247 919 0.18 反式
RS16933437 CHR10 78118689 CD247 919 0.18 反式
RS16933467 CHR10 78141332 CD247 919 0.18 反式
RS10885916 CHR10 118118819 CD247 919 0.04 反式
RS11199540 CHR10 122530843 CD247 919 0.02 反式
rs2459087 CHR10 123821264 CD247 919 0.01 反式
rs11016704 CHR10 128989145 CD247 919 0.17 反式
RS6486418 0 CD247 919 3.568E-4 反式
rs12292520 CHR11 48086150 CD247 919 0.05 反式
RS17789481 CHR11 48110042 CD247 919 0.2 反式
RS11220020 CHR11 125183479 CD247 919 0.09 反式
RS10878919 CHR12 69521979 CD247 919 5.246E-4 反式
RS7136572 CHR12 95959787 CD247 919 6.866e-9 反式
RS935031 CHR12 96861369 CD247 919 0.12 反式
rs10848152 CHR12 131062467 CD247 919 0 反式
RS11061005 CHR12 131063527 CD247 919 0 反式
rs7989474 CHR13 29113187 CD247 919 0.16 反式
rs1335797 CHR13 64425435 CD247 919 1.019E-5 反式
rs17115591 CHR14 45262026 CD247 919 0.13 反式
rs12588364 CHR14 79411335 CD247 919 0.12 反式
rs11159388 CHR14 79417713 CD247 919 0.12 反式
rs11159390 CHR14 79424474 CD247 919 0.12 反式
RS10147554 CHR14 89902966 CD247 919 0.13 反式
RS11623367 CHR14 89924832 CD247 919 0 反式
RS8026736 CHR15 45364871 CD247 919 0.14 反式
rs10518880 CHR15 70491974 CD247 919 0.02 反式
rs7180781 CHR15 78455354 CD247 919 0.13 反式
RS17135416 CHR16 1645744 CD247 919 0.17 反式
RS4780835 CHR16 19985287 CD247 919 0.12 反式
rs7198149 CHR16 57920460 CD247 919 0.03 反式
RS7197514 CHR16 65652629 CD247 919 0.01 反式
RS16944062 CHR16 76272616 CD247 919 0.01 反式
RS16942128 CHR17 45764234 CD247 919 0.15 反式
rs12968895 CHR18 19650706 CD247 919 0.13 反式
RS9304469 CHR18 22169423 CD247 919 0.06 反式
rs17187821 CHR18 22209158 CD247 919 0.05 反式
rs17785402 CHR20 5173471 CD247 919 0.06 反式
rs2830443 CHR21 28109967 CD247 919 0.16 反式
RS6586271 CHR21 44362641 CD247 919 0.03 反式
RS12627758 CHR22 29382830 CD247 919 0.03 反式
RS16989337 CHR22 32025054 CD247 919 0.13 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
SECTM1 0.64 0.27
C19orf35 0.63 0.43
KISS1R 0.62 0.21
PTGER1 0.57 0.42
smoc2 0.56 0.54
AC011500.2 0.54 0.31
C1orf133 0.54 0.39
p2ry1 0.54 0.27
RXRG 0.52 0.33
FAM40B 0.51 0.36
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
C18orf8 -0.44 -0.58
GTDC1 -0.43 -0.47
Garnl3 -0.42 -0.52
CABYR -0.41 -0.58
ZNF30 -0.40 -0.56
CBARA1 -0.40 -0.53
SFXN3 -0.40 -0.51
DYNC1I1 -0.39 -0.48
RNF8 -0.39 -0.51
RAD51C -0.39 -0.42

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0004888 跨膜受体活性 IEA -
去：0005515 蛋白质结合 IEA -
GO：0042803 蛋白质同构化活性 nas 12110186
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0007166 cell surface receptor linked signal transduction IEA -
GO:0044419 interspecies interaction between organisms IEA -
Cellular component 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0042101 T细胞受体复合物 IDA 突触（GO期限：8） 8176201
去：0005737 cytoplasm IDA 11390434
GO:0016020 membrane IEA -
GO:0016021 膜不可或缺 IEA -
去：0005886 plasma membrane EXP 11048639|11827988|15489916
|17652306
去：0005886 plasma membrane IDA 1390434|11390434
GO:0042105 alpha-beta T cell receptor complex IEA -

Section IV. Protein-protein interaction annotation

互动者 别名b 官方全名b 实验 Source PubMed ID
atxn2 ATX2 | FLJ46772 | SCA2 | TNRC13 ataxin 2 亲和力捕获 - 韦斯特恩 Biogrid 9575182
CD2 SRBC |T11 CD2molecule - HPRD 8977276
CD247 CD3-Zeta |CD3H |CD3Q |CD3Z |T3z |TCRZ CD247 molecule - HPRD 2845582
CD28 MGC138290 |TP44 CD28分子 - HPRD 8760790
CD3D CD3-Delta |T3D CD3d molecule, delta (CD3-TCR complex) - HPRD 9485181
CD3E FLJ18683 |T3e |TCRE CD3E分子，Epsilon（CD3-TCR复合物） - HPRD 9485181
CD5 LEU1 | T1 CD5分子 - HPRD 1385158
CSK MGC117393 c-src tyrosine kinase - HPRD 9172452
DOCK2 FLJ46592 | KIAA0209 细胞因子2 - HPRD,BioGRID 12176041
GAB2 KIAA0571 GRB2-associated binding protein 2 - HPRD,BioGRID 11572860
JAK3 JAK-3 | JAK3_HUMAN | JAKL | L-JAK | LJAK Janus kinase 3 (a protein tyrosine kinase, leukocyte) - HPRD,BioGRID 11349123
ly6e RIG-E | RIGE | SCA-2 | SCA2 | TSA-1 淋巴细胞抗原6复合物，基因座E - HPRD 9575182
NCR1 CD335 |ly94 |NK-P46 |NKP46 天然细胞毒性触发受体1 - HPRD,BioGRID 9625766
NCR3 1C7 | CD337 | LY117 | MALS | NKp30 天然细胞毒性触发受体3 - HPRD 12731048
ptprc B220 |CD45 |CD45R |GP180 |LCA |ly5 |T200 蛋白酪氨酸磷酸酶，受体类型，C - HPRD,BioGRID 7526385
SH2B3 celiac13 |lnk SH2B适配器蛋白3 - HPRD 10799879
SHC1 FLJ26504 | SHC | SHCA SHC（SRC同源性2结构域）转化蛋白1 - HPRD 8656061
SLA Sla1 |拍击 Src-like-adaptor - HPRD,BioGRID 10449770
Sla2 C20orf156 | FLJ21992 | MGC49845 | SLAP-2 | SLAP2 Src-like-adaptor 2 - HPRD,BioGRID 11891219
Stat5A MGF | STAT5 signal transducer and activator of transcription 5A - HPRD,BioGRID 9880255
Stat5B Stat5 signal transducer and activator of transcription 5B - HPRD,BioGRID 9880255
TFRC CD71 |TFR |TFR1 |trfr 转铁蛋白受体（P90，CD71） - HPRD 9448136
tirap FLJ42305 |mal |怀亚特 toll-interleukin 1 receptor (TIR) domain containing adaptor protein - HPRD 11572860
TRA@ FLJ22602 | MGC117436 | MGC22624 | MGC23964 | MGC71411 | TCRA | TCRD | TRA T cell receptor alpha locus - HPRD 2138083
trat1 HSPC062 |TCRIM |修剪 T cell receptor associated transmembrane adaptor 1 - HPRD 9687533|11390434
trat1 HSPC062 |TCRIM |修剪 T cell receptor associated transmembrane adaptor 1 - HPRD,BioGRID 11390434
UNC119 HRG4 unc-119 homolog (C. elegans) - HPRD,BioGRID 14757743
ZAP70 FLJ17670 |FLJ17679 |SRK |std |tzk |ZAP-70 Zeta链（TCR）相关蛋白激酶70KDA - HPRD 8366117


Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
kegg天然杀伤细胞介导的细胞毒性 137 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG T CELL RECEPTOR SIGNALING PATHWAY 108 89 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta CSK途径 24 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta CTL途径 15 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
生物核心凋亡途径 11 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta IL17途径 17 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA IL12 PATHWAY 23 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta TCRA途径 13 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA NO2IL12 PATHWAY 17 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta TOB1途径 21 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA STATHMIN PATHWAY 19 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA TCR PATHWAY 49 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA TCYTOTOXIC PATHWAY 14 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta thper Pathway 14 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta CTLA4途径 21 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID TCR途径 66 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IL12 2PATHWAY 63 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CD8 TCR途径 53 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CXCR4 PATHWAY 102 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID HIV NEF PATHWAY 35 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CD8 TCR下游途径 65 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IL12 STAT4途径 33 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME IMMUNOREGULATORY INTERACTIONS BETWEEN A LYMPHOID AND A NON LYMPHOID CELL 70 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome TCR信号传导 54 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome下游TCR信号传导 37 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PHOSPHORYLATION OF CD3 AND TCR ZETA CHAINS 16 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZAP 70向免疫突触的Reactome易位 14 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome生成第二信使分子 27 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome PD1信号传导 18 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CD28家族的Reactome共刺激 63 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome HIV感染 207 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HOST INTERACTIONS OF HIV FACTORS 132 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME THE ROLE OF NEF IN HIV1 REPLICATION AND DISEASE PATHOGENESIS 28 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME IMMUNE SYSTEM 933 616 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ADAPTIVE IMMUNE SYSTEM 539 350 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAATINEN HEMATOPOIETIC STEM CELL DN 226 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pujana ATM PCC网络 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MATSUDA NATURAL KILLER DIFFERENTIATION 475 313 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Moreira对TSA DN的响应 18 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHLINGEMANN SKIN CARCINOGENESIS TPA DN 29 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王顺铂响应和XPC向上 202 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID乳腺癌腔B DN 564 326 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌正常 476 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee区分T淋巴细胞 200 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Finak乳腺癌SDPP签名 26 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mikkelsen ES ICP与H3K4Me3 718 401 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENGUPTA EBNA1 ANTICORRELATED 173 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bruins通过TP53组A的UVC响应 898 516 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KASLER HDAC7 TARGETS 1 UP 194 133 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Roessler肝癌转移 107 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

mirna家族 Target position miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-214 410 416 M8 hsa-miR-214brain ACAGCAGGCACAGACAGGCAG