基因Page:LRRFIP1

概括?
基因ID 9208
Symbol LRRFIP1
同义词 FLAP-1|FLAP1|FLIIAP1|GCF-2|GCF2|HUFI-1|TRIP
描述 leucine rich repeat (in FLII) interacting protein 1
参考 MIM：603256|HGNC：HGNC：6702|Ensembl:ENSG00000124831|HPRD:04460|Vega：Otthumg00000133339
基因type protein-coding
地图位置 2q37.3
Pascal P值 0.252
Sherlock P值 0.598
Fetal beta 0.657
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 2
PMID:cooccur 高通量文献搜索 系统搜索PubMed的基因co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
Expression 基因表达的荟萃分析 Pvalue: 1.613
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg22734058 2 238578491 LRRFIP1 9.96E-6 0.679 0.013 DMG:Wockner_2014
cg20732367 2 238601467 LRRFIP1 2.118E-4 -0.358 0.036 DMG:Wockner_2014

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs9306764 chrX 22142353 LRRFIP1 9208 0.01 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
VCP 0.96 0.96
SEC31A 0.95 0.96
DDB1 0.95 0.96
DLSTP 0.95 0.94
CHMP7 0.95 0.96
PSMD3 0.95 0.94
EDC3 0.95 0.95
KIAA0406 0.94 0.95
KIAA1967 0.94 0.95
CSNK2A1 0.94 0.95
Top 10 negatively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
MT-CO2 -0.84 -0.91
AF347015.31 -0.84 -0.90
AF347015.33 -0.83 -0.89
AF347015.27 -0.83 -0.90
AF347015.8 -0.82 -0.90
MT-CYB -0.81 -0.88
FXYD1 -0.81 -0.88
AF347015.21 -0.78 -0.92
AF347015.15 -0.78 -0.87
AF347015.2 -0.78 -0.88

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0003674 molecular_function ND -
GO:0003677 DNA binding IEA -
去：0003725 double-stranded RNA binding 塔斯 9671805
GO:0005515 protein binding 新闻学会 9671805
GO:0016564 转录阻遏活性 NAS 9705290
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006357 调节RNA聚合酶II启动子的转录 塔斯 9705290
GO:0008150 生物_Process ND -
GO:0016481 negative regulation of transcription NAS 9705290
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005856 cytoskeleton 塔斯 9671805
GO:0005575 cellular_component ND -
GO:0005634 核 NAS 9705290
GO:0005737 细胞质 塔斯 9671805

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
WANG LMO4 TARGETS UP 372 227 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王攀登目标DN 186 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
奥斯曼膀胱癌 404 246 该途径中的所有SZGR 2.0基因
胶原蛋白凝胶DN中的Oswald造血干细胞 275 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 16D DN 143 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hoebeke淋巴干细胞向上 95 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DITTMER PTHLH TARGETS DN 73 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 TARGETS DN 260 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 2HR UP 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 24HR DN 214 133 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION DN 329 219 该途径中的所有SZGR 2.0基因
多德鼻咽癌 1821 933 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED DN 805 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE EPIDERMIS DN 508 354 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS BREAST CANCER PROGRESSION UP 44 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA FOREVER DN 31 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST TUMORS 324 UP 150 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA UP 536 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTORIATI MDM4 TARGETS NEUROEPITHELIUM UP 176 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martoriati MDM4靶向胎儿肝 227 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU COMMON CANCER GENES 79 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RICKMAN TUMOR DIFFERENTIATED WELL VS POORLY DN 382 224 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT EGF RESPONSE 40 MCF10A 19 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGES TARGETS OF MIR192 AND MIR215 893 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT OK VS DONOR UP 555 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
皮肤伤口dn的嗜中性粒细胞 225 163 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 10 30 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS DN 31 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SARTIPY BLUNTED BY INSULIN RESISTANCE UP 19 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU GH1 AUTOCRINE TARGETS UP 268 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG SMARCE1 TARGETS UP 280 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILD HRAS ONCOGENIC SIGNATURE 261 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
促进耐受巨噬细胞DN 409 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIGGI EWING SARCOMA PROGENITOR DN 191 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE DN 274 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHENG GLIOBLASTOMA PLASTICITY UP 250 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
QI PLASMACYTOMA UP 259 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET LUNG CANCER KRAS UP 491 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
陈肝新陈代谢QTL顺式 93 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG ADULT TISSUE STEM MODULE 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Verhaak胶质母细胞瘤间充质 216 130 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 UP 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP B 549 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PASINI SUZ12 TARGETS DN 315 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PLASARI TGFB1 TARGETS 10HR UP 199 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang 1类由EGF瞬时诱导 516 308 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY 1725年 838 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
let-7/98 621 627 1A HSA-LET-7A脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
HSA-LET-7B脑 UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU
HSA-LET-7C脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU
HSA-LET-7D脑 agagguaguagguugcauagu
HSA-LET-7E脑 UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU
HSA-LET-7F脑 UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU
hsa-miR-98脑 UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU
HSA-LET-7GSZ UGAGGUAGUAGUUUGUACAGU
HSA-LET-7I脑 UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU
miR-132/212 146 153 1A,m8 HSA-MIR-212SZ uaacagucuccagucacgccc
hsa-miR-132脑 uaacagucuacccaugggg
miR-192/215 526 532 m8 hsa-miR-192 CUGACCUAUGAAUUGACAGCC
HSA-MIR-215 AUGACCUAUGAAUUGACAGAC
mir-194 148 154 m8 hsa-miR-194 UGUAACAGCAACUCCAUGUGGA