Gene Page:CD8A
Summary？
| 基因 | 925 |
| 象征 | CD8A |
| Synonyms | CD8|Leu2|MAL|p32 |
| Description | CD8A分子 |
| Reference | MIM:186910|HGNC：HGNC：1706|ENSEMBL：ENSG00000153563|HPRD:01737|Vega:OTTHUMG00000130265 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 2P12 |
| Pascal p-value | 0.004 |
| 胎儿β | -0.25 |
| DMG | 2（＃研究） |
| 主持人 | 小脑 元 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Vaneijk_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 | 3 |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 3 |
| GSMA_I | Genome scan meta-analysis | PSR：0.0004 | |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中：1 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
差异甲基化基因| Probe | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG03318654 | 2 | 87034200 | CD8A | 2.408E-4 | 0.45 | 0.037 | DMG：Wockner_2014 |
| cg02870945 | 2 | 86565124 | CD8A | 6.249E-4 | 11.142 | DMG：Vaneijk_2014 | |
| cg02870945 | 2 | 86565124 | CD8A | 0.003 | 10.047 | DMG：Vaneijk_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| MMP25 | 0.61 | 0.56 |
| KCTD11 | 0.57 | 0.56 |
| DPEP1 | 0.57 | 0.54 |
| NT5DC2 | 0.57 | 0.54 |
| AC006273.1 | 0.56 | 0.51 |
| ISYNA1 | 0.56 | 0.55 |
| COMTD1 | 0.56 | 0.47 |
| PPDPF | 0.56 | 0.46 |
| PVRL2 | 0.56 | 0.51 |
| Rac3 | 0.56 | 0.46 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| ALDOC | -0.43 | -0.45 |
| RGN | -0.42 | -0.47 |
| FBXO2 | -0.42 | -0.44 |
| 我的天啊 | -0.41 | -0.48 |
| C5orf53 | -0.41 | -0.48 |
| CSRP1 | -0.41 | -0.45 |
| CCNI2 | -0.40 | -0.44 |
| SPARCL1 | -0.40 | -0.44 |
| CA2 | -0.39 | -0.47 |
| ANXA11 | -0.39 | -0.44 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 2470098|2493728 | |
| GO：0042288 | MHC class I protein binding | nas | 11131152 | |
| GO：0015026 | coreceptor activity | nas | 11131152 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0002456 | T cell mediated immunity | 国际能源机构 | - | |
| GO:0007169 | 跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号传导途径 | nas | 9830036 | |
| GO:0007166 | cell surface receptor linked signal transduction | 国际能源机构 | - | |
| GO：0019882 | 抗原处理和演示 | nas | 2496167 | |
| 去：0006955 | 免疫反应 | nas | 11131152 | |
| GO:0042110 | T细胞激活 | nas | 9830036 | |
| GO:0050850 | 钙介导的信号传导的阳性调节 | 国际能源机构 | - | |
| GO：0045065 | 细胞毒性T细胞分化 | 国际能源机构 | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO:0042101 | T细胞受体复合物 | nas | 突触（GO期限：8） | 11131152 |
| 去：0005576 | 细胞外区域 | 国际能源机构 | - | |
| 去：0009897 | external side of plasma membrane | 国际能源机构 | - | |
| 去：0005886 | plasma membrane | 国际能源机构 | - | |
| 去：0005887 | integral to plasma membrane | nas | 2496167 |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| CD3D | CD3-Delta |T3D | CD3d molecule, delta (CD3-TCR complex) | - | HPRD,BioGRID | 12215456 |
| CD59 | 16.3A5 |1f5 |EJ16 |EJ30 |EL32 |FLJ38134 |FLJ92039 |G344 |HRF-20 |HRF20 | MAC-IP | MACIF | MEM43 | MGC2354 | MIC11 | MIN1 | MIN2 | MIN3 | MIRL | MSK21 | p18-20 | CD59分子，补体调节蛋白 | 重构的复合物 | Biogrid | 1377690 |
| CD8A | CD8 |Leu2 |mal |p32 | CD8A分子 | 共晶结构 共定位 |
Biogrid | 8127870|9550407 |
| CD8A | CD8 |Leu2 |mal |p32 | CD8A分子 | - | HPRD | 8127870|10809759 |
| CD8B | CD8B1 | LYT3 | Leu2 | Ly3 | MGC119115 | CD8B分子 | - | HPRD,BioGRID | 3145195|9550407 |10623829|10809759 |
| HLA-A | HLAA | 主要组织相容性复合体、类我A | - | HPRD,BioGRID | 9177355|10809759 | 10809759 |
| HLA-B | AS |HLA-B-7301 |HLA-B73 |hlab |HLAC |SPDA1 | 主要组织相容性复合体、类我B | - | HPRD,BioGRID | 9331948|10809759 | 10809759 |
| HLA-C | D6S204 |FLJ27082 |HLA-CW |HLA-CW12 |HLA-JY3 |HLC-C |psors1 | 主要组织相容性复合体、类我C | - | HPRD,BioGRID | 10809759 |
| HLA-E | DKFZp686P19218 | EA1.2 | EA2.1 | HLA-6.2 | MHC | QA1 | 主要组织相容性复合体、类我E | - | HPRD | 10809759 |
| HLA-G | MHC-G | 主要的组织相容性复合物，I类，G | - | HPRD | 1908512|10843658 | 10809759 |
| HLA-G | MHC-G | 主要的组织相容性复合物，I类，G | in vivo 重构的复合物 |
Biogrid | 1908512|10809759 |10843658 |
| 拉特 | 拉特1 | pp36 | 激活T细胞的接头 | - | HPRD | 10562325 |
| LGALS1 | DKFZp686E23103 | GAL1 | GBP | 凝集素，半乳糖苷结合，可溶性，1 | - | HPRD,BioGRID | 10490978 |
| ptprc | B220 |CD45 |CD45R |GP180 |LCA |ly5 |T200 | 蛋白酪氨酸磷酸酶，受体类型，C | - | HPRD,BioGRID | 1834739 |
| SFRS12 | DKFZp564B176 | MGC133045 | SRrp508 | SRrp86 | splicing factor, arginine/serine-rich 12 | - | HPRD | 14559993 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | Target position | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-186 | 151 | 157 | 1a | HSA-MIR-186 | caaagaauuuugggcuu |