基因页:Cyth2
概括?
基因 | 9266 |
象征 | Cyth2 |
同义词 | arno | cts18 | cts18.1 | pscd2 | pscd2l | sec7l | sec7p-l | sec7p类似 |
描述 | 细胞嵌素2 |
参考 | MIM:602488|HGNC:HGNC:9502|ENSEMBL:ENSG00000105443|HPRD:03925|Vega:Otthumg00000150245 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 19q13.33 |
Pascal P值 | 0.454 |
Sherlock P值 | 0.848 |
胎儿β | 0.866 |
DMG | 1(#研究) |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 1 |
网络 | 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 | PPI网络中最短路径的贡献:0.0089 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG24083067 | 19 | 48972665 | Cyth2 | 7.94e-5 | -0.54 | 0.025 | DMG:Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/CYTH2_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23岁)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
npy1r | 0.74 | 0.59 |
C1orf62 | 0.72 | 0.59 |
LMO4 | 0.72 | 0.55 |
TAL2 | 0.68 | 0.57 |
npnt | 0.66 | 0.52 |
rasgef1c | 0.65 | 0.66 |
RPRM | 0.65 | 0.63 |
PTX3 | 0.64 | 0.57 |
STK32B | 0.63 | 0.54 |
PPP1R14C | 0.63 | 0.61 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
REEP6 | -0.43 | -0.42 |
TSC22D4 | -0.39 | -0.42 |
AIFM3 | -0.39 | -0.42 |
AF347015.27 | -0.39 | -0.49 |
HLA-F | -0.39 | -0.39 |
RHBDL3 | -0.39 | -0.47 |
hepn1 | -0.38 | -0.41 |
Renbp | -0.38 | -0.43 |
克鲁 | -0.38 | -0.39 |
AF347015.33 | -0.38 | -0.49 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005086 | ARF鸟苷核苷酸交换因子活性 | IEA | - | |
去:0005086 | ARF鸟苷核苷酸交换因子活性 | 塔斯 | 9417041 | |
去:0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 14654833|16415858 | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006897 | 内吞作用 | 塔斯 | 9417041 | |
去:0030036 | 肌动蛋白细胞骨架组织 | 塔斯 | 9417041 | |
GO:0032012 | 调节ARF蛋白信号转导 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005622 | 细胞内 | IEA | - | |
去:0005624 | 膜分数 | 塔斯 | 9417041 | |
去:0005886 | 质膜 | 塔斯 | 9417041 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Biocarta ARAP途径 | 18 | 13 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PID ARF6途径 | 35 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PID PI3KCI途径 | 49 | 40 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PID ARF 3 Pathway | 19 | 13 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
GAZDA钻石黑芬贫血红斑dn | 493 | 298 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
迪亚兹慢性巨态性白血病 | 1382 | 904 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Senese HDAC1靶向DN | 260 | 143 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
EWSR1 FLII融合DN的Kinsey目标 | 329 | 219 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ENK UV响应角质形成细胞 | 530 | 342 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔卡拉凋亡 | 88 | 60 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
buytaert光动力疗法压力 | 811 | 508 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath Myc Max目标 | 775 | 494 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath循环基因 | 648 | 385 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Petretto血压DN | 7 | 6 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans | 882 | 572 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
村上紫外线响应6小时 | 37 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Verrecchia对TGFB1 C2的反应 | 25 | 18 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Verrecchia对TGFB1的早期反应 | 58 | 43 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bild MYC致癌签名 | 206 | 117 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krige对Tosedostat 6小时的反应 | 953 | 554 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krige对Tosedostat的反应24小时 | 783 | 442 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
由MYC约束 | 1103 | 714 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
村上紫外线响应1小时DN | 10 | 8 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
惠特菲尔德细胞周期G2 | 182 | 102 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bakker FOXO3靶向DN | 187 | 109 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
FEVR CTNNB1靶向 | 682 | 433 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krieg缺氧不是通过KDM3A | 770 | 480 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang击倒第二个EGF脉冲 | 293 | 119 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang仅通过第一egf脉冲瞬时向上 | 1839年 | 928 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-28 | 114 | 120 | M8 | HSA-MIR-28脑 | Aaggagcucacagucuauugag |