概括
基因 9348
象征 NDST3
同义词 HSST3
描述 N-二乙酰基酶/N-硫代转移酶3
参考 MIM:603950|HGNC:HGNC:7682|ENSEMBL:ENSG00000164100|Vega:Otthumg00000132959
基因类型 蛋白质编码
地图位置 4Q26
Pascal P值 3.839E-4
Sherlock P值 0.785
胎儿β -0.434
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历:Gwascat 全基因组关联研究 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。
CV:GWASDB 全基因组关联研究 精神分裂症的GWASDB记录
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
表达 基因表达的荟萃分析 p价值:1.959
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 点击显示详细信息

第一节遗传学和表观遗传学注释

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS17029291 CHR3 32402138 NDST3 9348 8.465e-6 反式
RS830202 CHR3 165654796 NDST3 9348 0.19 反式
RS7894597 Chr10 9384581 NDST3 9348 0.13 反式
RS1324669 CHR13 107872446 NDST3 9348 0.07 反式
RS17145698 Chrx 40218345 NDST3 9348 0.14 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
LPAR6 0.74 0.68
Ly96 0.74 0.60
AL050337.1 0.71 0.52
AL138743.2 0.70 0.57
CGRRF1 0.70 0.68
Spdya 0.69 0.34
ACOT13 0.69 0.70
IMMP1L 0.68 0.69
mtcp1nb 0.68 0.66
SCRG1 0.68 0.59
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
tnks1bp1 -0.54 -0.55
myo18a -0.52 -0.48
FAM129B -0.52 -0.61
clip2 -0.52 -0.53
CADM4 -0.51 -0.52
SMG6 -0.51 -0.49
PHACTR3 -0.50 -0.48
DHX37 -0.50 -0.51
WDR81 -0.50 -0.47
SUPT6H -0.50 -0.47

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0016787 水解酶活性 IEA -
GO:0016740 转移酶活性 IEA -
去:0008146 硫代转移酶活性 IEA -
去:0015016 [硫酸乙酰肝素] - 葡萄糖胺N-硫代转移酶活性 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0000139 高尔基膜 IEA -
去:0005794 高尔基体 IEA -
去:0016020 IEA -
GO:0016021 膜不可或缺 IEA -

V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
KEGG糖胺聚糖生物合成乙par硫酸盐 26 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome HS GAG生物合成 31 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome硫酸乙酰肝素肝素HS GAG代谢 52 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome糖胺聚糖代谢 111 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
碳水化合物的反应组代谢 247 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Iwanaga癌变由Kras Pten DN 353 226 该途径中的所有SZGR 2.0基因