Gene Page:ITM2B

概括?
基因 9445
Symbol ITM2B
Synonyms ABRI|BRI|BRI2|BRICD2B|E25B|E3-16|FBD|RDGCA|imBRI2
Description integral membrane protein 2B
Reference MIM:603904|HGNC:HGNC:6174|HPRD:04878|
Gene type protein-coding
Map location 13q14.3
Pascal p-value 0.02
Sherlock p-value 0.816
Fetal beta -1.92
Support COMPOSITESET

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DNM：Fromer_2014 Whole Exome Sequencing analysis This study reported a WES study of 623 schizophrenia trios, reporting DNMs using genomic DNA.
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations 与神经相关的关键字的命中：1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@DNM table

Gene Chromosome Position Ref Alt Transcript AA change Mutation type 筛 CG46 Trait Study
ITM2B chr13 48830432 T TGAA NM_021999 . codon-insertion 精神分裂症 DNM：Fromer_2014


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
死神:胎儿(13 - 26 postconception周),ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
STX5 0.93 0.92
DHPS 0.93 0.93
ARMC6 0.92 0.92
DCTN2 0.92 0.92
PSMD3 0.92 0.92
TINF2 0.92 0.91
RPUSD4 0.91 0.92
DEDD 0.91 0.91
ACTR1A 0.91 0.91
PRMT1 0.91 0.90
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.33 -0.76 -0.84
AF347015.8 -0.76 -0.85
MT-CO2 -0.76 -0.82
MT-CYB -0.75 -0.83
AF347015.27 -0.75 -0.83
AF347015.31 -0.75 -0.81
AF347015.26 -0.74 -0.86
AF347015.15 -0.74 -0.83
AF347015.2 -0.72 -0.81
HEPN1 -0.69 -0.76

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005515 protein binding IEA -
GO:0005524 ATP binding IEA -
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007399 nervous system development TAS neurite (GO term level: 5) 10391242
GO:0006917 induction of apoptosis IEA -
GO:0007605 声音的感官感知 IEA -
GO:0006915 凋亡 IEA -
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000139 Golgi membrane IEA -
GO:0005794 Golgi apparatus IEA -
去：0016020 membrane IEA -
GO：0016021 integral to membrane IEA -

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
REACTOME AMYLOIDS 83 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA TUMOR ZONE PERIPHERAL VS CENTRAL DN 634 384 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEMNITZ RESPONSE TO PROSTAGLANDIN E2 DN 391 222 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX FOXO1融合的Davicioni目标 255 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CASORELLI ACUTE PROMYELOCYTIC LEUKEMIA UP 177 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG CLIM2 TARGETS DN 186 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PROVENZANI METASTASIS DN 136 94 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE UP 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA DN 394 258 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LUI THYROID CANCER PAX8 PPARG DN 45 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LUI甲状腺癌簇3 28 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LUI TARGETS OF PAX8 PPARG FUSION 34 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 UP 309 199 该途径中的所有SZGR 2.0基因
约翰逊脑癌早期与晚期DN 45 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SPIELMAN LYMPHOBLAST EUROPEAN VS ASIAN DN 584 395 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 48HR UP 487 286 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GNATENKO PLATELET SIGNATURE 48 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEPARD BMYB MORPHOLINO UP 205 126 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK DN 546 351 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PARK HSC AND MULTIPOTENT PROGENITORS 50 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI WILMS TUMOR VS FETAL KIDNEY 1 UP 182 119 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU RESPONSE TO TRETINOIN UP 16 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IGLESIAS E2F TARGETS UP 151 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAAB FAILED HEART ATRIUM DN 141 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LU AGING BRAIN DN 153 120 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE DN 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RESPONSE TO TRABECTEDIN UP 71 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHLINGEMANN SKIN CARCINOGENESIS TPA DN 29 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAZARD RESPONSE TO UV SCC UP 123 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR UP 953 554 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR UP 783 442 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAVIN FOXP3 TARGETS CLUSTER T7 98 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHENG BOUND BY FOXP3 491 310 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED 1022 619 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 UNSTIMULATED 1229 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bonome卵巢癌的生存率不佳 31 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bonome卵巢癌的生存次优秀 510 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOCHKIS FOXA2 TARGETS 425 261 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RAY TUMORIGENESIS BY ERBB2 CDC25A DN 159 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG TUMOR INVASIVENESS DN 210 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLEBREKERS SILENCED DURING TUMOR ANGIOGENESIS 80 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOLDRATH ANTIGEN RESPONSE 346 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAGI AML WITH T 8 21 TRANSLOCATION 368 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG REGULATED BY MYC DN 253 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG RESPONSE TO H2O2 VIA ERCC6 DN 46 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KARLSSON TGFB1 TARGETS DN 207 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KASLER HDAC7 TARGETS 1 DN 17 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS UP 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY TARGETS OF CTBP1 NOT SATB1 DN 448 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMIRNOV RESPONSE TO IR 6HR UP 166 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-143 128 135 1A,m8 hsa-miR-143brain UGAGAUGAAGCACUGUAGCUCA
miR-224 372 379 1A,m8 HSA-MIR-224 CAAGUCACUAGUGGUUCCGUUUA
miR-324-3p 67 73 1A HSA-MIR-324-3P CCACUGCCCCAGGUGCUGCUGG
miR-452 105 111 1A hsa-miR-452 UguuugcaggaaacugagaC
mir-496 95 101 m8 hsa-miR-496 AUUACAUGGCCAAUCUC
miR-9 680 687 1A,m8 hsa-miR-9SZ UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA