概括
基因 9497
象征 SLC4A7
同义词 nbc2 | nbc3 | nbcn1 | sbc2 | slc4a6
描述 Solute Carrier家族4成员7
参考 MIM:603353|HGNC:HGNC:11033|Ensembl:ENSG0000000033867|HPRD:04521|Vega:Otthumg00000155679
基因类型 蛋白质编码
地图位置 3P22
Pascal P值 0.468
Sherlock P值 0.002
胎儿β 2.227
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR:0.006
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中:1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS4568931 Chr10 107612555 SLC4A7 9497 0.2 反式
RS12302525 CHR12 89726424 SLC4A7 9497 0.18 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
inpp5a 0.81 0.54
Bspry 0.80 0.37
KCTD17 0.79 0.57
PCP4 0.79 0.51
HRH3 0.77 0.53
TMPRSS6 0.76 0.40
TMEM90A 0.73 0.54
0.73 0.52
AC005512.1 0.70 0.43
rasd2 0.70 0.55
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
mpped1 -0.21 -0.05
AC132872.1 -0.21 -0.18
GPR22 -0.21 -0.04
Neurod6 -0.21 -0.06
DPP4 -0.20 -0.03
klhl1 -0.20 0.05
EMX1 -0.20 -0.08
Dact1 -0.20 0.05
PRDM8 -0.20 0.01
RBMX2 -0.20 -0.17

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0005515 蛋白质结合 IPI 17353931
去:0005452 无机阴离子交换器活动 IEA -
去:0005215 转运蛋白活性 IEA -
去:0008509 阴离子跨膜转运蛋白活性 IEA -
去:0008510 钠:碳酸氢盐分类蛋白活性 nas 10347222
GO:0015293 分类者活动 IEA -
GO:0031402 钠离子结合 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0006820 阴离子运输 IEA -
去:0006814 钠离子运输 IEA -
GO:0015701 碳酸氢盐运输 nas 10347222
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0042995 细胞投影 IEA Axon(GO术语级别:4) -
GO:0016021 膜不可或缺 nas 10347222
去:0005886 质膜 IEA -
GO:0016323 基底外侧质膜 IEA -
GO:0016324 顶质膜 IEA -

V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
小分子的反应组跨膜转运 413 270 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome SLC介导的跨膜运输 241 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
无机阳离子阴离子和氨基酸寡肽的反应组转运 94 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
加兹达钻石黑芬贫血髓样骨髓 30 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Huttmann B Cll生存不良DN 60 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ginestier乳腺癌20q13扩增 119 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gargalovic对氧化磷脂的反应绿松石 79 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gargalovic对氧化磷脂的反应绿色 23 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德里格甲状腺癌的分化不佳 633 376 该途径中的所有SZGR 2.0基因
lastowska神经母细胞瘤副本编号dn 800 473 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU HGF信令不通过Akt1 48hr向上 35 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dauer Stat3靶向 49 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3公共DN 483 336 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Spielman淋巴细胞欧洲vs亚洲 479 299 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nuytten EZH2靶向DN 1024 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
buytaert光动力疗法压力 811 508 该途径中的所有SZGR 2.0基因
鲍德温·普拉奇(Baldwin Prkci)瞄准 35 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mori成熟B淋巴细胞向上 90 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LE EGR2目标 108 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Okumura炎症反应LPS 183 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
彭谷氨酰胺剥夺DN 337 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Haslinger B Cll,带有11q23删除 23 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ramalho Stemness 206 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wang Smarce1靶向DN 371 218 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿尔茨海默氏症疾病 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ABE VEGFA目标 20 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU GH1外源目标DN 120 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Durchdewald皮肤致癌DN 264 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
促进耐受巨噬细胞DN 409 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌基础DN 701 446 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIN NPAS4靶向DN 68 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SEKI炎症反应LPS 77 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Goldrath抗原反应 346 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
陈代谢综合征网络 1210 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Tavazoie转移 108 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI假足趋化性DN 457 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
米利假足型haptotaxis dn 668 419 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Jison Sickle细胞疾病DN 181 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML带有Inv 16易位 422 277 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stambolsky对维生素D3的反应 84 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dutertre雌二醇反应24小时DN 505 328 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pilon KLF1靶向DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
棕熊UVC响应迟到 1137 655 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 ETS融合DN的Miyagawa目标 229 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STAT3的Azare肿瘤转化 121 70 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1靶向DN 553 343 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ewsr1 fli1融合DN的TORCHIA目标 321 200 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TERAO AOX4靶向皮肤 38 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CTBP1和SATB1 DN的Purbey目标 180 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ikeda mir30目标 116 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kohoutek CCNT2目标 58 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ERBB2同工型的Pedersen转移7 403 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ERBB2的611CTF同工型的PEDERSEN目标 76 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
前列腺癌模型中的Acevedo FGFR1靶标 289 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang仅通过第二EGF脉冲瞬时向上 1725年 838 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
Let-7/98 2417 2423 1a HSA-LET-7A ugagguaguaguauauaguu
HSA-LET-7B ugagguaguagguuguguguguu
HSA-LET-7C ugagguaguagguuguaugguu
HSA-LET-7D agagguaguagguugcauagu
HSA-LET-7E ugagguaggagguuauauagu
HSA-LET-7F ugagguagauuguauauaguu
HSA-MIR-98 ugagguaaguuguauuguu
HSA-LET-7GSZ ugagguaguuguuguacagu
HSA-LET-7I ugagguaguugugugugugcugu
mir-124.1 2369 2376 1A,M8 HSA-MIR-124A UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
mir-124/506 2369 2375 1a HSA-MIR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-137 4019 4025 1a HSA-MIR-137 uauugcuuaagaauacgcguag
mir-15/16/195/424/497 1908年 1915年 1A,M8 HSA-MIR-15A uagcagcacauaugguugug
HSA-MIR-16 uagcagcacguaaauauuggcg
HSA-MIR-15B uagcagcacaucaugguuaca
HSA-MIR-195SZ uagcagaaaaauauuggc
HSA-MIR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
HSA-MIR-497 cagcagcacacuguguuugu
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 2479 2485 M8 HSA-MIR-17-5P caaagugcuuacugcagguagu
HSA-MIR-20A uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ caaagugcuugugcagguag
HSA-MIR-519D caaagugccucccuuuagugugu
mir-182 2876 2882 M8 HSA-MIR-182 uuuggcaaugguagaacucaca
mir-183 1199 1205 1a HSA-MIR-183 uauggcacugguagaauucacug
mir-26 2183 2189 M8 HSA-MIR-26A Uucaaguaauccaggauaggc
HSA-MIR-26BSZ uucaaguaauucaggauagguu
mir-30-5p 2597 2604 1A,M8 HSA-MIR-30A-5P uguaaaacauccuccugagaag
HSA-MIR-30C uguaaacauccuacucucucucucagc
HSA-MIR-30DSZ uguaaacauccccgacuggaag
HSA-MIR-30BSZ uguaaacauccuaccucucagcu
HSA-MIR-30E-5P uguaaacauccuugacugga
mir-34/449 1196 1203 1A,M8 HSA-MIR-34A uggcaguguuaguguguuuu
HSA-MIR-34C Aggcaguguaguagcugauugc
HSA-MIR-449 uggcaguguauuguagcuggu
HSA-MIR-449B Aggcaguguauuguuagcuggc
mir-363 2426 2432 1a HSA-MIR-363 auugcacgguauccaucuguaa
mir-410 3768 3774 1a HSA-MIR-410 aauauaacacagauggcugu
mir-486 2008 2014 1a HSA-MIR-486 uccuguacugagcugcccccgag
mir-500 2424 2431 1A,M8 HSA-MIR-500 augcaccuggggaggagauucug
mir-503 1909年 1915年 1a HSA-MIR-503 uagcagcgggaacaguucugcag