基因页:SLC4A7
概括?
基因 | 9497 |
象征 | SLC4A7 |
同义词 | nbc2 | nbc3 | nbcn1 | sbc2 | slc4a6 |
描述 | Solute Carrier家族4成员7 |
参考 | MIM:603353|HGNC:HGNC:11033|Ensembl:ENSG0000000033867|HPRD:04521|Vega:Otthumg00000155679 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 3P22 |
Pascal P值 | 0.468 |
Sherlock P值 | 0.002 |
胎儿β | 2.227 |
主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR:0.006 | |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中:1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS4568931 | Chr10 | 107612555 | SLC4A7 | 9497 | 0.2 | 反式 | ||
RS12302525 | CHR12 | 89726424 | SLC4A7 | 9497 | 0.18 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
inpp5a | 0.81 | 0.54 |
Bspry | 0.80 | 0.37 |
KCTD17 | 0.79 | 0.57 |
PCP4 | 0.79 | 0.51 |
HRH3 | 0.77 | 0.53 |
TMPRSS6 | 0.76 | 0.40 |
TMEM90A | 0.73 | 0.54 |
啊 | 0.73 | 0.52 |
AC005512.1 | 0.70 | 0.43 |
rasd2 | 0.70 | 0.55 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
mpped1 | -0.21 | -0.05 |
AC132872.1 | -0.21 | -0.18 |
GPR22 | -0.21 | -0.04 |
Neurod6 | -0.21 | -0.06 |
DPP4 | -0.20 | -0.03 |
klhl1 | -0.20 | 0.05 |
EMX1 | -0.20 | -0.08 |
Dact1 | -0.20 | 0.05 |
PRDM8 | -0.20 | 0.01 |
RBMX2 | -0.20 | -0.17 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 17353931 | |
去:0005452 | 无机阴离子交换器活动 | IEA | - | |
去:0005215 | 转运蛋白活性 | IEA | - | |
去:0008509 | 阴离子跨膜转运蛋白活性 | IEA | - | |
去:0008510 | 钠:碳酸氢盐分类蛋白活性 | nas | 10347222 | |
GO:0015293 | 分类者活动 | IEA | - | |
GO:0031402 | 钠离子结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006820 | 阴离子运输 | IEA | - | |
去:0006814 | 钠离子运输 | IEA | - | |
GO:0015701 | 碳酸氢盐运输 | nas | 10347222 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0042995 | 细胞投影 | IEA | Axon(GO术语级别:4) | - |
GO:0016021 | 膜不可或缺 | nas | 10347222 | |
去:0005886 | 质膜 | IEA | - | |
GO:0016323 | 基底外侧质膜 | IEA | - | |
GO:0016324 | 顶质膜 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
小分子的反应组跨膜转运 | 413 | 270 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome SLC介导的跨膜运输 | 241 | 157 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
无机阳离子阴离子和氨基酸寡肽的反应组转运 | 94 | 65 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
加兹达钻石黑芬贫血髓样骨髓 | 30 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Huttmann B Cll生存不良DN | 60 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ginestier乳腺癌20q13扩增 | 119 | 66 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gargalovic对氧化磷脂的反应绿松石 | 79 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gargalovic对氧化磷脂的反应绿色 | 23 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
罗德里格甲状腺癌的分化不佳 | 633 | 376 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
lastowska神经母细胞瘤副本编号dn | 800 | 473 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
XU HGF信令不通过Akt1 48hr向上 | 35 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Dauer Stat3靶向 | 49 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Dacosta UV响应通过ERCC3 DN | 855 | 609 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Dacosta UV响应通过ERCC3公共DN | 483 | 336 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Spielman淋巴细胞欧洲vs亚洲 | 479 | 299 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nuytten EZH2靶向DN | 1024 | 594 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
buytaert光动力疗法压力 | 811 | 508 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
鲍德温·普拉奇(Baldwin Prkci)瞄准 | 35 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mori成熟B淋巴细胞向上 | 90 | 62 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
LE EGR2目标 | 108 | 75 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Okumura炎症反应LPS | 183 | 115 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
彭谷氨酰胺剥夺DN | 337 | 230 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Haslinger B Cll,带有11q23删除 | 23 | 18 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Ramalho Stemness | 206 | 118 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Wang Smarce1靶向DN | 371 | 218 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ABE VEGFA目标 | 20 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
XU GH1外源目标DN | 120 | 69 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Durchdewald皮肤致癌DN | 264 | 168 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
促进耐受巨噬细胞DN | 409 | 268 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Smid乳腺癌基础DN | 701 | 446 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
LIN NPAS4靶向DN | 68 | 48 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
SEKI炎症反应LPS | 77 | 56 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Goldrath抗原反应 | 346 | 192 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
陈代谢综合征网络 | 1210 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Tavazoie转移 | 108 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
MILI假足趋化性DN | 457 | 302 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
米利假足型haptotaxis dn | 668 | 419 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Jison Sickle细胞疾病DN | 181 | 97 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yagi AML带有Inv 16易位 | 422 | 277 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Stambolsky对维生素D3的反应 | 84 | 48 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Dutertre雌二醇反应24小时DN | 505 | 328 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Pilon KLF1靶向DN | 1972年 | 1213 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
棕熊UVC响应迟到 | 1137 | 655 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
EWSR1 ETS融合DN的Miyagawa目标 | 229 | 135 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
STAT3的Azare肿瘤转化 | 121 | 70 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
FEVR CTNNB1靶向DN | 553 | 343 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ewsr1 fli1融合DN的TORCHIA目标 | 321 | 200 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
TERAO AOX4靶向皮肤 | 38 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
CTBP1和SATB1 DN的Purbey目标 | 180 | 116 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ikeda mir30目标 | 116 | 87 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kohoutek CCNT2目标 | 58 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB2同工型的Pedersen转移7 | 403 | 240 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB2的611CTF同工型的PEDERSEN目标 | 76 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
前列腺癌模型中的Acevedo FGFR1靶标 | 289 | 184 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang仅通过第二EGF脉冲瞬时向上 | 1725年 | 838 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
Let-7/98 | 2417 | 2423 | 1a | HSA-LET-7A脑 | ugagguaguaguauauaguu |
HSA-LET-7B脑 | ugagguaguagguuguguguguu | ||||
HSA-LET-7C脑 | ugagguaguagguuguaugguu | ||||
HSA-LET-7D脑 | agagguaguagguugcauagu | ||||
HSA-LET-7E脑 | ugagguaggagguuauauagu | ||||
HSA-LET-7F脑 | ugagguagauuguauauaguu | ||||
HSA-MIR-98脑 | ugagguaaguuguauuguu | ||||
HSA-LET-7GSZ | ugagguaguuguuguacagu | ||||
HSA-LET-7I脑 | ugagguaguugugugugugcugu | ||||
mir-124.1 | 2369 | 2376 | 1A,M8 | HSA-MIR-124A | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
mir-124/506 | 2369 | 2375 | 1a | HSA-MIR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga |
HSA-MIR-124脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
mir-137 | 4019 | 4025 | 1a | HSA-MIR-137 | uauugcuuaagaauacgcguag |
mir-15/16/195/424/497 | 1908年 | 1915年 | 1A,M8 | HSA-MIR-15A脑 | uagcagcacauaugguugug |
HSA-MIR-16脑 | uagcagcacguaaauauuggcg | ||||
HSA-MIR-15B脑 | uagcagcacaucaugguuaca | ||||
HSA-MIR-195SZ | uagcagaaaaauauuggc | ||||
HSA-MIR-424 | Cagcagcaauucauguuuugaa | ||||
HSA-MIR-497 | cagcagcacacuguguuugu | ||||
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D | 2479 | 2485 | M8 | HSA-MIR-17-5P | caaagugcuuacugcagguagu |
HSA-MIR-20A脑 | uaaagugcuuauagugcagguag | ||||
HSA-MIR-106A | aaaagugcuuacugugcagguagc | ||||
HSA-MIR-106BSZ | uaaagugcugacagugcagau | ||||
HSA-MIR-20BSZ | caaagugcuugugcagguag | ||||
HSA-MIR-519D | caaagugccucccuuuagugugu | ||||
mir-182 | 2876 | 2882 | M8 | HSA-MIR-182 | uuuggcaaugguagaacucaca |
mir-183 | 1199 | 1205 | 1a | HSA-MIR-183 | uauggcacugguagaauucacug |
mir-26 | 2183 | 2189 | M8 | HSA-MIR-26A脑 | Uucaaguaauccaggauaggc |
HSA-MIR-26BSZ | uucaaguaauucaggauagguu | ||||
mir-30-5p | 2597 | 2604 | 1A,M8 | HSA-MIR-30A-5P | uguaaaacauccuccugagaag |
HSA-MIR-30C脑 | uguaaacauccuacucucucucucagc | ||||
HSA-MIR-30DSZ | uguaaacauccccgacuggaag | ||||
HSA-MIR-30BSZ | uguaaacauccuaccucucagcu | ||||
HSA-MIR-30E-5P | uguaaacauccuugacugga | ||||
mir-34/449 | 1196 | 1203 | 1A,M8 | HSA-MIR-34A脑 | uggcaguguuaguguguuuu |
HSA-MIR-34C | Aggcaguguaguagcugauugc | ||||
HSA-MIR-449 | uggcaguguauuguagcuggu | ||||
HSA-MIR-449B | Aggcaguguauuguuagcuggc | ||||
mir-363 | 2426 | 2432 | 1a | HSA-MIR-363 | auugcacgguauccaucuguaa |
mir-410 | 3768 | 3774 | 1a | HSA-MIR-410 | aauauaacacagauggcugu |
mir-486 | 2008 | 2014 | 1a | HSA-MIR-486 | uccuguacugagcugcccccgag |
mir-500 | 2424 | 2431 | 1A,M8 | HSA-MIR-500 | augcaccuggggaggagauucug |
mir-503 | 1909年 | 1915年 | 1a | HSA-MIR-503 | uagcagcgggaacaguucugcag |