基因页:Adamts3
概括?
基因 | 9508 |
象征 | Adamts3 |
同义词 | Adamts-4 |
描述 | Adam金属肽酶,具有血小板素1型基序3 |
参考 | MIM:605011|HGNC:HGNC:219|ENSEMBL:ENSG00000156140|HPRD:06893|Vega:Otthumg00000129912 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 4Q13.3 |
Pascal P值 | 0.037 |
TADA P值 | 0.017 |
胎儿β | -0.658 |
DMG | 2(#研究) |
主持人 | 额叶皮质BA9 |
支持 | COMPOSITESET Ascano FMRP目标 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 2 |
DMG:Nishioka_2013 | 全基因组DNA甲基化分析 | 作者研究了来自18例第一期精神分裂症(FESZ)和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。 | 2 |
DNM:Fromer_2014 | 整个外显子组测序分析 | 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究,该研究使用基因组DNA报告了DNM。 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
DNM表
基因 | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA更改 | 突变类型 | 筛 | CG46 | 特征 | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Adamts3 | CHR4 | 73156717 | C | t | NM_014243 | p.929r> h | 错过 | 精神分裂症 | DNM:Fromer_2014 |
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG13643796 | 4 | 73434209 | Adamts3 | -0.022 | 0.27 | DMG:Nishioka_2013 | |
CG19475535 | 4 | 73434780 | Adamts3 | 1.18e-8 | -0.014 | 4.88e-6 | DMG:JAFFE_2016 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/ADAMTS3_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
USP48 | 0.94 | 0.95 |
ZNF638 | 0.94 | 0.95 |
ZNF655 | 0.93 | 0.93 |
SENP6 | 0.92 | 0.94 |
ZC3H11A | 0.91 | 0.94 |
ZC3H7A | 0.91 | 0.93 |
RBL2 | 0.91 | 0.92 |
TOPBP1 | 0.91 | 0.93 |
UBA6 | 0.91 | 0.94 |
MORC3 | 0.91 | 0.92 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
AF347015.31 | -0.79 | -0.83 |
MT-CO2 | -0.78 | -0.82 |
ifi27 | -0.77 | -0.83 |
AF347015.21 | -0.77 | -0.84 |
AF347015.27 | -0.76 | -0.79 |
AF347015.8 | -0.76 | -0.81 |
FXYD1 | -0.75 | -0.80 |
higd1b | -0.75 | -0.82 |
AF347015.33 | -0.74 | -0.77 |
mt-cyb | -0.74 | -0.78 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Reactome细胞外基质组织 | 87 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome胶原蛋白形成 | 58 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Huttmann B Cll生存不佳 | 276 | 187 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
deurig t细胞促进性白血病 | 368 | 234 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
roversi神经胶质瘤区域 | 44 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Buytaert光动力疗法应力DN | 637 | 377 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Ferreira Ewings肉瘤不稳定与稳定 | 167 | 92 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
康(Kang)由tert dn永生 | 102 | 67 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yagi AML Fab标记 | 191 | 131 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Browne HCMV感染20小时 | 240 | 152 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Browne HCMV感染16小时 | 225 | 139 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
kyng DNA损坏紫外线 | 62 | 43 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kyng DNA损坏 | 226 | 164 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
riggi ewing肉瘤祖先 | 430 | 288 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
mir15a和mir16 1的Bonci目标 | 91 | 75 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Hinata NFKB靶向成纤维细胞 | 84 | 60 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
陈代谢综合征网络 | 1210 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lee BMP2靶向DN | 882 | 538 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krieg缺氧不是通过KDM3A | 770 | 480 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NABA ECM监管机构 | 238 | 125 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NABA女性相关 | 753 | 411 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NABA矩阵 | 1028 | 559 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |