基因页:NRG2
概括?
基因 | 9542 |
象征 | NRG2 |
同义词 | don1 | hrg2 | ntak |
描述 | Neuregulin 2 |
参考 | MIM:603818|HGNC:HGNC:7998|ENSEMBL:ENSG00000158458|HPRD:04821| |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 5q31.2 |
Pascal P值 | 0.032 |
胎儿β | 0.448 |
DMG | 2(#研究) |
支持 | 神经营养蛋白信号传导 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 2 |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 2 |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
协会 | 组合的优势比方法(Sun等。2008),协会研究 | 1 | 链接到Szgene |
GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR:0.0032 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG15992535 | 5 | 139228150 | NRG2 | 5.466E-4 | 1.142 | 0.049 | DMG:Wockner_2014 |
CG27152280 | 5 | 139423077 | NRG2 | 3.81E-9 | -0.008 | 2.4e-6 | DMG:JAFFE_2016 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/NRG2_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
UNK | 0.90 | 0.93 |
Men1 | 0.89 | 0.92 |
U2AF2 | 0.88 | 0.91 |
班普 | 0.88 | 0.90 |
NUP62 | 0.88 | 0.93 |
CCDC97 | 0.88 | 0.92 |
MTA1 | 0.88 | 0.90 |
DVL3 | 0.88 | 0.91 |
MAP3K7IP1 | 0.88 | 0.91 |
ttyh3 | 0.87 | 0.92 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
AF347015.31 | -0.72 | -0.87 |
MT-CO2 | -0.71 | -0.87 |
AF347015.27 | -0.70 | -0.86 |
AF347015.33 | -0.69 | -0.83 |
C5orf53 | -0.69 | -0.76 |
mt-cyb | -0.69 | -0.84 |
S100B | -0.68 | -0.79 |
FXYD1 | -0.67 | -0.81 |
AF347015.8 | -0.67 | -0.85 |
AF347015.21 | -0.65 | -0.88 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0008083 | 生长因子活性 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007165 | 信号转导 | 塔斯 | 9168114|9168115 | |
去:0009790 | 胚胎发展 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005576 | 细胞外区域 | IEA | - | |
GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - | |
去:0005886 | 质膜 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
kegg erbb信号通路 | 87 | 71 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Biocarta AGR途径 | 36 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PID ERBB4途径 | 38 | 32 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PID ERBB2 ERBB3途径 | 44 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PID ERBB网络途径 | 15 | 13 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB4的Reactome信号传导 | 90 | 67 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB2 ERBB3信号的反应组下调 | 12 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB2的Reactome信号传导 | 101 | 78 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB2信号中的Reactome GRB2事件 | 22 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB4信号中的Reactome PI3K事件 | 38 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB4信号中的Reactome SHC1事件 | 20 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB2信号中的Reactome PI3K事件 | 44 | 34 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB4的Reactome核信号传导 | 38 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Odonnell TFRC靶向 | 456 | 228 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
周的炎症反应fima | 544 | 308 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Perez TP53目标 | 1174 | 695 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PUJANA BRCA1 PCC网络 | 1652 | 1023 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Pujana ATM PCC网络 | 1442 | 892 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
洛佩兹MBD目标 | 957 | 597 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
pasqualucci淋巴瘤通过GC阶段 | 283 | 177 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
维萨拉衰老淋巴细胞DN | 19 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
黑川肝癌早期复发 | 12 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
gregory合成致死与伊马替尼 | 145 | 83 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NABA分泌因素 | 344 | 197 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NABA女性相关 | 753 | 411 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NABA矩阵 | 1028 | 559 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-129-5p | 155 | 161 | M8 | HSA-MIR-129脑 | cuuuuugcgguggggcuugc |
HSA-MIR-129-5P | cuuuuugcgguggggcuugcu | ||||
mir-450 | 155 | 161 | 1a | HSA-MIR-450 | uuuuugcgauguuccuaaua |