基因页：GABBR2

概括?
基因ID 9568
Symbol GABBR2
同义词 gababr2 | gpr51 | gprc3b | hg20 | hrihfb2099
描述 B型氨基丁酸B受体亚基2
参考 MIM:607340|HGNC：HGNC：4507|Ensembl:ENSG00000136928|HPRD：09552|Vega:OTTHUMG00000020345
基因type protein-coding
地图位置 9Q22.1-Q22.3
Pascal P值 9.933e-6
Sherlock P值 0.976
Fetal beta -2.048
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 LIGAND GATED ION SIGNALING
G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSESUS
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSENSUS
G2Cdb.humanPSD
G2Cdb.humanPSP
COMPOSITESET
Darnell FMRP targets
Potential synaptic genes

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 高通量文献搜索 Co-occurance与Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias Click to show details
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 3

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg07903918 9 101471986 GABBR2 2.1E-4 -0.535 0.035 DMG:Wockner_2014

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
rs9571716 chr13 67711344 GABBR2 9568 0.19 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
IGSF3 0.94 0.96
XPR1 0.94 0.96
BCL11A 0.94 0.88
AFF3 0.94 0.92
MLLT4 0.94 0.95
NFYA 0.93 0.91
EML1 0.93 0.92
GPR12 0.92 0.92
ITSN1 0.92 0.89
TBR1 0.92 0.80
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
SERPINB6 -0.67 -0.77
C5orf53 -0.64 -0.80
HLA-F -0.63 -0.80
hepn1 -0.62 -0.78
TSC22D4 -0.62 -0.83
TNFSF12 -0.62 -0.68
AIFM3 -0.62 -0.78
HSD17B14 -0.62 -0.81
S100B -0.61 -0.87
FXYD1 -0.61 -0.91

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0004965 GABA-B receptor activity 塔斯 GABA, glutamate (GO term level: 7) 10328880
去：0004872 receptor activity IEA -
去：0004930 G蛋白偶联受体活性 IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007268 突触传输 塔斯 neuron, Synap, Neurotransmitter (GO term level: 6) 9872316
去：0007186 G-protein coupled receptor protein signaling pathway 塔斯 9872316
去：0007194 negative regulation of adenylate cyclase activity 塔斯 10328880
去：0007165 signal transduction IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO：0045211 突触后膜 IEA Synap, Neurotransmitter (GO term level: 5) -
GO：0045202 synapse IEA 神经元，突触，神经递质，神经胶质（GO期限：2） -
GO:0005886 质膜 IEA -
GO:0005887 质膜的积分 塔斯 10328880
GO：0030054 细胞连接 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG NEUROACTIVE LIGAND RECEPTOR INTERACTION 272 195 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSMISSION ACROSS CHEMICAL SYNAPSES 186 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome神经元系统 279 221 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GPCR的反应组信号传导 920 449 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NEUROTRANSMITTER RECEPTOR BINDING AND DOWNSTREAM TRANSMISSION IN THE POSTSYNAPTIC CELL 137 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CLASS C 3 METABOTROPIC GLUTAMATE PHEROMONE RECEPTORS 15 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome GPCR下游信号传导 805 368 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome G alpha I信号事件 195 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME GPCR LIGAND BINDING 408 246 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过GBETA伽马亚基对电压门控Ca2通道的反应组抑制 25 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME GABA B RECEPTOR ACTIVATION 38 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome GABA受体激活 52 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome钾通道 98 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组向内纠正K通道 31 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
THUM SYSTOLIC HEART FAILURE DN 244 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOANE BREAST CANCER ESR1 DN 48 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NEWMAN ERCC6 TARGETS DN 39 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN NPM1 MUTATED SIGNATURE 1 UP 276 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN NPM1 SIGNATURE 3 UP 341 197 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DMOG DN的Elvidge缺氧 59 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ELVIDGE HIF1A TARGETS UP 67 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Elvidge HIF1A和HIF2A靶向 41 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELYS THYROID CANCER UP 443 294 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Tang衰老TP53靶向 33 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LUI甲状腺癌PAX8 PPARG UP 44 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP53 TARGETS 1174 695 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP63 TARGETS 355 243 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER BASAL VS LULMINAL 330 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LUI THYROID CANCER CLUSTER 2 42 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HERNANDEZ ABERRANT MITOSIS BY DOCETACEL 2NM UP 81 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS DN 637 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH SUZ12 TARGETS 1038 678 该途径中的所有SZGR 2.0基因
与H3K27me3的Benporath ES 1118 744 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shen Smarca2靶向DN 357 212 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE DN 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG SMARCE1 TARGETS UP 280 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染12小时DN 101 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性3 720 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性5 482 296 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEIN NEURON MARKERS 69 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMBROSINI FLAVOPIRIDOL TREATMENT TP53 109 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌萧述三腔的DN 564 326 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL UP 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
cro骨基质刺激 60 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
具有H3K4ME2和H3K27ME3的Meissner NPC HCP 349 234 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN MCV6 HCP WITH H3K27ME3 435 318 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染4小时DN 254 158 该途径中的所有SZGR 2.0基因
金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关 682 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM ALL DISORDERS CALB1 CORR UP 548 370 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dutertre雌二醇反应24小时DN 505 328 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHAT ESR1 TARGETS VIA AKT1 DN 82 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEDERSEN METASTASIS BY ERBB2 ISOFORM 7 403 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-128 1913 1919 m8 HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
miR-129-5p 288 295 1A,m8 hsa-miR-129脑 CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC
HSA-MIR-129-5P CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCU
mir-139 2050 2056 1A hsa-miR-139脑 UCUACAGUGCACGUGUCU
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 890 897 1A,m8 hsa-miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG
hsa-miR-519d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
miR-192/215 1860年 1866年 1A hsa-miR-192 CUGACCUAUGAAUUGACAGCC
HSA-MIR-215 AUGACCUAUGAAUUGACAGAC
MiR-200BC/429 1926 1932 m8 HSA-MIR-200B UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAC
HSA-MIR-200C uaauacugccggguaaugaugg
HSA-MIR-429 uaauacuguguguguguguaaaaaccgu
miR-204/211 1993 2000 1A,m8 HSA-MIR-204脑 Uucccuuugucauccuaugccu
HSA-MIR-211 uucccuuugucauccuucgccu
mir-22 1637年 1643年 m8 HSA-MIR-22脑 AAGCUGCCAGUUGAAGAACUGU
miR-326 1460 1467 1A,m8 HSA-MIR-326 ccucugggcccuccag
mir-370 2073 2079 1A hsa-miR-370脑 GCCUGCUGGGGUGGAACCUGG
mir-378 1683年 1690年 1A,m8 hsa-miR-378 cuccugacuccaggucugugu
miR-450 288 294 1A HSA-MIR-450 uuuuugcgauguuccuaaua
miR-452 2295 2301 1A HSA-MIR-452 UguuugcaggaaacugagaC
miR-9 967 973 m8 HSA-MIR-9SZ ucuuuguuaucuagcuguauga