基因页：钟

概括？
基因 9575
象征 钟
同义词 kat13d | bhlhe8
描述 时钟昼夜节律调节器
参考 MIM：601851|HGNC：HGNC：2082|ENSEMBL：ENSG00000134852|HPRD：03508|Vega：Otthumg00000102141
基因类型 蛋白质编码
地图位置 4Q12
Pascal P值 0.05
Sherlock P值 0.792
胎儿β -0.55
DMG 1（＃研究）
主持人 小脑

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG：Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 1
PMID：cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
协会 组合的优势比方法（Sun等。2008），协会研究 1 链接到Szgene
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 点击显示详细信息

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p（dis） beta（dis） fdr（dis） 学习
CG25530661 4 56301576 钟 2.402E-4 -0.316 0.037 DMG：Wockner_2014


第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
PRRT3 0.86 0.91
NDRG4 0.86 0.87
RPS6KA4 0.85 0.87
pink1 0.85 0.88
COPS7A 0.85 0.87
PPAPDC3 0.84 0.87
anxa6 0.84 0.81
grin1 0.84 0.86
PLD3 0.84 0.86
AP001107.1 0.83 0.87
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
RBMX2 -0.50 -0.53
C9orf46 -0.47 -0.50
exosc8 -0.46 -0.43
GTF3C6 -0.46 -0.47
C21orf57 -0.45 -0.46
Dynlt1 -0.44 -0.51
RPS25P8 -0.44 -0.53
RPS8 -0.44 -0.46
RPS20 -0.44 -0.54
ZNF300 -0.44 -0.17

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0004871 信号传感器活性 IEA -
去：0003700 转录因子活性 IEA -
去：0003700 转录因子活性 塔斯 10198158
去：0005515 蛋白质结合 IEA -
去：0004402 组蛋白乙酰转移酶活性 IEA -
GO：0016740 转移酶活性 IEA -
去：0008415 酰基转移酶活性 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0006355 调节转录，DNA依赖性的调节 IEA -
去：0007165 信号转导 IEA -
去：0007165 信号转导 塔斯 10198158
去：0009648 光周期 塔斯 10198158
去：0007623 昼夜节律 IEA -
去：0007623 昼夜节律 塔斯 10198158
GO：0045944 RNA聚合酶II启动子的转录阳性调节 IEA -
GO：0045944 RNA聚合酶II启动子的转录阳性调节 Igi 9576906
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005634 核 IEA -
去：0005667 转录因子复合物 IEA -
去：0005667 转录因子复合物 IPI 9576906
去：0005730 核仁 艾达 18029348
去：0005737 细胞质 IEA -

V.途径注释

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
Kegg昼夜节律哺乳动物 13 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID昼夜节路 16 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome BMAL1时钟NPAS2激活昼夜节律表达 36 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome Ppara激活基因表达 104 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome Rora激活昼夜节律表达 24 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome昼夜节律抑制Rev Erba的表达 23 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
脂质和脂蛋白的反应组代谢 478 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组脂肪酸三酰甘油和酮体代谢 168 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome昼夜节律 53 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rodrigues NTN1靶向DN 158 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿霉素DN的Graessmann凋亡 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Streicher LSM1靶向 44 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
riz红细胞分化 77 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3公共DN 483 336 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gruetzmann胰腺癌 358 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sheth肝癌与TXNIP损失PAM4 261 153 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Spielman淋巴细胞欧洲vs亚洲DN 584 395 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nuytten Nipp1靶向DN 848 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mori小型Bii淋巴细胞UP 86 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
彭雷帕霉素的反应 203 130 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染20小时 240 152 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21目标2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伯顿成生成5 126 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stearman肺癌早期与晚期 125 89 该途径中的所有SZGR 2.0基因
泰勒在急性淋巴细胞白血病中甲基化 77 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shedden肺癌良好生存A4 196 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因
米利假足 518 299 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gabriely miR21靶标 289 187 该途径中的所有SZGR 2.0基因
卡mir302a目标 77 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ivanovska mir106b目标 90 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ikeda mir30目标 116 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-1/206 2306 2312 1a HSA-MIR-1 Uggaauguaaagaaguaugua
HSA-MIR-206SZ Uggaauguaaggaagugugugg
HSA-MIR-613 aggaauguucuuugcc
mir-124/506 1205 1211 M8 HSA-MIR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-130/301 912 918 M8 HSA-MIR-130A脑 cagugcaauguaaaaggggau
HSA-MIR-301 cagugcaauaugucaaagc
HSA-MIR-130b脑 Cagugcaaugaagggauggau
HSA-MIR-454-3P uagugcaauauugcuuauaggguuu
mir-148/152 913 919 M8 HSA-MIR-148A ucagugcacuacaacuuugu
HSA-MIR-152脑 UCAGUGCAUGACACUUGGG
HSA-MIR-148B ucagugcaucacacaacuuugu
mir-15/16/195/424/497 797 803 M8 HSA-MIR-15A脑 uagcagcacauaugguugug
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
HSA-MIR-15B脑 uagcagcacaucaugguuaca
HSA-MIR-195SZ uagcagaaaaauauuggc
HSA-MIR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
HSA-MIR-497 cagcagcacacuguguuugu
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 1069 1075 M8 HSA-MIR-17-5P caaagugcuuacugcagguagu
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ caaagugcuugugcagguag
HSA-MIR-519D caaagugccucccuuuagugugu
mir-182 271 278 1A，M8 HSA-MIR-182 uuuggcaaugguagaacucaca
mir-19 1048 1055 1A，M8 HSA-MIR-19A ugugcaaauaugauaugaaaacuga
HSA-MIR-19B ugugcaaauccaugcaaaacuga
mir-190 2118 2125 1A，M8 HSA-MIR-190 ugauuauguuugauauauauaggu
mir-30-5p 697 704 1A，M8 HSA-MIR-30A-5P uguaaaacauccuccugagaag
HSA-MIR-30C脑 uguaaacauccuacucucucucucagc
HSA-MIR-30DSZ uguaaacauccccgacuggaag
HSA-MIR-30BSZ uguaaacauccuaccucucagcu
HSA-MIR-30E-5P uguaaacauccuugacugga
mir-409-3p 1078 1084 M8 HSA-MIR-409-3P cgauauguugcucggugaaccccu
mir-495 775 781 M8 HSA-MIR-495脑 Aaacaaacauggugcacuuuuu
mir-542-3p 768 774 1a HSA-MIR-542-3P ugugacauugauaacugaaa
mir-543 1023 1029 M8 HSA-MIR-543 aaacauucgcggugcacuucu
HSA-MIR-543 aaacauucgcggugcacuucu
mir-9 2054 2061 1A，M8 HSA-MIR-9SZ ucuuuguuaucuagcuguauga
mir-96 272 278 1a HSA-MIR-96脑 uuuggcacuagcacauuuuugc